PDB-4xr9: Crystal structure of CalS8 from Micromonospora echinospora cocrys...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4xr9

タイトル

Crystal structure of CalS8 from Micromonospora echinospora cocrystallized with NAD and TDP-glucose

要素

CalS8

キーワード

OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) /

calicheamicin (カリケアミシン) /

Structural Genomics (構造ゲノミクス) / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / Enzyme Discovery for Natural Product Biosynthesis / NatPro

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity, acting on the CH-CH group of donors, NAD or NADP as acceptor / polysaccharide biosynthetic process / oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / NAD binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Micromonospora echinospora (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Michalska, K. / Bigelow, L. / Endres, M. / Babnigg, G. / Bingman, C.A. / Yennamalli, R.M. / Singh, S. / Kharel, M.K. / Thorson, J.S. / Phillips Jr., G.N. ...

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM094585	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM098248	米国

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of CalS8 from Micromonospora echinospora
著者: Michalska, K. / Bigelow, L. / Endres, M. / Babnigg, G. / Bingman, C.A. / Yennamalli, R.M. / Singh, S. / Kharel, M.K. / Thorson, J.S. / Phillips Jr., G.N. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2015年1月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年2月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年8月19日	Group: Other
改定 1.2	2017年9月20日	Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.3	2019年12月25日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4xr9.cif.gz	354.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4xr9.ent.gz	286.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4xr9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xr/4xr9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xr/4xr9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3gg2S 4xrr S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2qg4-2 4xrr-d 4edf-2 2y0c-1 5vr8-3 2y0e-2 2o3j-2 5vr8-1 2qg4-3 4edf-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: MCSG-APC109793 TargetTrack: NATPRO-GO.119366

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (1) #228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1) #127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: CalS8

B: CalS8

ヘテロ分子

96.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	70.682, 87.040, 70.660
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 103.59, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	CalS8 分子量: 47760.426 Da / 分子数: 2 / 変異: P294S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Micromonospora echinospora (バクテリア) 遺伝子: calS8 / プラスミド: pMCSG68 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) pGrow7-K / 参照: UniProt: Q8KNF6

-
非ポリマー , 5種, 295分子

#2: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / ニコチンアミドアデニンジヌクレオチド分子量: 663.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / コメント: NAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物	ChemComp-TMP / THYMIDINE-5'-PHOSPHATE / TMP 分子量: 322.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₂O₈P
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 291 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.39 %
結晶化	温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 4.51 mM TDP-glucose, 4.51 mM NAD, 16% PEG 4000, 0.1 M TRIS pH 8.5, 0.2 M magnesium chloride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979152 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年8月20日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979152 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→30 Å / Num. obs: 60172 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.9 % / B_iso Wilson estimate: 31.82 Å² / R_merge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 22.1
反射シェル	解像度: 1.95→1.98 Å / 冗長度: 3.9 % / R_merge(I) obs: 0.722 / Mean I/σ(I) obs: 2.22 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.0	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3GG2

3gg2

解像度: 1.95→28.19 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.9529 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.9411 / SU R Cruickshank DPI: 0.158 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.155 / SU R_free Blow DPI: 0.134 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.137

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2046	3044	5.06 %	RANDOM
R_work	0.1711	-	-	-
obs	0.1728	60152	99.13 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 40.83 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	7.4749 Å²	0 Å²	1.9143 Å²
2-	-	-5.3826 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.0923 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.23 Å

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.95→28.19 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6726	0	72	291	7089

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.009	6928	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	0.74	9461	HARMONIC	3
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		3153	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		136	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		1080	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		6928	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd		5	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	3.34
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	2.56
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		910	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		8275	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 1.95→2 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2517	200	4.98 %
R_work	0.1989	3820	-
all	0.2015	4020	-
obs	-	-	99.13 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.199	0.3756	-1.2509	1.8144	-1.4008	2.0652	-0.0245	0.0002	-0.052	-0.3632	0.0881	0.2029	0.2727	-0.0567	-0.0636	-0.0937	-0.0656	-0.0573	-0.0416	0.0436	-0.0487	-19.1856	9.6444	-38.3863
2	1.2936	-1.4603	0.1539	0.9748	-0.6509	2.6344	-0.0826	-0.0189	0.1125	-0.2024	-0.0185	-0.0436	0.1734	0.1335	0.1011	0.0389	-0.0416	0.0697	-0.0397	0.0572	-0.0285	-7.9281	17.7991	-49.7701
3	0.7469	0.0891	0.3218	1.3978	-0.9026	1.5811	-0.068	-0.0022	0.1456	0.0024	0.3035	0.3113	-0.1057	-0.3961	-0.2356	-0.1674	0.012	0.0198	-0.012	0.0671	0.0334	-20.0938	20.3686	-30.3271
4	-0.2036	0.1388	1.826	0.6213	-1.2726	1.236	-0.0538	0.1244	0.0636	-0.1508	-0.011	0.1375	0.1134	0.1024	0.0648	-0.1057	-0.0236	0.0269	-0.0194	0.01	-0.0247	-7.0725	10.1081	-30.4738
5	1.4195	0.3413	0.4191	0.7995	-0.2451	0.8025	-0.0274	-0.0732	-0.04	0.0113	0.0268	0.0252	0.0217	-0.0449	0.0007	-0.0385	-0.0001	0.0084	-0.0653	-0.0079	-0.0575	4.4482	11.1365	-22.5527
6	4.4446	-0.0782	-2.7527	1.0538	-0.2	2.6339	-0.0145	-0.0479	0.149	0.0662	0.0222	0.0654	-0.1555	-0.0182	-0.0076	0.0029	0.0089	-0.0331	-0.0907	-0.021	-0.0147	9.6644	27.2837	-20.674
7	1.1473	-1.5944	-0.6233	3.7691	-0.0288	1.7638	-0.0077	-0.0182	0.0959	0.0736	0.0129	-0.0306	-0.2273	-0.0577	-0.0052	-0.0333	0.0319	-0.0028	-0.0654	0.0334	-0.0745	19.5388	27.6261	-38.5745
8	1.474	0.2246	0.0105	3.7706	-1.6366	0.3212	0.0172	0.1571	0.1662	0.0617	0.0628	0.0301	-0.2783	-0.22	-0.08	0.0056	0.0155	-0.0125	-0.1026	0.0408	-0.0449	18.3204	31.5728	-39.5327
9	1.3211	-0.1867	-0.352	2.1079	-0.0786	2.1623	-0.0098	0.3018	0.1448	-0.2411	-0.0129	0.193	-0.1405	-0.0894	0.0227	-0.0441	0.0112	-0.0318	-0.0606	0.0466	-0.0716	18.3378	24.778	-44.945
10	2.1472	-0.2867	-0.0144	1.272	-0.2632	2.025	0.0848	-0.0086	0.0152	-0.0255	-0.0002	-0.0552	0.032	0.1932	-0.0846	-0.0741	0.0185	0.0074	-0.0265	0.0342	-0.0379	29.8984	17.738	-38.7902
11	2.2786	-0.9272	0.7214	2.3521	-0.7779	1.9019	-0.2232	-0.3307	-0.0956	0.5017	0.1674	-0.0148	-0.0606	0.0345	0.0559	-0.0997	0.0675	0.0006	-0.0675	0.0375	-0.1819	32.5811	-4.4311	-6.0589
12	2.1755	-0.7995	-0.5824	0.7317	-0.102	0.8627	0.0156	-0.2083	-0.0719	0.0989	-0.0081	0.0482	-0.0955	-0.0252	-0.0076	-0.0247	0.0004	0.0049	-0.0673	0.0012	-0.0607	7.7625	11.1834	-12.6933
13	0.4605	0.13	-0.8863	1.985	-1.0484	2.3989	-0.1181	-0.0814	0.2435	0.3441	0.1803	-0.1849	-0.1499	0.1669	-0.0622	-0.035	0.0154	-0.0408	-0.0948	-0.0473	-0.1571	11.6732	19.8131	-3.7614
14	3.2343	0.0674	2.306	2.7383	-0.9796	4.5834	0.0129	0.0124	-0.2506	0.1541	0.1952	0.1833	-0.266	-0.2795	-0.2081	-0.1216	0.0499	0.0556	-0.1417	0.029	-0.1675	-1.2709	4.0743	8.2645

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{A\|-2 - A\|44}
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{A\|45 - A\|72}
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{A\|73 - A\|157}
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{A\|158 - A\|186}
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{A\|187 - A\|274}
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{A\|275 - A\|322}
7	X-RAY DIFFRACTION	7	{A\|323 - A\|349}
8	X-RAY DIFFRACTION	8	{A\|350 - A\|373}
9	X-RAY DIFFRACTION	9	{A\|374 - A\|412}
10	X-RAY DIFFRACTION	10	{A\|413 - A\|453}
11	X-RAY DIFFRACTION	11	{B\|-1 - B\|210}
12	X-RAY DIFFRACTION	12	{B\|211 - B\|279}
13	X-RAY DIFFRACTION	13	{B\|280 - B\|322}
14	X-RAY DIFFRACTION	14	{B\|323 - B\|453}

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)