PDB-4wab: Crystal structure of mPGES1 solved by native-SAD phasing

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4wab

タイトル

Crystal structure of mPGES1 solved by native-SAD phasing

要素

Prostaglandin E synthase,Leukotriene C4 synthase

キーワード

ISOMERASE (異性化酵素) / native-SAD /

CANCER (悪性腫瘍) /

DRUG TARGET (生物学的標的) / IN MESO CRYSTALLIZATION /

INFLAMMATION (炎症) /

INHIBITOR (酵素阻害剤) /

LEUKOTRIENE C4 SYNTHASE /

LIPID METABOLISM (脂質代謝) / MEMBRANE-ASSOCIATED PROTEINS IN EICOSANOID AND GLUTATHIONE METABOLISM / MAPAG /

MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / MPGES1 /

PAIN (疼痛) /

MICROCRYSTAL /

ANOMALOUS DISPERSION (分散 (光学)) / SULFUR-SAD / S-SAD

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of fever generation /

prostaglandin-E synthase /

prostaglandin-E synthase activity /

prostaglandin-D synthase activity / positive regulation of prostaglandin secretion /

glutathione binding / Synthesis of Prostaglandins (PG) and Thromboxanes (TX) /

glutathione peroxidase activity / prostaglandin biosynthetic process / prostaglandin metabolic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.704 Å

データ登録者

Weinert, T. / Li, D. / Howe, N. / Caffrey, M. / Wang, M.

引用

ジャーナル: Nat.Methods / 年: 2015
タイトル: Fast native-SAD phasing for routine macromolecular structure determination.
著者: Weinert, T. / Olieric, V. / Waltersperger, S. / Panepucci, E. / Chen, L. / Zhang, H. / Zhou, D. / Rose, J. / Ebihara, A. / Kuramitsu, S. / Li, D. / Howe, N. / Schnapp, G. / Pautsch, A. / ...

履歴

登録	2014年8月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2014年12月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年12月31日	Group: Database references
改定 1.2	2015年2月11日	Group: Database references
改定 1.3	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4wab.cif.gz	82.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4wab.ent.gz	61.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4wab.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wa/4wab ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wa/4wab	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4pgoC 4piiC 4r8tC 4r8uC 4tn8C 4tnoC 4wauC 4wbqC 4wbxC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6w85-d 6cq8-d 6v37-d 6cq9-d 4bpm-1 6w8a-d 5hv9-1 4jrz-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #212 - 2017年8月グルタチオン転移酵素 (Glutathione Transferases) 類似性 (2) #92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Prostaglandin E synthase,Leukotriene C4 synthase

ヘテロ分子

21.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Prostaglandin E synthase,Leukotriene C4 synthase

ヘテロ分子

A: Prostaglandin E synthase,Leukotriene C4 synthase

ヘテロ分子

A: Prostaglandin E synthase,Leukotriene C4 synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
63.9 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	86.720, 86.720, 180.360
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	155
Space group name H-M	H32

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-305- HOH

#1: タンパク質	Prostaglandin E synthase,Leukotriene C4 synthase / Microsomal glutathione S-transferase 1-like 1 / MGST1-L1 / Microsomal prostaglandin E synthase 1 / ...Microsomal glutathione S-transferase 1-like 1 / MGST1-L1 / Microsomal prostaglandin E synthase 1 / MPGES-1 / p53-induced gene 12 protein 分子量: 20360.932 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PTGES, MGST1L1, MPGES1, PGES, PIG12, LTC4S / プラスミド: PFB1-6H-MPGES (10-152)-F-LTC4S / 細胞株 (発現宿主): Sf9 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: O14684, UniProt: B5MCC3, prostaglandin-E synthase
#2: 化合物	ChemComp-GSH / GLUTATHIONE / グルタチオン / グルタチオン分子量: 307.323 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₇N₃O₆S
#3: 化合物	ChemComp-LVJ / 2-[[2,6-bis(chloranyl)-3-[(2,2-dimethylpropanoylamino)methyl]phenyl]amino]-1-methyl-6-(2-methyl-2-oxidanyl-propoxy)-N-[2,2,2-tris(fluoranyl)ethyl]benzimidazole-5-carboxamide 分子量: 618.475 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₂Cl₂F₃N₅O₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.62 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 6.7 詳細: 8 %(V/V) 2-METHYL-2,4, -PENTANEDIOL (MPD), 0.4 M POTASSIUM NITRATE, 0.1 M POTASSIUM CITRATE, 0.1 M N-(CARBAMOYLMETHYL)IMINODIACETIC ACID (ADA) SODIUM PH 6.7. CRYSTALLIZED USING THE IN MESO ...詳細: 8 %(V/V) 2-METHYL-2,4, -PENTANEDIOL (MPD), 0.4 M POTASSIUM NITRATE, 0.1 M POTASSIUM CITRATE, 0.1 M N-(CARBAMOYLMETHYL)IMINODIACETIC ACID (ADA) SODIUM PH 6.7. CRYSTALLIZED USING THE IN MESO (LIPIDIC CUBIC PHASE, LCP) METHOD AT 4 DEGREES CELCIUS WITH THE 8.8 MONOACYLGLYCEROL (8.8 MAG) DOPED WITH 2 MOL% OF DIOLEOYL PHOSPHATIDYLCHOLINE (DOPC) AS THE HOSTING LIPID.

結晶

マシュー密度: 3.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.62 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 6.7
詳細: 8 %(V/V) 2-METHYL-2,4, -PENTANEDIOL (MPD), 0.4 M POTASSIUM NITRATE, 0.1 M POTASSIUM CITRATE, 0.1 M N-(CARBAMOYLMETHYL)IMINODIACETIC ACID (ADA) SODIUM PH 6.7. CRYSTALLIZED USING THE IN MESO ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 2.0664 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年12月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 2.0664 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 27480 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 58.2 % / Net I/σ(I): 31.07
反射シェル	解像度: 2.7→2.77 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.72 / Num. unique all: 1855 / % possible all: 92

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(phenix.refine: 1.9_1692)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.704→43.36 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.92 / 位相誤差: 22.06 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2405	678	4.92 %
R_work	0.1777	-	-
obs	0.1808	13774	99.56 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.704→43.36 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1278	0	61	19	1358

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	1376
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.102	1878
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.164	524
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.039	208
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	259

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.7044-2.9131	0.2601	143	0.2077	2539	X-RAY DIFFRACTION	98
2.9131-3.2062	0.2414	146	0.1744	2637	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2062-3.67	0.2196	135	0.1638	2616	X-RAY DIFFRACTION	100
3.67-4.6229	0.248	116	0.1811	2664	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6229-43.3656	0.239	138	0.1762	2640	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.8098	0.7261	-2.8993	1.1527	-0.3488	9.2591	-0.0878	0.082	0.022	-0.1237	0.1978	-0.0521	0.2254	-0.2843	-0.2368	0.3842	0.0193	-0.0198	0.4246	0.0006	0.5024	3.1726	37.0249	67.8429
2	1.0017	-0.6077	-0.0055	1.0446	-0.3991	4.1194	0.0854	-0.268	-0.1435	0.1737	0.1243	0.1546	-0.0165	0.0196	-0.2339	0.4884	0.0011	-0.0189	0.4775	0.0043	0.4454	-0.2731	42.0654	78.481
3	1.224	0.9527	-0.8496	3.5574	-1.1775	5.6205	0.1698	0.053	0.2419	0.0728	0.0291	-0.147	0.1883	0.4142	-0.3895	0.3245	0.0537	0.0234	0.3972	-0.0059	0.5361	15.747	40.8639	66.3778
4	2.2379	-1.0035	0.8683	3.9456	-2.0977	2.5859	-0.0401	0.1041	-0.0636	-0.1716	0.2779	0.2573	-0.1877	0.0417	-0.282	0.3581	-0.0836	0.0329	0.5538	-0.0151	0.3916	15.8929	53.3934	61.8892
5	7.3227	-6.1683	-5.8185	5.5236	5.3363	8.2596	-0.7381	0.9445	-1.0121	1.388	-0.0897	0.2702	0.7736	-0.4287	0.8534	0.5718	-0.1849	0.0436	0.5755	0.1506	0.4679	18.5208	68.5608	42.7954
6	3.456	-1.7159	2.1585	2.6993	2.2099	7.0814	0.0249	1.0259	-0.2555	-1.777	-0.3275	1.2728	-0.999	-0.9796	0.2907	0.5831	0.0616	-0.1231	0.7856	0.1426	0.6377	21.6649	74.8635	30.6111

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 10 through 40 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 41 through 91 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 92 through 124 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 125 through 152 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 153 through 162 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 163 through 170 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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