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- PDB-4uqu: Crystal structure of the tetrachloroethene reductive dehalogenase... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4uqu
タイトルCrystal structure of the tetrachloroethene reductive dehalogenase from Sulfurospirillum multivorans
要素TETRACHLOROETHENE REDUCTIVE DEHALOGENASE CATALYTIC SUBUNIT PCEA
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / ORGANOHALIDE RESPIRATION
機能・相同性
機能・相同性情報


4 iron, 4 sulfur cluster binding / identical protein binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Reductive dehalogenase / Reductive dehalogenase domain / Reductive dehalogenase subunit / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
ベンザミジン / NORPSEUDO-B12 / 鉄・硫黄クラスター / Tetrachloroethene reductive dehalogenase catalytic subunit PceA
類似検索 - 構成要素
生物種SULFUROSPIRILLUM MULTIVORANS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.595 Å
データ登録者Bommer, M. / Kunze, C. / Fesseler, J. / Schubert, T. / Diekert, G. / Dobbek, H.
引用ジャーナル: Science / 年: 2014
タイトル: Structural Basis for Organohalide Respiration.
著者: Bommer, M. / Kunze, C. / Fesseler, J. / Schubert, T. / Diekert, G. / Dobbek, H.
履歴
登録2014年6月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年10月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年11月5日Group: Database references
改定 1.22017年7月12日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32019年3月6日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.method
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TETRACHLOROETHENE REDUCTIVE DEHALOGENASE CATALYTIC SUBUNIT PCEA
B: TETRACHLOROETHENE REDUCTIVE DEHALOGENASE CATALYTIC SUBUNIT PCEA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,07515
ポリマ－104,3292
非ポリマー4,74613
水13,277737
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11140 Å2
ΔGint-143.8 kcal/mol
Surface area30170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.143, 73.143, 183.093
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number76
Space group name H-MP41
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.5245, 0.0002, 0.8514), (0.0006, -1, 0.0006), (0.8514, 0.0008, 0.5245)
ベクター: 8.6587, -69.0091, -4.9479)

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 TETRACHLOROETHENE REDUCTIVE DEHALOGENASE CATALYTIC SUBUNIT PCEA / PCE REDUCTIVE DEHALOGENASE CATALYTIC SUBUNIT PCEA


分子量: 52164.387 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 38-501 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GERMAN COLLECTION OF MICROORGANISMS (DSM) 12446
由来: (天然) SULFUROSPIRILLUM MULTIVORANS (バクテリア)
参照: UniProt: W6EQP0, EC: 1.97.1.8

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非ポリマー , 5種, 750分子

#2: 化合物
ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター


分子量: 351.640 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#3: 化合物 ChemComp-BVQ / NORPSEUDO-B12


分子量: 1305.267 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C57H82CoN16O14P
#4: 化合物 ChemComp-BEN / BENZAMIDINE / ベンズアミジン / ベンザミジン


分子量: 120.152 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H8N2
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 737 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

非ポリマーの詳細NORPSEUDO-B12 (BVQ): CCDC 217274
配列の詳細THE DATA BASE ENTRY CONTAINS A SIGNAL PEPTIDE (AA 1-37) NOT PRESENT IN THE MATURE PEPTIDE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.5 % / 解説: NONE
結晶化手法: 蒸気拡散法 / pH: 8
詳細: VAPOUR DIFFUSION UNDER ANAEROBIC CONDITIONS (95% N2 / 5% H2) 50 MM TRIS-HCL PH 8.0, 15% PEG 3350, 0.2 M NAMALONATE, 2 % BENZAMIDINE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年11月26日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI-111 CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→46.9 Å / Num. obs: 138075 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 12.5 % / Biso Wilson estimate: 17.43 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 15.7
反射 シェル解像度: 1.6→1.65 Å / 冗長度: 11.4 % / Rmerge(I) obs: 0.98 / Mean I/σ(I) obs: 1.95 / % possible all: 96

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 1.595→46.861 Å / SU ML: 0.15 / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 17.16 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.183 6332 5 %
Rwork0.1517 --
obs0.1533 126646 99.59 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 25.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.595→46.861 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6923 0 261 737 7921
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.017481
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.15110192
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.4842827
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0521077
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061359
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5951-1.61320.29941840.26323501X-RAY DIFFRACTION88
1.6132-1.63220.26942120.22434013X-RAY DIFFRACTION100
1.6322-1.65210.26172120.21154035X-RAY DIFFRACTION100
1.6521-1.6730.24552110.20544013X-RAY DIFFRACTION100
1.673-1.6950.23252120.19684026X-RAY DIFFRACTION100
1.695-1.71830.2322120.18584019X-RAY DIFFRACTION100
1.7183-1.74280.23772120.18614039X-RAY DIFFRACTION100
1.7428-1.76880.21992100.17733979X-RAY DIFFRACTION100
1.7688-1.79650.20412120.1764028X-RAY DIFFRACTION100
1.7965-1.82590.21162120.17234027X-RAY DIFFRACTION100
1.8259-1.85740.21042120.17244038X-RAY DIFFRACTION100
1.8574-1.89120.21112110.16514004X-RAY DIFFRACTION100
1.8912-1.92760.21512140.15824066X-RAY DIFFRACTION100
1.9276-1.96690.19152110.15474014X-RAY DIFFRACTION100
1.9669-2.00970.17932090.15713975X-RAY DIFFRACTION100
2.0097-2.05640.19792120.15654017X-RAY DIFFRACTION100
2.0564-2.10780.20492130.15664054X-RAY DIFFRACTION100
2.1078-2.16480.18212110.15454010X-RAY DIFFRACTION100
2.1648-2.22850.20192130.15094035X-RAY DIFFRACTION100
2.2285-2.30050.17062120.14734038X-RAY DIFFRACTION100
2.3005-2.38270.19572110.1494008X-RAY DIFFRACTION100
2.3827-2.47810.18182130.14854036X-RAY DIFFRACTION100
2.4781-2.59090.17922110.15014028X-RAY DIFFRACTION100
2.5909-2.72740.19472140.15024054X-RAY DIFFRACTION100
2.7274-2.89830.17552110.15524004X-RAY DIFFRACTION100
2.8983-3.1220.18942120.15334038X-RAY DIFFRACTION100
3.122-3.43610.17192120.14834030X-RAY DIFFRACTION100
3.4361-3.93310.16212130.13664047X-RAY DIFFRACTION100
3.9331-4.95450.14222140.12574056X-RAY DIFFRACTION100
4.9545-46.88080.14242140.1274082X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5592-0.2148-0.40651.9007-0.13072.6832-0.0321-0.17120.10470.2347-0.01240.035-0.2501-0.30580.06130.1321-0.0320.05960.1516-0.05820.1719-13.3285-18.33845.2578
20.63070.0506-0.13690.89830.23551.18810.02880.07050.0781-0.1418-0.01590.0004-0.1796-0.091-0.01960.13750.01530.00680.1082-0.01720.1289-7.094-23.7588-16.2392
34.80750.6298-1.54832.0692-0.44883.7187-0.05140.80970.1052-0.35640.08710.1385-0.1875-0.5034-0.05730.24970.05-0.0760.2713-0.00710.2001-19.0789-20.6025-26.3418
40.67550.275-0.23951.43180.15171.21060.0646-0.04930.08040.0205-0.04430.0965-0.1243-0.1119-0.00190.10380.00890.01860.1037-0.02190.116-10.7195-23.3374-5.6327
50.33580.0368-0.75140.6964-0.20711.73880.1051-0.03770.1144-0.0434-0.0386-0.0136-0.39480.1133-0.0480.2358-0.02290.04630.1268-0.05590.1957-3.4808-9.1481-1.4489
64.11082.7171-1.92052.7602-1.52752.71220.2625-0.450.15950.2171-0.1522-0.0166-0.19230.3234-0.12140.1433-0.0256-0.00340.1243-0.04610.15354.3338-30.58080.3576
73.35860.6930.02590.88940.03491.7509-0.0211-0.1113-0.1417-0.0171-0.0194-0.23140.33060.10910.03830.27450.03490.03050.0995-0.03150.23059.6157-56.6279-19.4356
80.63660.2217-0.18550.82210.06671.0133-0.01730.029-0.0939-0.0640.0224-0.10030.1750.0466-0.010.15320.00340.00850.1055-0.03430.1394.6822-47.2406-18.8293
98.12842.4129-0.05663.24980.39960.72820.3859-1.2564-0.1750.45-0.2574-0.58730.15810.4048-0.12410.3635-0.0499-0.07320.4313-0.01570.272413.0838-53.10311.5219
105.59272.3199-2.04162.2821-0.87432.69020.1299-0.4633-0.18120.1651-0.1664-0.20370.08320.36190.03430.1515-0.0032-0.01270.1355-0.02180.12236.0011-38.4482-0.5743
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN 'A' AND (RESID 5 THROUGH 39 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN 'A' AND (RESID 40 THROUGH 180 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN 'A' AND (RESID 181 THROUGH 201 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN 'A' AND (RESID 202 THROUGH 342 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN 'A' AND (RESID 343 THROUGH 435 )
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN 'A' AND (RESID 436 THROUGH 466 )
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN 'B' AND (RESID 11 THROUGH 56 )
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN 'B' AND (RESID 57 THROUGH 383 )
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN 'B' AND (RESID 384 THROUGH 435 )
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN 'B' AND (RESID 436 THROUGH 465 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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