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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4x4m | |||||||||
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タイトル | Structure of FcgammaRI in complex with Fc reveals the importance of glycan recognition for high affinity IgG binding | |||||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 high-affinity IgG receptor activity / IgG receptor activity / Fc-gamma receptor signaling pathway / positive regulation of type III hypersensitivity / phagocytosis, recognition / Fc-gamma receptor I complex binding / positive regulation of type IIa hypersensitivity / complement-dependent cytotoxicity / IgG immunoglobulin complex / antibody-dependent cellular cytotoxicity ...high-affinity IgG receptor activity / IgG receptor activity / Fc-gamma receptor signaling pathway / positive regulation of type III hypersensitivity / phagocytosis, recognition / Fc-gamma receptor I complex binding / positive regulation of type IIa hypersensitivity / complement-dependent cytotoxicity / IgG immunoglobulin complex / antibody-dependent cellular cytotoxicity / IgG binding / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / Classical antibody-mediated complement activation / Initial triggering of complement / phagocytosis, engulfment / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / FCGR activation / Role of phospholipids in phagocytosis / immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / positive regulation of phagocytosis / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / receptor-mediated endocytosis / complement activation, classical pathway / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / Regulation of Complement cascade / antigen binding / FCGR3A-mediated phagocytosis / B cell receptor signaling pathway / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / early endosome membrane / antibacterial humoral response / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / adaptive immune response / blood microparticle / cell surface receptor signaling pathway / defense response to bacterium / immune response / external side of plasma membrane / innate immune response / signal transduction / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3.485 Å | |||||||||
データ登録者 | Lu, J. / Sun, P.D. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2015 タイトル: Structure of Fc gamma RI in complex with Fc reveals the importance of glycan recognition for high-affinity IgG binding. 著者: Lu, J. / Chu, J. / Zou, Z. / Hamacher, N.B. / Rixon, M.W. / Sun, P.D. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4x4m.cif.gz | 295.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4x4m.ent.gz | 243.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4x4m.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4x4m_validation.pdf.gz | 2.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4x4m_full_validation.pdf.gz | 2.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 4x4m_validation.xml.gz | 71.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4x4m_validation.cif.gz | 92.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x4/4x4m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x4/4x4m | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCSアンサンブル:
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-要素
-タンパク質 , 2種, 6分子 ABCDEF
#1: タンパク質 | 分子量: 24698.955 Da / 分子数: 4 / 断片: CH2 and CH3 regions, residues 112-330 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IGHG1 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) 参照: UniProt: P01857 #2: タンパク質 | 分子量: 31014.074 Da / 分子数: 2 / 断片: Extracellular residues 21-289 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FCGR1A, FCG1, FCGR1, IGFR1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P12314 |
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-糖 , 6種, 7分子
#3: 多糖 | #4: 多糖 | beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose- ...beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[beta-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | #5: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | #6: 多糖 | N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose | #7: 糖 | ChemComp-NAG / | #8: 糖 | ChemComp-FUL / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.04 % / 解説: plates |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG8000, 10mM Hepes(pH7.5), 50mM Lithium sulfate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月8日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.485→50 Å / Num. obs: 20950 / % possible obs: 91.5 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 127 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.135 / Net I/σ(I): 22.1 |
反射 シェル | 解像度: 3.485→3.56 Å / 冗長度: 1.5 % / Rmerge(I) obs: 0.65 / Mean I/σ(I) obs: 1 / % possible all: 68.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 3.485→40.665 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 41.26 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.485→40.665 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS |
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LS精密化 シェル |
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