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- PDB-4x7t: Structure of Omalizumab Fab fragment, crystal form 2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4x7t
タイトルStructure of Omalizumab Fab fragment, crystal form 2
要素
  • Omalizumab-Fab Heavy chain
  • Omalizumab-Fab Light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / Antibody Fab Fragment / Anti-IgE antibody / Anti-inflammatory (抗炎症薬)
機能・相同性抗体 / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Jensen, R.K. / Andersen, G.R.
資金援助 デンマーク, 3件
組織認可番号国
Danish Natural Science Research Council デンマーク
DanScatt デンマーク
Novo Nordisk Foundation, Hallas-Mooller Fellowship デンマーク
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2015
タイトル: Structure of the omalizumab Fab
著者: Jensen, R.K. / Plum, M. / Tjerrild, L. / Jakob, T. / Spillner, E. / Andersen, G.R.
履歴
登録2014年12月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年3月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年4月8日Group: Database references
改定 1.22015年4月22日Group: Database references
改定 1.32018年3月7日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.42024年1月10日Group: Author supporting evidence / Data collection ...Author supporting evidence / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_audit_support / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: Omalizumab-Fab Heavy chain
L: Omalizumab-Fab Light chain
A: Omalizumab-Fab Heavy chain
B: Omalizumab-Fab Light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,3436
ポリマ－95,1514
非ポリマー1922
水0
1
H: Omalizumab-Fab Heavy chain
L: Omalizumab-Fab Light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,6723
ポリマ－47,5762
非ポリマー961
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3760 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area19580 Å2
手法PISA
2
A: Omalizumab-Fab Heavy chain
B: Omalizumab-Fab Light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,6723
ポリマ－47,5762
非ポリマー961
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3860 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area19780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.470, 73.490, 87.040
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 116.46, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: 抗体 Omalizumab-Fab Heavy chain


分子量: 23653.387 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#2: 抗体 Omalizumab-Fab Light chain


分子量: 23922.287 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.18 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: HEPES, Polyvinyl Pyrrolidone K15, Lithium Sulphate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.97551 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年11月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97551 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→45.41 Å / Num. obs: 19417 / % possible obs: 99.37 % / 冗長度: 3.4 % / Rsym value: 0.202 / Net I/σ(I): 5.8
反射 シェル解像度: 3→3.107 Å / 冗長度: 3.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.11 / % possible all: 99.32

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: dev_1593)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4X7S

4x7s


解像度: 3→45.408 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 25.32 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2365 1957 10.08 %
Rwork0.1927 --
obs0.1972 19410 99.33 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→45.408 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6698 0 10 0 6708
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0046878
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0739354
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.2962436
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041038
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051200
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.0002-3.07520.38271420.34411211X-RAY DIFFRACTION99
3.0752-3.15830.37151360.30071254X-RAY DIFFRACTION99
3.1583-3.25120.29941300.27951244X-RAY DIFFRACTION99
3.2512-3.35610.31951460.26611223X-RAY DIFFRACTION99
3.3561-3.4760.2821280.24641232X-RAY DIFFRACTION98
3.476-3.61520.28321490.23941218X-RAY DIFFRACTION99
3.6152-3.77960.24951350.21441267X-RAY DIFFRACTION100
3.7796-3.97880.24881430.19851220X-RAY DIFFRACTION100
3.9788-4.22790.23091460.18051243X-RAY DIFFRACTION100
4.2279-4.5540.18411370.15241280X-RAY DIFFRACTION100
4.554-5.01180.17091380.13511234X-RAY DIFFRACTION99
5.0118-5.73580.1771440.15051262X-RAY DIFFRACTION100
5.7358-7.22180.24531470.16471259X-RAY DIFFRACTION100
7.2218-45.4130.19171360.15161306X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 14.6159 Å / Origin y: -3.0265 Å / Origin z: 18.1444 Å
111213212223313233
T0.3581 Å20.0185 Å2-0.0193 Å2-0.3811 Å2-0.0636 Å2--0.3532 Å2
L0.8619 °2-0.0649 °20.0533 °2-0.4145 °20.1204 °2--1.1327 °2
S0.0258 Å °0.0812 Å °0.0356 Å °0.017 Å °-0.1524 Å °0.088 Å °-0.0687 Å °-0.3711 Å °0.093 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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