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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3q6c
タイトルX-ray crystal structure of duf2500 (pf10694) from klebsiella pneumoniae, northeast structural genomics consortium target kpr96
要素probable receptor YhhM
キーワードStructure Genomics / unknown function / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / PSI-Biology / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG / KPK_0280 protein
機能・相同性:
機能・相同性情報
生物種Klebsiella variicola At-22 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Seetharaman, J. / Su, M. / Wang, D. / Ciccosanti, C. / Sahdev, S. / Nair, R. / Rost, B. / Acton, T.B. / Xiao, R. / Everett, J.K. ...Seetharaman, J. / Su, M. / Wang, D. / Ciccosanti, C. / Sahdev, S. / Nair, R. / Rost, B. / Acton, T.B. / Xiao, R. / Everett, J.K. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: X-ray crystal structure of duf2500 (pf10694) from klebsiella pneumoniae, northeast structural genomics consortium target kpr96
著者: Seetharaman, J. / Su, M. / Wang, D. / Ciccosanti, C. / Sahdev, S. / Nair, R. / Rost, B. / Acton, T.B. / Xiao, R. / Everett, J.K. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L. / Northeast ...著者: Seetharaman, J. / Su, M. / Wang, D. / Ciccosanti, C. / Sahdev, S. / Nair, R. / Rost, B. / Acton, T.B. / Xiao, R. / Everett, J.K. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
履歴
登録2010年12月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年8月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年2月22日Group: Structure summary
改定 1.22017年10月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: probable receptor YhhM
B: probable receptor YhhM
C: probable receptor YhhM
D: probable receptor YhhM
E: probable receptor YhhM
F: probable receptor YhhM
G: probable receptor YhhM
H: probable receptor YhhM
I: probable receptor YhhM
J: probable receptor YhhM
K: probable receptor YhhM
L: probable receptor YhhM
M: probable receptor YhhM
N: probable receptor YhhM
O: probable receptor YhhM
P: probable receptor YhhM


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)151,60716
ポリマ－151,60716
非ポリマー00
水6,900383
1
A: probable receptor YhhM


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,4751
ポリマ－9,4751
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: probable receptor YhhM


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,4751
ポリマ－9,4751
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: probable receptor YhhM


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,4751
ポリマ－9,4751
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: probable receptor YhhM


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,4751
ポリマ－9,4751
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: probable receptor YhhM


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,4751
ポリマ－9,4751
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
F: probable receptor YhhM


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,4751
ポリマ－9,4751
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
7
G: probable receptor YhhM


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,4751
ポリマ－9,4751
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
8
H: probable receptor YhhM

N: probable receptor YhhM


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,9512
ポリマ－18,9512
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_647-x+1,y-1/2,-z+21
Buried area830 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area7980 Å2
手法PISA
9
I: probable receptor YhhM


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,4751
ポリマ－9,4751
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
10
J: probable receptor YhhM


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,4751
ポリマ－9,4751
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
11
K: probable receptor YhhM


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,4751
ポリマ－9,4751
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
12
L: probable receptor YhhM


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,4751
ポリマ－9,4751
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
13
M: probable receptor YhhM


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,4751
ポリマ－9,4751
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
14
O: probable receptor YhhM


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,4751
ポリマ－9,4751
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
15
P: probable receptor YhhM


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,4751
ポリマ－9,4751
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.714, 93.613, 137.340
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.31, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細SLS shows this is a monomer in solution. http://spine.nesg.org/aggregation.cgi?batch_id=KpR96-37-119-21.5-SeMa-GF. But it forms a dimer in crystal structure.

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要素

#1: タンパク質
probable receptor YhhM


分子量: 9475.468 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Klebsiella variicola At-22 (バクテリア)
株: At-22 / 遺伝子: Kvar_0268 / 参照: UniProt: D3RD65
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 383 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.19 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1M HEPES (pH 7.5), 40% PEG8k, and 0.1M potassium nitrate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 74845 / % possible obs: 94.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 29.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Rsym value: 0.053
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.39 / Rsym value: 0.38 / % possible all: 88.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
SOLVE位相決定
CNS1.2精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.6→49.45 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 54632.04 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.284 3650 4.9 %RANDOM
Rwork0.225 ---
obs0.242 74845 83.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 30.708 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 33.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.27 Å20 Å2-0.42 Å2
2--1.47 Å20 Å2
3----1.2 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.44 Å0.34 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.45 Å0.36 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→49.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8464 0 0 383 8847
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.32
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d26.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.84
Refine LS restraints NCSNCS model details: NONE
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.76 Å / Rfactor Rfree error: 0.016 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.34 445 4.7 %
Rwork0.286 9075 -
obs--63.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3ion.paramion.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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