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Yorodumi- PDB-4wyp: The crystal structure of the A109G mutant of RNase A in complex w... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4wyp | ||||||
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Title | The crystal structure of the A109G mutant of RNase A in complex with 5'AMP | ||||||
Components | Ribonuclease pancreaticPancreatic ribonuclease family | ||||||
Keywords | HYDROLASE / conformational dynamics | ||||||
Function / homology | Function and homology information pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / RNA nuclease activity / nucleic acid binding / lyase activity / defense response to Gram-positive bacterium / extracellular region Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Bos taurus (cattle) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.502 Å | ||||||
Authors | French, R.L. / Gagne, D. / Doucet, N. / Simonovic, M. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Structure / Year: 2015 Title: Perturbation of the Conformational Dynamics of an Active-Site Loop Alters Enzyme Activity. Authors: Gagne, D. / French, R.L. / Narayanan, C. / Simonovic, M. / Agarwal, P.K. / Doucet, N. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4wyp.cif.gz | 117.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4wyp.ent.gz | 90.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4wyp.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wy/4wyp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wy/4wyp | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 4wynSC 4wyzC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 13825.496 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: A109G Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Bos taurus (cattle) / Gene: RNASE1, RNS1 / Plasmid: pET22b(+) / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: P61823, EC: 3.1.27.5 #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.09 Å3/Da / Density % sol: 41.04 % |
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Crystal grow | Temperature: 294 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 / Details: MIB Buffer, PEG 6,000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 22-ID / Wavelength: 0.987 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MAR scanner 300 mm plate / Detector: IMAGE PLATE / Date: Mar 7, 2012 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.987 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.5→50 Å / Num. obs: 35457 / % possible obs: 94.6 % / Redundancy: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 11.19 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.142 / Rpim(I) all: 0.068 / Rrim(I) all: 0.158 / Χ2: 1.246 / Net I/av σ(I): 10.582 / Net I/σ(I): 15.4 / Num. measured all: 169142 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4WYN Resolution: 1.502→32.038 Å / SU ML: 0.12 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / Phase error: 18.25 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 127.14 Å2 / Biso mean: 17.3468 Å2 / Biso min: 2.62 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.502→32.038 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 13
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