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Yorodumi- PDB-3ffl: Crystal Structure of the N-terminal Domain of Anaphase-Promoting ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3ffl | ||||||
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Title | Crystal Structure of the N-terminal Domain of Anaphase-Promoting Complex Subunit 7 | ||||||
Components | Anaphase-promoting complex subunit 7 | ||||||
Keywords | CELL CYCLE / Tetratricopeptide repeat motif / helis-turn-helix / Cell division / Mitosis / TPR repeat / Ubl conjugation pathway | ||||||
Function / homology | Function and homology information Conversion from APC/C:Cdc20 to APC/C:Cdh1 in late anaphase / Inactivation of APC/C via direct inhibition of the APC/C complex / APC/C:Cdc20 mediated degradation of mitotic proteins / anaphase-promoting complex / Aberrant regulation of mitotic exit in cancer due to RB1 defects / regulation of meiotic cell cycle / anaphase-promoting complex-dependent catabolic process / positive regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / Phosphorylation of the APC/C / protein K11-linked ubiquitination ...Conversion from APC/C:Cdc20 to APC/C:Cdh1 in late anaphase / Inactivation of APC/C via direct inhibition of the APC/C complex / APC/C:Cdc20 mediated degradation of mitotic proteins / anaphase-promoting complex / Aberrant regulation of mitotic exit in cancer due to RB1 defects / regulation of meiotic cell cycle / anaphase-promoting complex-dependent catabolic process / positive regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / Phosphorylation of the APC/C / protein K11-linked ubiquitination / enzyme-substrate adaptor activity / Regulation of APC/C activators between G1/S and early anaphase / Transcriptional Regulation by VENTX / heterochromatin / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Cyclin B / regulation of mitotic cell cycle / APC-Cdc20 mediated degradation of Nek2A / Autodegradation of Cdh1 by Cdh1:APC/C / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Securin / Assembly of the pre-replicative complex / Cdc20:Phospho-APC/C mediated degradation of Cyclin A / brain development / APC/C:Cdh1 mediated degradation of Cdc20 and other APC/C:Cdh1 targeted proteins in late mitosis/early G1 / spindle / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / Separation of Sister Chromatids / microtubule cytoskeleton / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / protein phosphatase binding / protein ubiquitination / cell cycle / cell division / nucleoplasm / nucleus / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MAD / Resolution: 2.5 Å | ||||||
Authors | Han, D. / Kim, K. / Kim, Y. / Kim, Y. | ||||||
Citation | Journal: To be published Title: Crystal Structure of the N-terminal Domain of Anaphase-Promoting Complex Subunit 7 Authors: Han, D. / Kim, K. / Kim, Y. / Kang, Y. / Kim, Y. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3ffl.cif.gz | 104.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3ffl.ent.gz | 86.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3ffl.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ff/3ffl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ff/3ffl | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 18714.484 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: N-terminal domain / Mutation: M49L, M128L, M134V, M160L Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: ANAPC7, APC7 / Plasmid: pET28a / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) RIL / References: UniProt: Q9UJX3 #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 3 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.8 Å3/Da / Density % sol: 56.06 % |
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Crystal grow | Temperature: 294 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8 Details: 0.2M sodium/potassium tartrate, 15% PEG 3350, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K |
-Data collection
Diffraction |
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Diffraction source |
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Detector |
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Radiation |
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Radiation wavelength |
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Reflection | Resolution: 2.5→41.5 Å / Num. obs: 24411 / % possible obs: 100 % | ||||||||||||||||||||
Reflection shell | Resolution: 2.5→2.565 Å / Num. unique all: 1214 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MAD / Resolution: 2.5→41 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 23.89 / SU ML: 0.235 / TLS residual ADP flag: UNVERIFIED / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.386 / ESU R Free: 0.249 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 26.414 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.5→41 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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