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- PDB-4wzq: Mutant K20E of RNA dependent RNA polymerase 3D from Foot-and-Mout... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wzq
タイトルMutant K20E of RNA dependent RNA polymerase 3D from Foot-and-Mouth disease Virus complexed with RNA
要素
  • RNA dependent-RNA polymerase 3D
  • RNA template
  • RNAprimer
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / RNA dependent RNA polymerase (RNA依存性RNAポリメラーゼ) / Nuclear Localization Signal (核局在化シグナル) / Picornavirus (ピコルナウイルス科) / closed right-hand
機能・相同性
機能・相同性情報


L-ペプチダーゼ / modulation by virus of host chromatin organization / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle membrane / nucleoside-triphosphate phosphatase / protein complex oligomerization / regulation of translation ...L-ペプチダーゼ / modulation by virus of host chromatin organization / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle membrane / nucleoside-triphosphate phosphatase / protein complex oligomerization / regulation of translation / monoatomic ion channel activity / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / RNA helicase activity / viral protein processing / induction by virus of host autophagy / RNA依存性RNAポリメラーゼ / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / virion attachment to host cell / structural molecule activity / タンパク質分解 / RNA binding / ATP binding / 生体膜
類似検索 - 分子機能
Aphthovirus leader protease (L(pro)) domain profile. / Peptidase C28, foot-and-mouth virus L-proteinase / Foot-and-mouth virus L-proteinase / Foot-and-mouth disease virus VP1 coat / Capsid protein VP4, Picornavirus / Viral protein VP4 subunit / Mitochondrial Import Receptor Subunit Tom20; Chain A - #20 / Capsid protein VP4 superfamily, Picornavirus / Mitochondrial Import Receptor Subunit Tom20; Chain A / Helicase/polymerase/peptidase polyprotein, Calicivirus-type ...Aphthovirus leader protease (L(pro)) domain profile. / Peptidase C28, foot-and-mouth virus L-proteinase / Foot-and-mouth virus L-proteinase / Foot-and-mouth disease virus VP1 coat / Capsid protein VP4, Picornavirus / Viral protein VP4 subunit / Mitochondrial Import Receptor Subunit Tom20; Chain A - #20 / Capsid protein VP4 superfamily, Picornavirus / Mitochondrial Import Receptor Subunit Tom20; Chain A / Helicase/polymerase/peptidase polyprotein, Calicivirus-type / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / ヘリカーゼ / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Alpha-Beta Plaits / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / Up-down Bundle / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / リボ核酸 / Genome polyprotein / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Foot-and-mouth disease virus (口蹄疫ウイルス)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Verdaguer, N. / Ferrer-Orta, C.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2015
タイトル: Multifunctionality of a picornavirus polymerase domain: nuclear localization signal and nucleotide recognition.
著者: Ferrer-Orta, C. / de la Higuera, I. / Caridi, F. / Sanchez-Aparicio, M.T. / Moreno, E. / Perales, C. / Singh, K. / Sarafianos, S.G. / Sobrino, F. / Domingo, E. / Verdaguer, N.
履歴
登録2014年11月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年5月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年5月13日Group: Database references
改定 1.22015年6月17日Group: Database references
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA dependent-RNA polymerase 3D
B: RNA template
C: RNAprimer
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,9864
ポリマ－58,9313
非ポリマー551
水21612
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4020 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area21750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.160, 95.160, 101.329
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 RNA dependent-RNA polymerase 3D


分子量: 54177.340 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1858-2328 / 変異: K20E / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Foot-and-mouth disease virus (口蹄疫ウイルス)
遺伝子: CDS / プラスミド: pET28a
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: A4H1Z0, UniProt: P03311*PLUS
#2: RNA鎖 RNA template


分子量: 2541.577 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: RNA鎖 RNAprimer


分子量: 2212.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.78 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 30%PEG 4000, 0.2M Mg(CH3COO)2, 0.1M MES pH6.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 1.5 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→43.16 Å / Num. obs: 13460 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 11.9
反射 シェル解像度: 2.8→2.95 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.514 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0069精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
REFMACrigid body refinement using PDB id 1wne as a model位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1wne

1wne


解像度: 2.8→43.16 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.912 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.885 / SU B: 41.101 / SU ML: 0.362 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.438 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27087 726 5.4 %RANDOM
Rwork0.24943 ---
obs0.25052 12712 99.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 73.586 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.25 Å20.12 Å20 Å2
2--0.25 Å2-0 Å2
3----0.8 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→43.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3748 314 1 12 4075
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.0194197
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023751
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.6881.8825758
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.67438634
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.4295477
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.76923.405185
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.41315631
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg7.7771528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0430.2626
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.0214571
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021002
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.2353.6091905
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2353.6081904
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.4315.4132380
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other0.4315.4142381
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.1513.6352291
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.1513.6352290
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other0.2785.4513377
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined1.07229.4534754
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other1.07229.4554755
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.872 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.369 54 -
Rwork0.343 900 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.0754-0.85570.52186.3609-0.38271.96990.07640.1568-0.04610.126-0.13960.56920.1612-0.37460.06330.05050.03760.00360.2969-0.0880.081419.176726.304924.7199
213.149710.65777.230111.34423.54156.432-0.26370.05730.5848-0.35470.19581.2528-0.0622-0.29710.06790.49030.12670.07580.5832-0.16140.664213.556933.820130.1418
38.9827-7.18880.634113.37825.11724.2243-0.2348-0.3634-0.11880.8877-0.19330.65790.4751-0.52860.42820.37490.0638-0.04310.689-0.09640.574112.35438.488527.1777
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 476
2X-RAY DIFFRACTION2B903 - 910
3X-RAY DIFFRACTION3C914 - 920

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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