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- PDB-4wee: High-resolution structure of Synaptotagmin 1 C2A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wee
タイトルHigh-resolution structure of Synaptotagmin 1 C2A
要素Synaptotagmin-1
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / synaptotagmin / C2 domain (C2ドメイン) / Ca2+ / beta-sandwich
機能・相同性
機能・相同性情報


synchronous neurotransmitter secretion / fast, calcium ion-dependent exocytosis of neurotransmitter / positive regulation of calcium ion-dependent exocytosis of neurotransmitter / syntaxin-3 binding / calcium-dependent activation of synaptic vesicle fusion / regulation of regulated secretory pathway / calcium ion sensor activity / spontaneous neurotransmitter secretion / Glutamate Neurotransmitter Release Cycle / Norepinephrine Neurotransmitter Release Cycle ...synchronous neurotransmitter secretion / fast, calcium ion-dependent exocytosis of neurotransmitter / positive regulation of calcium ion-dependent exocytosis of neurotransmitter / syntaxin-3 binding / calcium-dependent activation of synaptic vesicle fusion / regulation of regulated secretory pathway / calcium ion sensor activity / spontaneous neurotransmitter secretion / Glutamate Neurotransmitter Release Cycle / Norepinephrine Neurotransmitter Release Cycle / Acetylcholine Neurotransmitter Release Cycle / Serotonin Neurotransmitter Release Cycle / dense core granule / GABA synthesis, release, reuptake and degradation / positive regulation of vesicle fusion / chromaffin granule membrane / Dopamine Neurotransmitter Release Cycle / calcium ion-regulated exocytosis of neurotransmitter / positive regulation of calcium ion-dependent exocytosis / vesicle docking / regulation of calcium ion-dependent exocytosis / exocytic vesicle / positive regulation of dopamine secretion / protein heterooligomerization / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Clathrin-mediated endocytosis / calcium-ion regulated exocytosis / positive regulation of dendrite extension / neurotransmitter secretion / calcium-dependent phospholipid binding / neuron projection terminus / syntaxin-1 binding / syntaxin binding / regulation of synaptic vesicle exocytosis / low-density lipoprotein particle receptor binding / clathrin binding / regulation of dopamine secretion / phosphatidylserine binding / synaptic vesicle exocytosis / synaptic vesicle endocytosis / excitatory synapse / detection of calcium ion / positive regulation of synaptic transmission / regulation of synaptic transmission, glutamatergic / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / cellular response to calcium ion / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / SNARE binding / 分泌 / terminal bouton / phospholipid binding / synaptic vesicle membrane / response to calcium ion / calcium-dependent protein binding / シナプス小胞 / presynaptic membrane / 細胞分化 / calmodulin binding / neuron projection / protein heterodimerization activity / 神経繊維 / glutamatergic synapse / calcium ion binding / ゴルジ体 / identical protein binding / 細胞膜 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Synaptotagmin / C2ドメイン / C2ドメイン / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / C2ドメイン / C2 domain profile. / C2 domain superfamily / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 0.891 Å
データ登録者Sutton, R.B. / Fuson, K.L.
引用
ジャーナル: To Be Published
タイトル: High-resolution structure of Synaptotagmin 1 C2A
著者: Sutton, R.B.
#1: ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1995
タイトル: Structure of the first C2 domain of synaptotagmin I: a novel Ca2+/phospholipid-binding fold.
著者: Sutton, R.B. / Davletov, B.A. / Berghuis, A.M. / Sudhof, T.C. / Sprang, S.R.
履歴
登録2014年9月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年10月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年9月30日Group: Database references / Other
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Synaptotagmin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,45010
ポリマ－16,0971
非ポリマー3539
水4,378243
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)41.738, 38.547, 44.295
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.94, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Synaptotagmin-1 / / Synaptotagmin I / SytI / p65


分子量: 16097.305 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 140-266 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Syt1 / プラスミド: pGEX-KG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P21707
#2: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 243 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 44 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 / 詳細: 1.5M ammonium sulfate, 1% PEG400

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.81798 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2008年1月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.81798 Å / 相対比: 1
反射解像度: 0.7→50 Å / Num. obs: 97100 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 7 % / Rsym value: 0.033 / Net I/av σ(I): 50 / Net I/σ(I): 50
反射 シェル解像度: 0.89→1.03 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.02 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1rsy

1rsy


解像度: 0.891→19.781 Å / SU ML: 0.07 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 15.77 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.164 9710 10 %random selection
Rwork0.1486 ---
obs0.1502 97091 91.25 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 0.891→19.781 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1082 0 17 243 1342
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0121347
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.551858
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.59536
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.097196
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009248
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
0.8907-0.90080.29491720.30211459X-RAY DIFFRACTION46
0.9008-0.91140.31462150.27871782X-RAY DIFFRACTION57
0.9114-0.92250.27892310.26482031X-RAY DIFFRACTION64
0.9225-0.93420.25072640.24012264X-RAY DIFFRACTION72
0.9342-0.94650.22292460.22822532X-RAY DIFFRACTION78
0.9465-0.95940.24953080.21622591X-RAY DIFFRACTION83
0.9594-0.97310.25263040.2082870X-RAY DIFFRACTION90
0.9731-0.98770.20533400.19242945X-RAY DIFFRACTION93
0.9877-1.00310.19643310.1793034X-RAY DIFFRACTION96
1.0031-1.01950.16483400.16653138X-RAY DIFFRACTION97
1.0195-1.03710.17023260.15423076X-RAY DIFFRACTION98
1.0371-1.0560.16163370.14853165X-RAY DIFFRACTION98
1.056-1.07630.14443360.13883103X-RAY DIFFRACTION98
1.0763-1.09820.1313570.12653147X-RAY DIFFRACTION98
1.0982-1.12210.12933180.12283163X-RAY DIFFRACTION99
1.1221-1.14820.13053520.11913125X-RAY DIFFRACTION98
1.1482-1.17690.12213620.12153143X-RAY DIFFRACTION99
1.1769-1.20880.12663740.11933125X-RAY DIFFRACTION99
1.2088-1.24430.13473820.12453119X-RAY DIFFRACTION99
1.2443-1.28450.14663620.12513161X-RAY DIFFRACTION99
1.2845-1.33040.15393260.13383208X-RAY DIFFRACTION100
1.3304-1.38360.1583460.1323215X-RAY DIFFRACTION100
1.3836-1.44660.15013520.12693166X-RAY DIFFRACTION100
1.4466-1.52280.15123600.13243178X-RAY DIFFRACTION100
1.5228-1.61820.14643590.13623231X-RAY DIFFRACTION100
1.6182-1.74310.15243320.1383215X-RAY DIFFRACTION100
1.7431-1.91830.15373560.14183203X-RAY DIFFRACTION100
1.9183-2.19560.14783940.13753197X-RAY DIFFRACTION100
2.1956-2.7650.1553620.15283215X-RAY DIFFRACTION99
2.765-19.78540.2252660.18292580X-RAY DIFFRACTION77

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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