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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1rsy | ||||||
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タイトル | STRUCTURE OF THE FIRST C2-DOMAIN OF SYNAPTOTAGMIN I: A NOVEL CA2+(SLASH)PHOSPHOLIPID BINDING FOLD | ||||||
要素 | SYNAPTOTAGMIN ISynaptotagmin | ||||||
キーワード | CALCIUM/PHOSPHOLIPID BINDING PROTEIN / CALCIUM-PHOSPHOLIPID BINDING PROTEIN complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 synchronous neurotransmitter secretion / fast, calcium ion-dependent exocytosis of neurotransmitter / positive regulation of calcium ion-dependent exocytosis of neurotransmitter / syntaxin-3 binding / calcium-dependent activation of synaptic vesicle fusion / regulation of regulated secretory pathway / calcium ion sensor activity / spontaneous neurotransmitter secretion / Glutamate Neurotransmitter Release Cycle / Norepinephrine Neurotransmitter Release Cycle ...synchronous neurotransmitter secretion / fast, calcium ion-dependent exocytosis of neurotransmitter / positive regulation of calcium ion-dependent exocytosis of neurotransmitter / syntaxin-3 binding / calcium-dependent activation of synaptic vesicle fusion / regulation of regulated secretory pathway / calcium ion sensor activity / spontaneous neurotransmitter secretion / Glutamate Neurotransmitter Release Cycle / Norepinephrine Neurotransmitter Release Cycle / Acetylcholine Neurotransmitter Release Cycle / Serotonin Neurotransmitter Release Cycle / dense core granule / GABA synthesis, release, reuptake and degradation / positive regulation of vesicle fusion / chromaffin granule membrane / Dopamine Neurotransmitter Release Cycle / calcium ion-regulated exocytosis of neurotransmitter / positive regulation of calcium ion-dependent exocytosis / vesicle docking / regulation of calcium ion-dependent exocytosis / exocytic vesicle / positive regulation of dopamine secretion / protein heterooligomerization / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Clathrin-mediated endocytosis / calcium-ion regulated exocytosis / neurotransmitter secretion / positive regulation of dendrite extension / calcium-dependent phospholipid binding / neuron projection terminus / syntaxin-1 binding / syntaxin binding / regulation of synaptic vesicle exocytosis / low-density lipoprotein particle receptor binding / clathrin binding / phosphatidylserine binding / regulation of dopamine secretion / synaptic vesicle exocytosis / excitatory synapse / synaptic vesicle endocytosis / detection of calcium ion / positive regulation of synaptic transmission / regulation of synaptic transmission, glutamatergic / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / cellular response to calcium ion / SNARE binding / 分泌 / phospholipid binding / terminal bouton / synaptic vesicle membrane / response to calcium ion / calcium-dependent protein binding / シナプス小胞 / presynaptic membrane / 細胞分化 / calmodulin binding / neuron projection / protein heterodimerization activity / 神経繊維 / glutamatergic synapse / calcium ion binding / ゴルジ体 / identical protein binding / 細胞膜 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Rattus norvegicus (ドブネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Sutton, R.B. / Sprang, S.R. | ||||||
引用 | ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1995 タイトル: Structure of the first C2 domain of synaptotagmin I: a novel Ca2+/phospholipid-binding fold. 著者: Sutton, R.B. / Davletov, B.A. / Berghuis, A.M. / Sudhof, T.C. / Sprang, S.R. #1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1993 タイトル: A Single C2 Domain from Synaptotagmin I is Sufficient for High Affinity Ca2+(Slash)Phospholipid Binding 著者: Davletov, B.A. / Sudhof, T.C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1rsy.cif.gz | 40.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1rsy.ent.gz | 27.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1rsy.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rs/1rsy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rs/1rsy | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: CIS PROLINE - PRO 187 |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17098.350 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / プラスミド: PGEX-KG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P21707 |
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#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
非ポリマーの詳細 | HET GROUP TRIVIAL NAME: SULFATE EMPIRICAL FORMULA: SO4 NUMBER OF ATOMS IN GROUP: 5 ADDITIONAL ...HET GROUP TRIVIAL NAME: SULFATE EMPIRICAL FORMULA: SO4 NUMBER OF ATOMS IN GROUP: 5 ADDITIONAL |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.24 % | ||||||||||||||||||||||||
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結晶 | *PLUS 溶媒含有率: 40 % | ||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 21 ℃ / pH: 7.2 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射光源 | 波長: 1.5418 |
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検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | Num. obs: 11214 / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.8 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.9→6 Å / σ(F): 2
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原子変位パラメータ | Biso mean: 24 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→6 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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