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- PDB-4wfd: Structure of the Rrp6-Rrp47-Mtr4 interaction -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wfd
タイトルStructure of the Rrp6-Rrp47-Mtr4 interaction
要素
  • ATP-dependent RNA helicase DOB1
  • Exosome complex exonuclease RRP6
  • Exosome complex protein LRP1エキソソーム複合体
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / Rrp6-Rrp47 complex / nuclear exosome / RNA degradation / RNA processing (転写後修飾)
機能・相同性
機能・相同性情報


nuclear mRNA surveillance of mRNA 3'-end processing / nuclear polyadenylation-dependent antisense transcript catabolic process / nuclear polyadenylation-dependent snoRNA catabolic process / nuclear polyadenylation-dependent snRNA catabolic process / TRAMP complex / nuclear polyadenylation-dependent CUT catabolic process / TRAMP-dependent tRNA surveillance pathway / U1 snRNA 3'-end processing / RNA fragment catabolic process / nuclear polyadenylation-dependent mRNA catabolic process ...nuclear mRNA surveillance of mRNA 3'-end processing / nuclear polyadenylation-dependent antisense transcript catabolic process / nuclear polyadenylation-dependent snoRNA catabolic process / nuclear polyadenylation-dependent snRNA catabolic process / TRAMP complex / nuclear polyadenylation-dependent CUT catabolic process / TRAMP-dependent tRNA surveillance pathway / U1 snRNA 3'-end processing / RNA fragment catabolic process / nuclear polyadenylation-dependent mRNA catabolic process / U5 snRNA 3'-end processing / nuclear polyadenylation-dependent rRNA catabolic process / U4 snRNA 3'-end processing / exosome (RNase complex) / poly(A)-dependent snoRNA 3'-end processing / nuclear exosome (RNase complex) / exonucleolytic trimming to generate mature 3'-end of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / 3'-5' RNA helicase activity / rRNA catabolic process / histone mRNA catabolic process / nuclear mRNA surveillance / post-transcriptional tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / rRNA primary transcript binding / poly(A) binding / RNA catabolic process / maturation of 5.8S rRNA / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / 転写後修飾 / enzyme regulator activity / 転写後修飾 / double-stranded RNA binding / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / 3'-5'-RNA exonuclease activity / double-stranded DNA binding / 遺伝子発現の調節 / single-stranded RNA binding / RNA helicase activity / oxidoreductase activity / ヘリカーゼ / nucleotide binding / mRNA binding / protein-containing complex binding / 核小体 / ATP hydrolysis activity / DNA binding / RNA binding / ATP binding / 細胞核
類似検索 - 分子機能
Exosome-associated factor Rrp47/DNA strand repair C1D / : / Exosome-associated factor Rrp6, N-terminal / Exosome complex exonuclease Rrp6-like / PMC2NT (NUC016) domain / rRNA-processing arch domain / Mtr4-like, beta-barrel domain / : / Exosome RNA helicase MTR4-like, stalk / ATP-dependent RNA helicase Ski2, C-terminal ...Exosome-associated factor Rrp47/DNA strand repair C1D / : / Exosome-associated factor Rrp6, N-terminal / Exosome complex exonuclease Rrp6-like / PMC2NT (NUC016) domain / rRNA-processing arch domain / Mtr4-like, beta-barrel domain / : / Exosome RNA helicase MTR4-like, stalk / ATP-dependent RNA helicase Ski2, C-terminal / ATP-dependent RNA helicase Ski2-like / DSHCT (NUC185) domain / DSHCT / Sas10/Utp3/C1D / Sas10/Utp3/C1D family / Helicase and RNase D C-terminal / HRDC domain / HRDC domain / HRDC domain profile. / HRDC domain superfamily / Prismane-like superfamily / 3'-5' exonuclease / 3'-5' exonuclease / 3'-5' exonuclease domain / HRDC-like superfamily / DEAD/DEAH box helicase / DEAD/DEAH box helicase domain / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
YTTRIUM (III) ION / Exosome complex protein LRP1 / ATP-dependent RNA helicase DOB1 / Exosome complex exonuclease RRP6
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Schuch, B. / Conti, E.
資金援助 ドイツ, 3件
組織認可番号国
European Research CouncilAdvanced Investigator Grant 294371
Marie CurieITN RNPnet
German Research FoundationDFG SFB646, SFB1035, GRK1721, FOR1680, CIPSM ドイツ
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2014
タイトル: The exosome-binding factors Rrp6 and Rrp47 form a composite surface for recruiting the Mtr4 helicase.
著者: Schuch, B. / Feigenbutz, M. / Makino, D.L. / Falk, S. / Basquin, C. / Mitchell, P. / Conti, E.
履歴
登録2014年9月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年10月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年12月10日Group: Database references
改定 2.02017年9月6日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_site / pdbx_audit_support ...atom_site / pdbx_audit_support / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / software / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _pdbx_audit_support.funding_organization / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id / _struct_site_gen.auth_seq_id
改定 3.02024年1月10日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI ..._atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Exosome complex exonuclease RRP6
B: Exosome complex protein LRP1
C: ATP-dependent RNA helicase DOB1
D: Exosome complex exonuclease RRP6
E: Exosome complex protein LRP1
F: ATP-dependent RNA helicase DOB1
G: Exosome complex exonuclease RRP6
H: Exosome complex protein LRP1
I: ATP-dependent RNA helicase DOB1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,55531
ポリマ－81,5999
非ポリマー1,95622
水2,324129
1
A: Exosome complex exonuclease RRP6
B: Exosome complex protein LRP1
C: ATP-dependent RNA helicase DOB1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,91111
ポリマ－27,2003
非ポリマー7118
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7300 Å2
ΔGint-73 kcal/mol
Surface area11110 Å2
手法PISA
2
D: Exosome complex exonuclease RRP6
E: Exosome complex protein LRP1
F: ATP-dependent RNA helicase DOB1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,82210
ポリマ－27,2003
非ポリマー6227
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6650 Å2
ΔGint-71 kcal/mol
Surface area10470 Å2
手法PISA
3
G: Exosome complex exonuclease RRP6
H: Exosome complex protein LRP1
I: ATP-dependent RNA helicase DOB1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,82210
ポリマ－27,2003
非ポリマー6227
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6450 Å2
ΔGint-76 kcal/mol
Surface area10220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)142.745, 142.745, 63.450
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number149
Space group name H-MP312
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-204-

YT3

21A-205-

YT3

31A-206-

YT3

41B-201-

YT3

51C-101-

YT3

61D-203-

YT3

71D-204-

YT3

81E-201-

YT3

91F-101-

YT3

101H-205-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain D
31chain G
12chain B
22chain E
32chain H
13chain F
23chain I

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLUGLUASNASNchain AAA4 - 1048 - 108
21ASPASPASNASNchain DDD7 - 10411 - 108
31PROPROASNASNchain GGG6 - 10410 - 108
12METMETSERSERchain BBB1 - 1001 - 100
22METMETASNASNchain EEE1 - 1011 - 101
32GLUGLUASPASPchain HHH2 - 942 - 94
13ASPASPGLUGLUchain FFF5 - 125 - 12
23ASPASPGLUGLUchain III5 - 125 - 12

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: タンパク質 Exosome complex exonuclease RRP6 / Ribosomal RNA-processing protein 6


分子量: 12862.192 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 1-111 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: RRP6, UNC733, YOR001W / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q12149, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ
#2: タンパク質 Exosome complex protein LRP1 / エキソソーム複合体 / Like an rRNA processing protein 1 / Yeast C1D domain-containing protein / rRNA processing protein 47


分子量: 12023.088 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 1-103 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: LRP1, RRP47, YC1D, YHR081W / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P38801
#3: タンパク質・ペプチド ATP-dependent RNA helicase DOB1 / mRNA transport regulator MTR4


分子量: 2314.539 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 1-19 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P47047, ヘリカーゼ
#4: 化合物...
ChemComp-YT3 / YTTRIUM (III) ION / イットリウム


分子量: 88.906 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 合成 / 式: Y
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 129 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.22 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 12% PEG 1000, 0.1M imidazole pH 7.5, 0.125 M calcium acetate, 5mM yttrium chloride

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年12月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: -h,-k,l / Fraction: 0.5
反射解像度: 2.4→47.42 Å / Num. obs: 56538 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 17.3 % / Rmerge F obs: 1 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Rrim(I) all: 0.095 / Χ2: 1.076 / Net I/σ(I): 25.7 / Num. measured all: 500154
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0

解像度 (Å)最高解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge F obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible allRmerge(I) obs
2.4-2.4917.20.6021.779421918589391.78496.5
2.54-2.720.7952.5276761860986021.03999.90.98
2.72-2.930.8983.8469274801480070.65599.90.616
2.93-3.210.9757.9264218737473720.3141000.296
3.21-3.590.99716.8261267667766770.1431000.135
3.59-4.140.99930.8552845590859080.0721000.068
4.14-5.060.99949.5942896497849780.041000.038
5.06-7.12149.4934711389438940.0431000.04
7.12199.6618760217021600.01899.50.017

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
Cootモデル構築
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: 4wfc

4wfc


解像度: 2.4→47.42 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.91 / 位相誤差: 26.28 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2426 2872 5.08 %
Rwork0.2007 53613 -
obs0.2028 56538 99.53 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 241.35 Å2 / Biso mean: 69.501 Å2 / Biso min: 35 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.4→47.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4560 0 22 129 4711
Biso mean--107.66 58.51 -
残基数----582
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0094604
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.296182
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.057723
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006792
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.6071752
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1097X-RAY DIFFRACTION9.183TORSIONAL
12D1097X-RAY DIFFRACTION9.183TORSIONAL
13G1097X-RAY DIFFRACTION9.183TORSIONAL
21B1401X-RAY DIFFRACTION9.183TORSIONAL
22E1401X-RAY DIFFRACTION9.183TORSIONAL
23H1401X-RAY DIFFRACTION9.183TORSIONAL
31F68X-RAY DIFFRACTION9.183TORSIONAL
32I68X-RAY DIFFRACTION9.183TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.3983-2.43970.29471420.3012555269789
2.4397-2.4840.32871230.29992686280996
2.484-2.53170.30491850.28932659284493
2.5317-2.58330.30141390.27892680281995
2.5833-2.63940.27351190.27742726284596
2.6394-2.70070.27891670.26692620278794
2.7007-2.76820.30741460.26772691283795
2.7682-2.84290.23941340.27322714284895
2.8429-2.92640.28711330.25192663279695
2.9264-3.02060.31611590.23742700285994
3.0206-3.12840.26591370.22192694283195
3.1284-3.25330.22481440.21912699284395
3.2533-3.40090.24221640.20652664282894
3.4009-3.57960.27961340.19312678281295
3.5796-3.8030.2481400.19042704284495
3.803-4.09520.17091440.16862684282895
4.0952-4.50470.25131540.15882677283195
4.5047-5.15040.18271350.15992685282095
5.1504-6.46610.23131450.18462714285995
6.4661-23.36320.25321240.17292720284496
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.4232-1.4768-0.71631.45710.78491.25250.5123-0.5445-0.45810.7981-0.4464-0.03720.34940.1101-0.00180.6106-0.0286-0.06460.54750.01150.50455.13351.304581.8423
20.07160.0961-0.00060.14310.00440.0791-0.2702-0.0783-0.0390.2718-0.373-0.7231-0.82850.03910.00090.65130.0572-0.02660.76410.02310.784224.416866.246778.7286
31.5613-1.0661-0.13711.5824-0.31992.29160.20650.03240.49130.1084-0.07420.1091-0.27190.13130.00150.5987-0.0199-0.0010.6015-0.01110.5934-4.196264.041974.3851
41.4495-0.5392-0.64191.8864-0.57472.35550.0120.1404-0.19170.1950.0894-0.07090.36380.0487-0.00030.62720.03440.00090.48910.00910.55651.283454.992475.6485
51.4467-1.19850.68431.25330.11311.8491-0.0611-0.65070.27790.51230.33190.2238-0.0248-0.1406-0.00070.9540.05630.01760.7503-0.06440.6213-8.726160.630688.1081
60.1164-0.11490.06280.1101-0.07760.04730.5399-1.7096-0.98332.2-0.155-0.03820.63530.16820.01441.0173-0.06480.01520.83070.14620.64341.144156.534590.0614
70.003-0.01550.01150.1088-0.0830.0381-0.0374-0.0131-0.0186-0.79960.41130.4854-0.2730.3817-0.00021.020.10090.08831.27410.04230.86116.35957.196390.3541
81.2188-0.8380.42471.9133-0.28441.69330.175-0.0710.07810.40140.00020.3776-0.1706-0.51470.00070.59090.01320.05970.58760.01130.5745-11.485223.005475.4623
90.1624-0.1337-0.13760.10120.07030.1698-0.66630.2441-0.5108-0.37730.02860.29890.14210.5498-0.00481.1562-0.19940.14671.0501-0.04180.699210.512216.455166.1572
101.5306-1.1812-0.61551.4003-0.29321.41050.4671-0.0315-1.02850.8513-0.2867-0.45560.55610.91940.00620.7047-0.0325-0.11210.6999-0.05840.799716.112718.756279.8357
110.4787-0.18420.53491.22641.0722.12970.13910.12740.9958-0.01450.08160.5464-0.5266-0.7561-0.00120.57710.10570.0130.62770.06810.6215-13.320329.20474.7604
120.15420.0403-0.12370.0212-0.05840.1272-0.1279-0.05520.7593-0.311-0.0998-0.9372-0.17021.0468-0.00060.589-0.03250.03510.8212-0.04160.73816.330829.593369.4102
131.3654-1.4034-0.30351.37640.46522.70690.1796-0.0735-0.26880.467-0.0592-0.14990.0921-0.24330.00050.6464-0.0299-0.02620.4758-0.01270.53952.311521.677579.7167
140.9404-0.91450.05450.9152-0.38481.45730.5404-0.6472-0.08291.1772-0.2478-0.340.07630.46910.00110.814-0.0196-0.06440.8303-0.0890.633712.386724.552588.7697
150.0606-0.0412-0.03730.0620.05230.02820.1188-1.63530.41661.95240.55260.3818-0.5903-0.16970.00930.83680.1372-0.0640.5757-0.03850.7378-1.880925.252490.1422
160.2567-0.2682-0.0740.34240.26650.3734-0.29590.71830.6151-0.57330.38660.49240.38280.1149-0.00110.83860.0654-0.12640.98740.18940.805942.110448.138676.9634
170.15160.04460.1010.3062-0.18850.05250.0668-0.0380.02170.0837-0.02520.4315-0.2262-0.02590.00010.7733-0.003-0.05760.75890.00040.814751.841356.148486.4083
181.2117-0.8967-0.31070.8607-0.24180.78350.1507-0.1825-0.2319-0.53220.274-0.691-0.2657-0.21580.00390.8028-0.0650.00910.6917-0.03150.935852.379124.865878.5668
190.1056-0.2328-0.28830.28060.29140.21690.027-0.02190.19220.26910.0228-0.1474-0.5534-0.49140.00010.73760.0717-0.01740.88040.10850.882642.252255.150783.7759
200.2018-0.0221-0.13990.12190.0460.09560.14420.3619-0.2460.305-0.10470.66411.0332-0.37870.00210.887-0.1321-0.21370.8690.17970.95741.856926.392789.2232
210.5685-0.43650.06630.3416-0.04630.8585-0.04160.18080.00410.102-0.16730.14950.08790.015-0.00010.6538-0.1008-0.04450.850.13180.79947.82837.328279.1849
220.2919-0.28120.13120.2942-0.02210.7807-0.27570.97940.0273-0.4860.7407-0.0898-0.2380.4001-0.00160.9231-0.00880.02431.01520.0830.792652.01435.493371.4144
230.1096-0.04860.05180.0192-0.00950.1051-0.75640.46310.0671-0.52360.24930.005-0.83580.3914-0.00390.97190.23030.08141.27010.19850.721146.370942.786168.5564
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 4 through 25 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 26 through 35 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 36 through 104 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 1 through 67 )B0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 68 through 100 )B0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resid 4 through 11 )C0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 12 through 17 )C0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'D' and (resid 7 through 60 )D0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'D' and (resid 61 through 78 )D0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'D' and (resid 79 through 104 )D0
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'E' and (resid 1 through 30 )E0
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'E' and (resid 31 through 42 )E0
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'E' and (resid 43 through 73 )E0
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'E' and (resid 74 through 101 )E0
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'F' and (resid 5 through 12 )F0
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'G' and (resid 6 through 25 )G0
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'G' and (resid 26 through 60 )G0
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'G' and (resid 61 through 104 )G0
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'H' and (resid 2 through 28 )H0
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'H' and (resid 29 through 42 )H0
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'H' and (resid 43 through 68 )H0
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'H' and (resid 69 through 94 )H0
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'I' and (resid 5 through 12 )I0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る