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- PDB-4xd9: Structure of Rpf2-Rrs1 complex involved in ribosome biogenesis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xd9
タイトルStructure of Rpf2-Rrs1 complex involved in ribosome biogenesis
要素
  • Ribosome biogenesis protein (Rrs1), putative (AFU_orthologue AFUA_7G04430)リボソーム生合成
  • Ribosome biogenesis protein, putative (AFU_orthologue AFUA_8G04790)リボソーム生合成
キーワードTRANSLATION (翻訳 (生物学)) / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


preribosome, large subunit precursor / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosome assembly / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosomal large subunit biogenesis / ribosomal large subunit assembly / single-stranded RNA binding / rRNA binding / 核小体
類似検索 - 分子機能
Ribosome biogenesis protein Rpf2 / Ribosomal biogenesis regulatory protein / Ribosome biogenesis regulatory protein (RRS1) / Brix domain / Brix domain / Brix domain profile. / Brix
類似検索 - ドメイン・相同性
Ribosome production factor 2 homolog / Ribosome biogenesis regulatory protein
類似検索 - 構成要素
生物種Emericella nidulans (アスペルギルス・ニデュランス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Asano, N. / Kato, K. / Yao, M.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and TechnologyNo. 25291008 日本
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2015
タイトル: Structural and functional analysis of the Rpf2-Rrs1 complex in ribosome biogenesis.
著者: Asano, N. / Kato, K. / Nakamura, A. / Komoda, K. / Tanaka, I. / Yao, M.
履歴
登録2014年12月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年6月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月5日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / diffrn_source ...citation / diffrn_source / entity_src_gen / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site ..._citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribosome biogenesis protein, putative (AFU_orthologue AFUA_8G04790)
B: Ribosome biogenesis protein (Rrs1), putative (AFU_orthologue AFUA_7G04430)
C: Ribosome biogenesis protein, putative (AFU_orthologue AFUA_8G04790)
D: Ribosome biogenesis protein (Rrs1), putative (AFU_orthologue AFUA_7G04430)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,8234
ポリマ－122,8234
非ポリマー00
水2,936163
1
A: Ribosome biogenesis protein, putative (AFU_orthologue AFUA_8G04790)
B: Ribosome biogenesis protein (Rrs1), putative (AFU_orthologue AFUA_7G04430)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,4112
ポリマ－61,4112
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5450 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area16010 Å2
手法PISA
2
C: Ribosome biogenesis protein, putative (AFU_orthologue AFUA_8G04790)
D: Ribosome biogenesis protein (Rrs1), putative (AFU_orthologue AFUA_7G04430)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,4112
ポリマ－61,4112
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5320 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area15820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.163, 123.594, 133.817
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Ribosome biogenesis protein, putative (AFU_orthologue AFUA_8G04790) / リボソーム生合成 / Uncharacterized protein


分子量: 36407.578 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 1-302 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Emericella nidulans (strain FGSC A4 / ATCC 38163 / CBS 112.46 / NRRL 194 / M139) (アスペルギルス・ニデュランス)
株: FGSC A4 / ATCC 38163 / CBS 112.46 / NRRL 194 / M139 / 遺伝子: AN3745.2, ANIA_03745 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C8VMF9
#2: タンパク質 Ribosome biogenesis protein (Rrs1), putative (AFU_orthologue AFUA_7G04430) / リボソーム生合成


分子量: 25003.686 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Emericella nidulans (strain FGSC A4 / ATCC 38163 / CBS 112.46 / NRRL 194 / M139) (アスペルギルス・ニデュランス)
株: FGSC A4 / ATCC 38163 / CBS 112.46 / NRRL 194 / M139 / 遺伝子: ANIA_10200 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5B6T5
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 163 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.54 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG 6000, HEPES

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→50 Å / Num. obs: 38131 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 7.2 % / Net I/σ(I): 14.51

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化解像度: 2.35→42.098 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.8 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2349 1909 5.01 %
Rwork0.1924 --
obs0.1945 38131 99.44 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→42.098 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5002 0 0 163 5165
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0035112
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.916938
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.4491962
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.033816
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004886
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3479-2.40660.28471270.2592389X-RAY DIFFRACTION95
2.4066-2.47160.30361450.25712570X-RAY DIFFRACTION100
2.4716-2.54440.30951250.2542548X-RAY DIFFRACTION100
2.5444-2.62650.34721390.25022577X-RAY DIFFRACTION100
2.6265-2.72030.33841350.23612570X-RAY DIFFRACTION100
2.7203-2.82920.25341240.22242592X-RAY DIFFRACTION100
2.8292-2.95790.26971510.232541X-RAY DIFFRACTION100
2.9579-3.11380.29191270.2292597X-RAY DIFFRACTION100
3.1138-3.30890.28571350.21732604X-RAY DIFFRACTION100
3.3089-3.56420.2951360.21052595X-RAY DIFFRACTION100
3.5642-3.92270.22971320.1952625X-RAY DIFFRACTION100
3.9227-4.48970.19461490.15482628X-RAY DIFFRACTION100
4.4897-5.65440.19251380.15932648X-RAY DIFFRACTION100
5.6544-42.1050.16991460.16122738X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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