+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4xl1 | ||||||||||||
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Title | Complex of Notch1 (EGF11-13) bound to Delta-like 4 (N-EGF1) | ||||||||||||
Components |
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Keywords | PROTEIN BINDING / glycosylation / EGF domains / receptor-ligand complex | ||||||||||||
Function / homology | Function and homology information ventral spinal cord interneuron fate commitment / regulation of neural retina development / Notch signaling involved in heart development / NOTCH3 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / regulation of cardioblast proliferation / blood vessel lumenization / regulation of inner ear auditory receptor cell differentiation / positive regulation of glial cell differentiation / venous blood vessel morphogenesis / dorsal aorta morphogenesis ...ventral spinal cord interneuron fate commitment / regulation of neural retina development / Notch signaling involved in heart development / NOTCH3 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / regulation of cardioblast proliferation / blood vessel lumenization / regulation of inner ear auditory receptor cell differentiation / positive regulation of glial cell differentiation / venous blood vessel morphogenesis / dorsal aorta morphogenesis / coronary sinus valve morphogenesis / cardiac right atrium morphogenesis / cardiac right ventricle formation / growth involved in heart morphogenesis / Notch signaling pathway involved in regulation of secondary heart field cardioblast proliferation / cell differentiation in spinal cord / retinal cone cell differentiation / venous endothelial cell differentiation / arterial endothelial cell differentiation / cardiac chamber formation / epithelial cell fate commitment / negative regulation of pro-B cell differentiation / negative regulation of inner ear auditory receptor cell differentiation / mitral valve formation / cell migration involved in endocardial cushion formation / glomerular mesangial cell development / negative regulation of photoreceptor cell differentiation / negative regulation of cell proliferation involved in heart valve morphogenesis / regulation of somitogenesis / inhibition of neuroepithelial cell differentiation / endocardium morphogenesis / atrioventricular node development / foregut morphogenesis / regulation of cell adhesion involved in heart morphogenesis / distal tubule development / MAML1-RBP-Jkappa- ICN1 complex / regulation of epithelial cell proliferation involved in prostate gland development / auditory receptor cell fate commitment / positive regulation of aorta morphogenesis / negative regulation of endothelial cell chemotaxis / neuroendocrine cell differentiation / collecting duct development / negative regulation of extracellular matrix constituent secretion / positive regulation of transcription of Notch receptor target / cellular response to tumor cell / cellular response to oxygen-glucose deprivation / positive regulation of viral transcription / positive regulation of apoptotic process involved in morphogenesis / compartment pattern specification / vasculogenesis involved in coronary vascular morphogenesis / T-helper 17 type immune response / endocardial cushion development / regulation of extracellular matrix assembly / negative regulation of blood vessel endothelial cell proliferation involved in sprouting angiogenesis / endocardial cell differentiation / epithelial to mesenchymal transition involved in endocardial cushion formation / cardiac ventricle morphogenesis / positive regulation of smooth muscle cell differentiation / cardiac left ventricle morphogenesis / mesenchymal cell development / epidermal cell fate specification / regulation of Notch signaling pathway / coronary vein morphogenesis / negative regulation of collagen biosynthetic process / cardiac vascular smooth muscle cell development / negative regulation of myotube differentiation / somatic stem cell division / left/right axis specification / negative regulation of cardiac muscle hypertrophy / negative regulation of cell adhesion molecule production / interleukin-17-mediated signaling pathway / positive regulation of endothelial cell differentiation / secretory columnal luminar epithelial cell differentiation involved in prostate glandular acinus development / endocardium development / apoptotic process involved in embryonic digit morphogenesis / glial cell differentiation / positive regulation of cardiac epithelial to mesenchymal transition / cardiac epithelial to mesenchymal transition / negative regulation of calcium ion-dependent exocytosis / cardiac muscle cell myoblast differentiation / cellular response to follicle-stimulating hormone stimulus / neuron fate commitment / pericardium morphogenesis / cardiac atrium morphogenesis / negative regulation of catalytic activity / cellular response to cholesterol / neuronal stem cell population maintenance / tissue regeneration / regulation of stem cell proliferation / negative regulation of oligodendrocyte differentiation / positive regulation of astrocyte differentiation / calcium-ion regulated exocytosis / pulmonary valve morphogenesis / heart trabecula morphogenesis / negative regulation of biomineral tissue development / endoderm development / coronary artery morphogenesis / negative regulation of cell-cell adhesion mediated by cadherin / prostate gland epithelium morphogenesis / luteolysis Similarity search - Function | ||||||||||||
Biological species | Rattus norvegicus (Norway rat) | ||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.3 Å | ||||||||||||
Authors | Luca, V.C. / Jude, K.M. / Garcia, K.C. | ||||||||||||
Funding support | United States, 3items
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Citation | Journal: Science / Year: 2015 Title: Structural biology. Structural basis for Notch1 engagement of Delta-like 4. Authors: Luca, V.C. / Jude, K.M. / Pierce, N.W. / Nachury, M.V. / Fischer, S. / Garcia, K.C. | ||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4xl1.cif.gz | 294 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4xl1.ent.gz | 242.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4xl1.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xl/4xl1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xl/4xl1 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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3 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 2 types, 4 molecules ADBE
#1: Protein | Mass: 12734.274 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Rattus norvegicus (Norway rat) / Gene: Notch1 / Plasmid: pAcGp67A / Cell line (production host): Hi-Five / Production host: Trichoplusia ni (cabbage looper) / References: UniProt: Q07008 #2: Protein | Mass: 25754.836 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: G28S, F107L, L206P Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: Methylated in vitro / Source: (gene. exp.) Rattus norvegicus (Norway rat) / Gene: Dll4, Dll4_predicted, rCG_26804 / Plasmid: pAcGp67A / Cell line (production host): Hi-Five / Production host: Trichoplusia ni (cabbage looper) / References: UniProt: D3ZHH1 |
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-Sugars , 4 types, 14 molecules
#3: Polysaccharide | #4: Sugar | ChemComp-BGC / #5: Sugar | #7: Sugar | ChemComp-NAG / |
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-Non-polymers , 2 types, 331 molecules
#6: Chemical | ChemComp-CA / #8: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Sequence details | The C-terminus of Neurogenic locus notch homolog protein 1 is as follows: CQRLEVLFQ. The C-terminus ...The C-terminus of Neurogenic locus notch homolog protein 1 is as follows: CQRLEVLFQ. The C-terminus of Delta-like protein is: CNEAAAHHHH |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.36 Å3/Da / Density % sol: 47.87 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.4 Details: 20% PEG 4000, 2.5% isopropanol, 1% n-dodecyl beta-D-maltoside |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 23-ID-D / Wavelength: 1.0331 Å |
Detector | Type: PSI PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Jun 21, 2014 |
Radiation | Monochromator: Si / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.0331 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.29→50 Å / Num. obs: 32367 / % possible obs: 99.2 % / Redundancy: 6.34 % / Biso Wilson estimate: 39.83 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.106 / Net I/σ(I): 12.15 |
Reflection shell | Resolution: 2.29→2.42 Å / Redundancy: 7.82 % / Rmerge(I) obs: 0.846 / Mean I/σ(I) obs: 1.78 / % possible all: 95.4 |
-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement | |||||||||
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Phasing MR |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.3→49.56 Å / SU ML: 0.28 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 30.42 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 54.39 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.3→49.56 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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