PDB-4xyp: Crystal structure of a piscine viral fusion protein

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4xyp

タイトル

Crystal structure of a piscine viral fusion protein

要素

Fusion protein

融合タンパク質

キーワード

VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) /

heptad repeat / 6-helix bundle / class I viral fusion protein

機能・相同性

Fusion glycoprotein F0, Isavirus / Fusion glycoprotein F0, Isavirus / membrane => GO:0016020 / 3,7-BIS(DIMETHYLAMINO)PHENOTHIAZIN-5-IUM /

融合タンパク質 /

融合タンパク質

機能・相同性情報

生物種

Infectious salmon anemia virus (伝染性サケ貧血)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Cook, J.D. / Lee, J.E.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Electrostatic Architecture of the Infectious Salmon Anemia Virus (ISAV) Core Fusion Protein Illustrates a Carboxyl-Carboxylate pH Sensor.
著者: Cook, J.D. / Soto-Montoya, H. / Korpela, M.K. / Lee, J.E.

履歴

登録	2015年2月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年6月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年7月1日	Group: Database references
改定 1.2	2015年8月5日	Group: Database references / Other
改定 1.3	2017年9月6日	Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.4	2020年1月8日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.5	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4xyp.cif.gz	38.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4xyp.ent.gz	26.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4xyp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xy/4xyp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xy/4xyp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4es9-1 1ktz-d 4es8-2 6h9n-d 2zbi-2 6g6l-3 3ffl-1 6fj1-2 6fj1-1 4nkr-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Fusion protein

ヘテロ分子

8.27 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Fusion protein

ヘテロ分子

A: Fusion protein

ヘテロ分子

A: Fusion protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
24.8 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.874, 42.874, 232.245
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	155
Space group name H-M	H32

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-402- CL
2	1	A-403- CL

#1: タンパク質	Fusion protein / 融合タンパク質分子量: 7912.075 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 156-225 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Infectious salmon anemia virus (伝染性サケ貧血) プラスミド: pET46 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: V5RD79, UniProt: C6F339*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-MBT / 3,7-BIS(DIMETHYLAMINO)PHENOTHIAZIN-5-IUM / METHYLENE BLUE / 3-(ジメチルイミニオ)-7-(ジメチルアミノ)-3H-フェノチアジン / メチレンブルー分子量: 284.399 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₁₈N₃S / コメント: 薬剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.62 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 1:1 volume ratio of 30mg/mL protein solution and 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M sodium acetate, pH 4.5, 2 mg/mL tetramethylthionine chloride and 50% (v/v) PEG 400

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

CLSI

/ ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2013年12月14日 / 詳細: 9 CCDs, 9 tiled fiber-optic tapers

放射

モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97949 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.1→38.71 Å / Num. obs: 5037 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 4.7 % / B_iso Wilson estimate: 33.75 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.066 / R_pim(I) all: 0.032 / Net I/σ(I): 13.7 / Num. measured all: 23796

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all	% possible all
2.1-2.16	4	0.495	3.2	1453	361	0.833	0.247	88.6
8.92-38.71	3.7	0.036	27.8	325	87	0.999	0.023	93.8

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.1 Å	38.71 Å
Translation	2.1 Å	38.71 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHASER	2.5.3	位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.9_1692)	精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
Aimless	0.1.27	データスケーリング
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.1→38.707 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.93 / 位相誤差: 23.23 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2511	503	10 %	Random selection
R_work	0.1958	4527	-	-
obs	0.201	5030	97.48 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 101.88 Å² / B_iso mean: 45.5257 Å² / B_iso min: 23.55 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.1→38.707 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	529	0	22	6	557
B_iso mean	-	-	36.85	47.95	-
残基数	-	-	-	-	70

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	560
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.234	762
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.054	91
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	96
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.676	198

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 4

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.1-2.3147	0.2441	121	0.1706	1088	1209	96
2.3147-2.6496	0.2173	125	0.157	1127	1252	100
2.6496-3.3379	0.2419	126	0.1889	1130	1256	99
3.3379-38.714	0.2671	131	0.215	1182	1313	96

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