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- PDB-4xt1: Structure of a nanobody-bound viral GPCR bound to human chemokine... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xt1
タイトルStructure of a nanobody-bound viral GPCR bound to human chemokine CX3CL1
要素
  • FractalkineCX3CL1
  • G-protein coupled receptor homolog US28
  • nanobody 7ナノボディ
キーワードVIRAL PROTEIN/SIGNALLING PROTEIN (ウイルス性) / GPCR (Gタンパク質共役受容体) / chemokine (ケモカイン) / membrane protein (膜タンパク質) / complex / VIRAL PROTEIN-SIGNALLING PROTEIN complex (ウイルス性)
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation by virus of host cell division / : / CXCR1 chemokine receptor binding / positive regulation of calcium-independent cell-cell adhesion / negative regulation of glutamate receptor signaling pathway / negative regulation of interleukin-1 alpha production / leukocyte adhesive activation / CX3C chemokine receptor binding / negative regulation of hippocampal neuron apoptotic process / 自己分泌 ...positive regulation by virus of host cell division / : / CXCR1 chemokine receptor binding / positive regulation of calcium-independent cell-cell adhesion / negative regulation of glutamate receptor signaling pathway / negative regulation of interleukin-1 alpha production / leukocyte adhesive activation / CX3C chemokine receptor binding / negative regulation of hippocampal neuron apoptotic process / 自己分泌 / synapse pruning / negative regulation of neuron migration / positive regulation of microglial cell migration / negative regulation of microglial cell activation / positive regulation of transforming growth factor beta1 production / regulation of lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / chemokine receptor activity / positive regulation of I-kappaB phosphorylation / microglial cell proliferation / CCR chemokine receptor binding / positive regulation of actin filament bundle assembly / leukocyte migration involved in inflammatory response / lymphocyte chemotaxis / integrin activation / angiogenesis involved in wound healing / eosinophil chemotaxis / chemokine-mediated signaling pathway / leukocyte chemotaxis / Chemokine receptors bind chemokines / chemokine activity / negative regulation of cell-substrate adhesion / negative regulation of interleukin-1 beta production / positive regulation of cell-matrix adhesion / neuron remodeling / positive regulation of neuroblast proliferation / positive chemotaxis / chemoattractant activity / monocyte chemotaxis / negative regulation of interleukin-6 production / negative regulation of apoptotic signaling pathway / negative regulation of tumor necrosis factor production / regulation of neurogenesis / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / cellular response to interleukin-1 / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / cell chemotaxis / negative regulation of cell migration / 好中球 / positive regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / cell projection / response to ischemia / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / microglial cell activation / regulation of synaptic plasticity / defense response / cytokine-mediated signaling pathway / positive regulation of neuron projection development / 細胞接着 / cellular response to type II interferon / positive regulation of inflammatory response / neuron cellular homeostasis / 走化性 / integrin binding / cell-cell signaling / cellular response to tumor necrosis factor / G alpha (i) signalling events / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of MAPK cascade / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / 細胞接着 / neuron projection / 炎症 / 免疫応答 / G protein-coupled receptor signaling pathway / virus-mediated perturbation of host defense response / signaling receptor binding / neuronal cell body / positive regulation of cell population proliferation / negative regulation of apoptotic process / host cell plasma membrane / perinuclear region of cytoplasm / 細胞膜 / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular region / 生体膜 / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
CX3C chemokine domain / Chemokine receptor family / Chemokine beta/gamma/delta / Intercrine alpha family (small cytokine C-X-C) (chemokine CXC). / Chemokine interleukin-8-like domain / Chemokine interleukin-8-like superfamily / Small cytokines (intecrine/chemokine), interleukin-8 like / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins ...CX3C chemokine domain / Chemokine receptor family / Chemokine beta/gamma/delta / Intercrine alpha family (small cytokine C-X-C) (chemokine CXC). / Chemokine interleukin-8-like domain / Chemokine interleukin-8-like superfamily / Small cytokines (intecrine/chemokine), interleukin-8 like / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / 抗体 / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Βバレル / サンドイッチ / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
コレステロール / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / コハク酸 / Unknown ligand / G-protein coupled receptor homolog US28 / Fractalkine
類似検索 - 構成要素
生物種Cytomegalovirus (サイトメガロウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
Vicugna pacos (アルパカ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.886 Å
データ登録者Burg, J.S. / Jude, K.M. / Waghray, D. / Garcia, K.C.
引用ジャーナル: Science / 年: 2015
タイトル: Structural biology. Structural basis for chemokine recognition and activation of a viral G protein-coupled receptor.
著者: Burg, J.S. / Ingram, J.R. / Venkatakrishnan, A.J. / Jude, K.M. / Dukkipati, A. / Feinberg, E.N. / Angelini, A. / Waghray, D. / Dror, R.O. / Ploegh, H.L. / Garcia, K.C.
履歴
登録2015年1月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年3月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年3月18日Group: Database references
改定 2.02023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Polymer sequence / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / entity_poly / entity_src_gen / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: G-protein coupled receptor homolog US28
B: Fractalkine
C: nanobody 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,66619
ポリマ－66,6363
非ポリマー3,03116
水41423
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7910 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area23920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.024, 81.024, 231.303
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number79
Space group name H-MI4

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要素

-
タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 G-protein coupled receptor homolog US28 / HHRF3


分子量: 42041.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cytomegalovirus (サイトメガロウイルス)
細胞株 (発現宿主): HEK293s GnTI- / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P69332
#2: タンパク質 Fractalkine / CX3CL1 / C-X3-C motif chemokine 1 / CX3C membrane-anchored chemokine / Neurotactin / Small-inducible cytokine D1


分子量: 9970.462 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 25-101 / Mutation: N9A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CX3CL1, FKN, NTT, SCYD1, A-152E5.2 / 細胞株 (発現宿主): HEK293s GnTI- / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P78423

-
抗体 , 1種, 1分子 C

#3: 抗体 nanobody 7 / ナノボディ


分子量: 14624.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vicugna pacos (アルパカ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21

-
非ポリマー , 5種, 39分子

#4: 化合物 ChemComp-CLR / CHOLESTEROL / コレステロ-ル / コレステロール


分子量: 386.654 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H46O
#5: 化合物
ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト


分子量: 356.540 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#6: 化合物
ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND


分子数: 7 / 由来タイプ: 合成
#7: 化合物 ChemComp-SIN / SUCCINIC ACID / コハク酸 / コハク酸


分子量: 118.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O4
#8: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.8 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 6.3
詳細: PEG 300, MES, sodium succinate, polypropylene glycol 400

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.88→50 Å / Num. obs: 16648 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 8.5 % / Biso Wilson estimate: 58.12 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.2 / Rpim(I) all: 0.084 / Rrim(I) all: 0.214 / Χ2: 1.137 / Net I/av σ(I): 10.745 / Net I/σ(I): 5.2 / Num. measured all: 141947
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0

解像度 (Å)冗長度 (%)Num. unique allCC1/2Rpim(I) allΧ2% possible allRmerge(I) obsRrim(I) all
2.88-2.936.86290.3040.5240.87474.8
2.93-2.9888290.4090.4880.79299.8
2.98-3.048.28310.5770.4350.87100
3.04-3.18.48430.6020.4070.89100
3.1-3.178.58400.6760.3320.9371000.8720.936
3.17-3.248.68700.7930.2810.9751000.7460.799
3.24-3.328.68250.7880.2650.9961000.70.75
3.32-3.418.78360.8760.2061.0411000.5450.584
3.41-3.518.88450.8670.1691.0911000.4530.484
3.51-3.638.78310.9170.1391.1311000.3690.395
3.63-3.768.78450.9460.1151.2911000.310.331
3.76-3.918.78540.9670.0911.3121000.2450.262
3.91-4.098.78360.9730.081.3741000.2150.229
4.09-4.38.78510.9790.0651.3841000.1750.187
4.3-4.578.88320.9870.0481.3551000.1310.14
4.57-4.928.78570.9890.0481.3061000.1280.137
4.92-5.428.88430.980.0531.3281000.140.15
5.42-6.28.78390.9820.0581.2781000.1560.166
6.2-7.818.78450.9910.0441.1251000.1230.13
7.81-508.58670.9950.0411.18899.50.1140.122

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
PHENIXdev_1839精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4MBS, 1F2L, 3ONA, 4B41

4mbs

1f2l

3ona

4b41


解像度: 2.886→38.234 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.33 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2492 1659 9.98 %
Rwork0.1991 14970 -
obs0.2043 16629 99.57 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 206.21 Å2 / Biso mean: 66.9984 Å2 / Biso min: 21.81 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.886→38.234 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3700 0 255 23 3978
Biso mean--78.78 40.45 -
残基数----475
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0024044
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6055461
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.021630
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003649
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.8011462
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.8856-2.97050.33541250.27231181130695
2.9705-3.06630.32191370.256212371374100
3.0663-3.17590.28381370.234112531390100
3.1759-3.30290.33731390.230712451384100
3.3029-3.45320.29841400.233812641404100
3.4532-3.63510.30411450.20212331378100
3.6351-3.86270.24721420.190412601402100
3.8627-4.16060.2281370.199912511388100
4.1606-4.57860.21791350.157312611396100
4.5786-5.23970.20221340.169912651399100
5.2397-6.5960.25341450.221212471392100
6.596-38.23740.20831430.184612731416100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.61810.2164-0.48897.7641-4.01434.42860.2541-1.0191-0.15010.5337-0.2781-0.09370.7752-0.27180.05520.7263-0.15520.10930.7106-0.0240.44897.83417.9238277.5957
29.5434-5.94222.66837.01061.51954.06990.8410.39120.44460.2966-0.21470.9728-0.9919-1.3048-1.09790.6665-0.1040.2870.9599-0.01220.434890.16121.1182275.9458
36.69412.005-4.21323.7743-3.49897.16390.0082-0.6647-0.63790.65930.04-0.09010.7415-0.53070.00460.8674-0.15890.06380.6620.06750.298799.579218.4164278.1598
46.05710.09430.52723.28091.04166.4363-0.17040.98670.5568-0.48510.4170.1129-0.7431-0.4589-0.03350.6672-0.05850.10040.67450.01310.5254110.283323.3554207.6492
52.3303-0.6707-1.72441.74640.19463.9634-0.25860.1193-0.4502-0.01470.07220.17270.7907-0.31020.19150.357-0.05850.00520.2609-0.04550.4665103.099110.5731240.6328
62.94390.3258-0.38391.45951.60128.8955-0.22360.22170.0628-0.1167-0.15450.4046-0.0129-0.62110.3990.19230.0114-0.02230.3210.03530.422992.475622.3415242.3529
73.4908-2.867-1.47588.56945.69728.4630.34791.4016-0.1867-1.3734-1.37321.9016-0.4287-0.84831.01440.8177-0.0693-0.1481.0753-0.20030.661292.340720.5767214.98
80.949-0.0388-0.02740.53890.16355.3558-0.07090.0897-0.046-0.10620.03170.0247-0.1538-0.07030.02760.3088-0.05110.00690.27870.0360.394106.31929.7905237.0153
97.7503-1.34823.26675.3358-4.89888.03260.4807-0.1203-0.6189-0.2217-0.5434-0.60090.86590.41130.14230.38430.0627-0.07270.4173-0.07910.6507109.69629.3779257.7165
104.55982.3673-3.10256.5817-1.90829.65180.32710.9673-0.0434-0.6332-0.39161.6379-0.87140.1197-0.10660.59540.0365-0.06280.8527-0.05730.5501102.872521.594212.199
110.4372-0.8465-1.41042.06152.98884.7053-1.04610.9625-0.18611.76390.09760.80730.9873-3.34181.14141.2398-0.117-0.1321.6698-0.08280.7576101.483424.0413188.1388
123.7392-1.8308-3.66851.2740.88755.7859-0.72491.4117-1.20020.58171.1974-0.72362.007-2.3345-0.10251.8237-0.4539-0.14821.6473-0.34010.8598102.399314.3923196.3178
131.94951.8877-1.59292.9397-1.17353.0594-0.45060.2093-0.2632-1.10370.21790.1150.5901-0.1105-0.36041.0706-0.0774-0.13221.9454-0.0630.456100.947820.6617199.6775
149.6854-7.614-1.415.99221.32036.38530.18893.4295-2.502-0.608-0.32632.15311.5941-2.3030.67761.2548-0.7648-0.0632.1225-0.03471.102896.035313.8865190.405
精密化 TLSグループ
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11X-RAY DIFFRACTION11chain 'D' and (resid 17 through 23 )D0
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'D' and (resid 24 through 29 )D0
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'D' and (resid 30 through 57 )D0
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 58 through 69 )D0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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