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Yorodumi- PDB-4ur2: Crystal structure of the PCE reductive dehalogenase from S. multi... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4ur2 | ||||||
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Title | Crystal structure of the PCE reductive dehalogenase from S. multivorans in complex with iodide | ||||||
Components | TETRACHLOROETHENE REDUCTIVE DEHALOGENASE CATALYTIC SUBUNIT PCEA | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE | ||||||
Function / homology | Function and homology information 4 iron, 4 sulfur cluster binding / identical protein binding / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | SULFUROSPIRILLUM MULTIVORANS (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.096 Å | ||||||
Authors | Bommer, M. / Kunze, C. / Fesseler, J. / Schubert, T. / Diekert, G. / Dobbek, H. | ||||||
Citation | Journal: Science / Year: 2014 Title: Structural Basis for Organohalide Respiration. Authors: Bommer, M. / Kunze, C. / Fesseler, J. / Schubert, T. / Diekert, G. / Dobbek, H. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4ur2.cif.gz | 373.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4ur2.ent.gz | 304.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4ur2.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ur/4ur2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ur/4ur2 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.5113, 0.0022, 0.8594), Vector: |
-Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 52164.387 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: RESIDUES 38-501 / Source method: isolated from a natural source / Details: GERMAN COLLECTION OF MICROORGANISMS (DSM) 12446 / Source: (natural) SULFUROSPIRILLUM MULTIVORANS (bacteria) / References: UniProt: W6EQP0, EC: 1.97.1.8 |
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-Non-polymers , 5 types, 651 molecules
#2: Chemical | ChemComp-SF4 / #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-GOL / #5: Chemical | ChemComp-IOD / #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Sequence details | THE DATA BASE ENTRY CONTAINS A SIGNAL PEPTIDE (AA 1-37) NOT PRESENT IN THE MATURE PEPTIDE |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.55 Å3/Da / Density % sol: 51.7 % Description: MERGING R VALUE FOR HIGH RESOLUTION SHELL IS 1.634 |
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Crystal grow | Method: vapor diffusion / pH: 8 Details: VAPOUR DIFFUSION UNDER ANAEROBIC CONDITIONS (95% N2 / 5% H2), 50 MM TRIS-HCL PH 8.0, 15% PEG 3350, 0.2 M NAMALONATE, 2% BENZAMIDINE |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: BESSY / Beamline: 14.1 / Wavelength: 1.3376 |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Nov 11, 2013 / Details: MIRRORS |
Radiation | Monochromator: SI-111 CRYSTAL / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.3376 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.1→47.1 Å / Num. obs: 56502 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / Redundancy: 27.3 % / Biso Wilson estimate: 28.85 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.24 / Net I/σ(I): 17.6 |
Reflection shell | Resolution: 2.1→2.17 Å / Redundancy: 26.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 98.2 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD Starting model: NONE Resolution: 2.096→47.047 Å / SU ML: 0.23 / σ(F): 1.35 / Phase error: 18.33 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 32.7 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.096→47.047 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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