[日本語] English
万見
- PDB-4wp2: Chaetomium Mex67 UBA domain -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wp2
タイトルChaetomium Mex67 UBA domain
要素Putative mRNA export protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / nuclear export factor
機能・相同性
機能・相同性情報


poly(A)+ mRNA export from nucleus / RNA binding / 細胞核
類似検索 - 分子機能
Mex67, RNA recognition motif / RNA認識モチーフ / TAP C-terminal (TAP-C) domain / TAP C-terminal domain / TAP C-terminal (TAP-C) domain profile. / C-terminal domain of vertebrate Tap protein / Nuclear RNA export factor / Nuclear transport factor 2, eukaryote / Nuclear transport factor 2 domain profile. / Ubiquitin-associated (UBA) domain ...Mex67, RNA recognition motif / RNA認識モチーフ / TAP C-terminal (TAP-C) domain / TAP C-terminal domain / TAP C-terminal (TAP-C) domain profile. / C-terminal domain of vertebrate Tap protein / Nuclear RNA export factor / Nuclear transport factor 2, eukaryote / Nuclear transport factor 2 domain profile. / Ubiquitin-associated (UBA) domain / UBA-like superfamily / NTF2-like domain superfamily / Leucine-rich repeat profile. / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / ロイシンリッチリピート / Leucine-rich repeat domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Putative mRNA export protein
類似検索 - 構成要素
生物種Chaetomium thermophilum (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Aibara, S. / Stewart, M.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Medical Research Council (United Kingdom) 英国
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2015
タイトル: Structural characterization of the principal mRNA-export factor Mex67-Mtr2 from Chaetomium thermophilum.
著者: Aibara, S. / Valkov, E. / Lamers, M.H. / Dimitrova, L. / Hurt, E. / Stewart, M.
履歴
登録2014年10月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02017年9月13日Group: Advisory / Atomic model / Author supporting evidence
カテゴリ: atom_site / pdbx_audit_support ...atom_site / pdbx_audit_support / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_symm_contact
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_2

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Putative mRNA export protein
B: Putative mRNA export protein
C: Putative mRNA export protein
D: Putative mRNA export protein
E: Putative mRNA export protein
F: Putative mRNA export protein
G: Putative mRNA export protein
H: Putative mRNA export protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,3168
ポリマ－54,3168
非ポリマー00
水6,467359
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
  • OCTAMERIC
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6930 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area25070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.903, 95.903, 74.967
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11G-709-

HOH

21H-704-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
Putative mRNA export protein


分子量: 6789.470 Da / 分子数: 8 / 断片: UNP residues 600-657 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (菌類) / 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: CTHT_0059630 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G0SET4
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 359 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.87 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: see publication for precise details. Cacodylate buffer employed.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年3月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→48 Å / Num. all: 734115 / Num. obs: 44143 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 16.6 % / Net I/σ(I): 19.8

-
解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.9_1692) / 分類: 精密化
精密化解像度: 1.7→41.527 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 27.14 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2402 2217 5.04 %
Rwork0.1982 --
obs0.2003 44030 99.78 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→41.527 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3675 0 0 359 4034
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0063731
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0515064
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.4871377
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.038569
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005676
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7001-1.7370.36541600.29572574X-RAY DIFFRACTION100
1.737-1.77740.38681420.29632594X-RAY DIFFRACTION100
1.7774-1.82190.27871140.26832615X-RAY DIFFRACTION100
1.8219-1.87110.30971240.25572603X-RAY DIFFRACTION100
1.8711-1.92620.30841300.2472586X-RAY DIFFRACTION100
1.9262-1.98840.27211400.23532572X-RAY DIFFRACTION100
1.9884-2.05940.27141490.21482595X-RAY DIFFRACTION100
2.0594-2.14190.23731340.20762614X-RAY DIFFRACTION100
2.1419-2.23940.23951420.18492590X-RAY DIFFRACTION100
2.2394-2.35740.23821340.18652607X-RAY DIFFRACTION100
2.3574-2.50510.23251380.18672614X-RAY DIFFRACTION100
2.5051-2.69850.18621360.19212628X-RAY DIFFRACTION100
2.6985-2.970.24971460.18972623X-RAY DIFFRACTION100
2.97-3.39960.2291550.19232617X-RAY DIFFRACTION100
3.3996-4.28240.21331290.16742654X-RAY DIFFRACTION100
4.2824-41.53960.22471440.19172727X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.61330.48020.41671.2864-0.15120.58060.51120.27530.69370.1832-0.2631-0.0921-0.0946-0.11640.3840.21670.08690.0350.24610.04320.338311.448524.125422.2711
21.0315-0.1527-1.34940.08120.1922.00140.21190.1566-0.3250.2841-0.2043-0.5077-0.2382-0.19250.04250.22610.0119-0.07590.18310.00450.354116.148814.721924.2651
30.15080.09150.04170.1363-0.04050.04990.2347-0.1096-0.41770.2777-0.11510.20770.090.02380.00060.30310.0245-0.03080.3277-0.07570.482426.105620.906525.14
43.0540.13610.10950.0581-0.00941.0896-0.58420.09780.080.49360.2843-0.095-0.3708-0.0866-1.0740.36250.1498-0.0970.2198-0.0290.219514.173233.565510.4879
50.11380.1429-0.07450.1793-0.0930.05710.2003-0.0462-0.08070.3859-0.0677-0.1749-0.1391-0.0225-0.14571.37240.2397-0.27520.5566-0.21410.630116.557839.625919.9448
60.6149-0.26650.20150.1198-0.10960.22760.25710.73170.12760.0557-0.16140.112-0.21380.0376-0.0120.23940.03970.03070.3276-0.02830.1938-3.217543.56592.5455
70.35540.4483-0.07370.6505-0.15880.26630.13430.7659-0.59570.017-0.155-0.09560.0302-0.0002-0.15350.22610.0596-0.01810.3476-0.13310.22032.951436.2570.7516
81.82380.2513-2.36490.3381-0.65043.43120.01090.3553-0.16140.08880.4703-1.05540.1007-0.06121.71470.4585-0.0251-0.160.3295-0.23360.6864-4.658128.0816-1.2646
90.62340.1632-0.13480.09380.13490.3361-0.12860.3083-0.03370.0277-0.15050.09530.0613-0.3128-0.20840.20070.0138-0.0240.2844-0.06150.2033-12.673544.928415.1914
100.00350.0314-0.00040.1405-0.00420.0046-0.30890.26770.0936-0.34120.2669-0.2939-0.6505-0.06680.00370.5096-0.0941-0.1810.9190.23660.9225-15.196353.38833.4393
111.2030.01390.03540.054-0.04240.31250.45040.30630.66820.0843-0.1968-0.234-0.0144-0.02590.02790.26650.0290.01130.2099-0.0070.3629-13.092265.250422.6997
120.32040.14340.04540.15180.20.28360.2091-0.11440.0220.123-0.1096-0.24750.17440.02220.02870.22070.0334-0.07930.2374-0.02150.2682-8.294255.9225.2821
130.08920.0389-0.0210.02220.00070.0320.2281-0.0639-0.16590.3991-0.4061-0.08220.08720.4528-0.00010.3776-0.0144-0.08230.3523-0.04490.34451.991961.840926.1906
140.1842-0.1407-0.40250.72830.22970.9248-0.2878-0.3783-0.17150.2921-0.1116-0.1113-0.0189-0.0757-0.79390.3510.2264-0.05950.20350.06070.2657-8.498668.602114.7108
151.76380.42530.38822.42651.82611.3733-0.4649-0.2643-0.11050.46690.30250.4262-0.47070.0302-0.14330.43130.21970.0090.2355-0.01390.2654-14.529275.793513.9919
160.01110.0065-0.01450.03090.00090.0205-0.25730.1293-0.00050.02830.1181-0.1486-0.0292-0.1325-0.00030.19490.01480.0490.1826-0.03310.2662-12.541770.94473.8655
170.5270.3638-0.0740.30890.01790.1216-0.50820.38310.30840.26240.2935-0.6034-0.38850.3064-0.09280.29520.0165-0.11470.2089-0.04050.3637-6.406680.25578.899
180-0.0005-0.00030.00020.0002-0.00020.0391-0.0003-0.07010.04460.01390.0357-0.076-0.0330.25781.17220.57140.14990.2914-0.09050.4372-15.158484.371519.2195
190.0127-0.008-0.02260.04360.03870.05870.0327-0.0671-0.02020.04-0.0441-0.0123-0.04350.1687-0.06821.00020.0181-0.38950.7071-0.03440.3809-7.330979.483122.773
200.37510.2183-0.11470.2584-0.17210.43970.0620.353-0.32760.1577-0.08010.1662-0.1472-0.0422-0.03280.21940.04050.00180.2048-0.08240.2775-23.775381.04983.4398
210.0173-0.1449-0.09611.07670.63463.8134-0.02360.9285-1.2675-0.32980.2601-0.0653-0.1533-0.00920.22290.16630.0008-0.05540.4008-0.2260.5523-19.581573.7434-4.2367
221.63970.1683-1.15890.1754-0.44481.5603-0.33020.34470.06630.16380.4668-0.82650.10070.00260.11690.3591-0.0356-0.11780.2608-0.07540.5936-30.971170.4044-0.6719
230.0637-0.0694-0.08730.07480.09590.09210.04310.4101-0.1427-0.0288-0.0967-0.17440.0923-0.0765-0.00030.22270.0357-0.01150.2177-0.05180.191-32.062382.738611.1188
241.91440.23931.89511.1407-0.13741.98670.14770.13970.5257-0.3584-0.575-0.1612-0.633-0.6351-0.47170.28630.154-0.0160.25260.03150.1831-35.348791.673311.2315
250.0139-0.002-0.01460.02550.00860.02030.163-0.1785-0.01270.0444-0.25760.04870.0185-0.221400.21270.0104-0.01460.25340.0160.2153-31.587288.061121.4716
260.7259-0.10780.16670.96740.57720.41640.3832-0.3066-0.2119-0.0431-0.52890.2441-0.0107-0.9275-0.03410.19420.017-0.05370.4329-0.0910.2991-42.897487.143316.9829
270.1739-0.07460.02380.0311-0.010.0038-0.02270.03910.0765-0.0096-0.0399-0.0716-0.0677-0.0178-0.03160.75220.5249-0.18860.73890.20310.6393-43.144895.79395.66
280.52220.2147-0.24840.0895-0.10080.1175-0.11370.2999-0.2155-0.2063-0.3085-0.00820.2656-0.353-0.0250.92960.0329-0.24580.955-0.15550.5004-41.815383.46263.9852
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 597 through 613 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 614 through 645 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 646 through 657 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 600 through 645 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 646 through 657 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resid 597 through 613 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 614 through 641 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 642 through 657 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'D' and (resid 600 through 645 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'D' and (resid 646 through 657 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'E' and (resid 597 through 613 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'E' and (resid 614 through 645 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'E' and (resid 646 through 657 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'F' and (resid 600 through 613 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'F' and (resid 614 through 624 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'F' and (resid 625 through 631 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'F' and (resid 632 through 645 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'F' and (resid 646 through 650 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'F' and (resid 651 through 655 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'G' and (resid 597 through 631 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'G' and (resid 632 through 645 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'G' and (resid 646 through 657 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'H' and (resid 600 through 613 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'H' and (resid 614 through 624 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'H' and (resid 625 through 631 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'H' and (resid 632 through 645 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'H' and (resid 646 through 650 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'H' and (resid 651 through 657 )

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る