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- PDB-4ur3: Crystal structure of the PCE reductive dehalogenase from S. multi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ur3
タイトルCrystal structure of the PCE reductive dehalogenase from S. multivorans P2(1) crystal form
要素TETRACHLOROETHENE REDUCTIVE DEHALOGENASE CATALYTIC SUBUNIT
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / PCE REDUCTIVE DEHALOGENASE
機能・相同性
機能・相同性情報


4 iron, 4 sulfur cluster binding / identical protein binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Reductive dehalogenase / Reductive dehalogenase domain / Reductive dehalogenase subunit / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
NORPSEUDO-B12 / 鉄・硫黄クラスター / Tetrachloroethene reductive dehalogenase catalytic subunit PceA
類似検索 - 構成要素
生物種SULFUROSPIRILLUM MULTIVORANS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.235 Å
データ登録者Bommer, M. / Kunze, C. / Fesseler, J. / Schubert, T. / Diekert, G. / Dobbek, H.
引用ジャーナル: Science / 年: 2014
タイトル: Structural Basis for Organohalide Respiration.
著者: Bommer, M. / Kunze, C. / Fesseler, J. / Schubert, T. / Diekert, G. / Dobbek, H.
履歴
登録2014年6月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年10月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年11月5日Group: Database references
改定 1.22017年7月12日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32019年3月6日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.method
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TETRACHLOROETHENE REDUCTIVE DEHALOGENASE CATALYTIC SUBUNIT
B: TETRACHLOROETHENE REDUCTIVE DEHALOGENASE CATALYTIC SUBUNIT
C: TETRACHLOROETHENE REDUCTIVE DEHALOGENASE CATALYTIC SUBUNIT
D: TETRACHLOROETHENE REDUCTIVE DEHALOGENASE CATALYTIC SUBUNIT
E: TETRACHLOROETHENE REDUCTIVE DEHALOGENASE CATALYTIC SUBUNIT
F: TETRACHLOROETHENE REDUCTIVE DEHALOGENASE CATALYTIC SUBUNIT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)325,03824
ポリマ－312,9866
非ポリマー12,05118
水19,5461085
1
A: TETRACHLOROETHENE REDUCTIVE DEHALOGENASE CATALYTIC SUBUNIT
B: TETRACHLOROETHENE REDUCTIVE DEHALOGENASE CATALYTIC SUBUNIT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,3468
ポリマ－104,3292
非ポリマー4,0176
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9670 Å2
ΔGint-145.8 kcal/mol
Surface area30750 Å2
手法PISA
2
E: TETRACHLOROETHENE REDUCTIVE DEHALOGENASE CATALYTIC SUBUNIT
F: TETRACHLOROETHENE REDUCTIVE DEHALOGENASE CATALYTIC SUBUNIT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,3468
ポリマ－104,3292
非ポリマー4,0176
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9690 Å2
ΔGint-144 kcal/mol
Surface area29880 Å2
手法PISA
3
C: TETRACHLOROETHENE REDUCTIVE DEHALOGENASE CATALYTIC SUBUNIT
D: TETRACHLOROETHENE REDUCTIVE DEHALOGENASE CATALYTIC SUBUNIT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,3468
ポリマ－104,3292
非ポリマー4,0176
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9640 Å2
ΔGint-144.8 kcal/mol
Surface area30420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.315, 110.601, 178.792
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.91, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-1, -0.0019, 0.0095), (-0.0088, 0.6025, -0.7981), (-0.0042, -0.7981, -0.6024)-13.0038, -61.6176, -95.1018
2given(-0.0432, -0.5896, -0.8065), (0.4195, 0.7219, -0.5503), (0.9067, -0.3622, 0.2161)-60.4181, -25.4113, -120.1734
3given(-1, -0.0009, 0.0088), (-0.0088, 0.131, -0.9913), (-0.0002, -0.9914, -0.131)-22.3576, -107.5039, -122.4524
4given(0.0461, 0.5788, 0.8141), (-0.8416, 0.4616, -0.2805), (-0.5382, -0.6722, 0.5084)37.1422, 8.8683, -81.9269
5given(1, -0.0027, -0.0084), (0.0065, 0.8701, 0.4928), (0.006, -0.4928, 0.8701)-9.8386, -21.1603, -49.01

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要素

#1: タンパク質
TETRACHLOROETHENE REDUCTIVE DEHALOGENASE CATALYTIC SUBUNIT


分子量: 52164.387 Da / 分子数: 6 / 断片: RESIDUES 38-501 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GERMAN COLLECTION OF MICROORGANISMS (DSM) 12446
由来: (天然) SULFUROSPIRILLUM MULTIVORANS (バクテリア)
参照: UniProt: W6EQP0, EC: 1.97.1.8
#2: 化合物
ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター


分子量: 351.640 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#3: 化合物
ChemComp-BVQ / NORPSEUDO-B12


分子量: 1305.267 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C57H82CoN16O14P
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1085 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE DATA BASE ENTRY CONTAINS A SIGNAL PEPTIDE (AA 1-37) NOT PRESENT IN THE MATURE PEPTIDE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.3 % / 解説: NONE
結晶化手法: 蒸気拡散法 / pH: 8
詳細: VAPOUR DIFFUSION UNDER ANAEROBIC CONDITIONS (95% N2 / 5% H2), 50 MM TRIS-HCL PH 8.0, 15% PEG 3350, 0.2 M NAMALONATE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 1.6
検出器タイプ: RAYONICS / 検出器: CCD / 日付: 2013年8月1日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI-111 CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.6 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.24→48.8 Å / Num. obs: 137023 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 12.1 % / Biso Wilson estimate: 27.74 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.17 / Net I/σ(I): 12.3
反射 シェル解像度: 2.24→2.32 Å / 冗長度: 10.6 % / Rmerge(I) obs: 1.04 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 84.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.235→48.763 Å / SU ML: 0.3 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 22.18 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2177 6849 5 %
Rwork0.1793 --
obs0.1812 136988 98.44 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 35.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.235→48.763 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数20789 0 630 1085 22504
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00522122
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.96630210
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.3518180
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0393204
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0044020
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2351-2.26050.61531450.58732733X-RAY DIFFRACTION62
2.2605-2.28710.59322100.47014014X-RAY DIFFRACTION93
2.2871-2.31490.29072310.22664403X-RAY DIFFRACTION100
2.3149-2.34430.27262300.21854365X-RAY DIFFRACTION100
2.3443-2.37510.26972290.21654344X-RAY DIFFRACTION100
2.3751-2.40760.26982330.2174433X-RAY DIFFRACTION100
2.4076-2.4420.26662300.20844361X-RAY DIFFRACTION100
2.442-2.47850.28512330.20954444X-RAY DIFFRACTION100
2.4785-2.51720.24742320.19794394X-RAY DIFFRACTION100
2.5172-2.55850.24412300.19894371X-RAY DIFFRACTION100
2.5585-2.60260.25592290.19764353X-RAY DIFFRACTION100
2.6026-2.64990.26612330.20924422X-RAY DIFFRACTION100
2.6499-2.70090.27112300.20534372X-RAY DIFFRACTION100
2.7009-2.7560.24252330.18714424X-RAY DIFFRACTION100
2.756-2.81590.23472280.18764347X-RAY DIFFRACTION100
2.8159-2.88140.24042330.18894417X-RAY DIFFRACTION100
2.8814-2.95350.25032320.1854407X-RAY DIFFRACTION100
2.9535-3.03330.21212310.18444394X-RAY DIFFRACTION100
3.0333-3.12250.22022300.17954372X-RAY DIFFRACTION100
3.1225-3.22330.23162330.18484427X-RAY DIFFRACTION100
3.2233-3.33850.1982330.17224429X-RAY DIFFRACTION100
3.3385-3.47210.20432310.17214375X-RAY DIFFRACTION100
3.4721-3.63010.18922320.16594422X-RAY DIFFRACTION100
3.6301-3.82140.18772330.15874417X-RAY DIFFRACTION100
3.8214-4.06070.18032320.14484415X-RAY DIFFRACTION100
4.0607-4.37410.16272340.13454446X-RAY DIFFRACTION100
4.3741-4.81390.15522320.13234397X-RAY DIFFRACTION100
4.8139-5.50970.1692330.1384441X-RAY DIFFRACTION100
5.5097-6.93840.16792360.14444474X-RAY DIFFRACTION100
6.9384-48.77420.16592380.14174526X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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