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- PDB-4u6h: Vaccinia L1/M12B9-Fab complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4u6h
タイトルVaccinia L1/M12B9-Fab complex
要素
  • Heavy chain of murine anti-vaccinia L1 IgG2a antibody M12B9
  • Light chain of murine anti-vaccinia L1 IgG2a antibody M12B9
  • Protein L1
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / IgG2a / Fab / heavy chain light chain
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont entry into host cell / エンベロープ (ウイルス) / virion attachment to host cell / virion membrane / 生体膜
類似検索 - 分子機能
Virion membrane protein, poxvirus L1-related / Lipid membrane protein of large eukaryotic DNA viruses / 抗体 / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Entry-fusion complex associated protein OPG095
類似検索 - 構成要素
生物種Vaccinia virus (ワクチニアウイルス)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Matho, M.H. / Schlossman, A. / Zajonc, D.M.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSN272200900048C 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P41GM103393 米国
National Institutes of Health/National Center for Research Resources (NIH/NCRR)P41GM103393 米国
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2014
タイトル: Potent neutralization of vaccinia virus by divergent murine antibodies targeting a common site of vulnerability in l1 protein.
著者: Kaever, T. / Meng, X. / Matho, M.H. / Schlossman, A. / Li, S. / Sela-Culang, I. / Ofran, Y. / Buller, M. / Crump, R.W. / Parker, S. / Frazier, A. / Crotty, S. / Zajonc, D.M. / Peters, B. / Xiang, Y.
履歴
登録2014年7月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年8月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年10月1日Group: Database references
改定 1.22017年9月27日Group: Author supporting evidence / Derived calculations ...Author supporting evidence / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity_src_gen / entity_src_nat ...entity_src_gen / entity_src_nat / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list / struct_keywords
Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _entity_src_nat.pdbx_alt_source_flag ..._entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _entity_src_nat.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_keywords.text
改定 1.32019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Heavy chain of murine anti-vaccinia L1 IgG2a antibody M12B9
B: Light chain of murine anti-vaccinia L1 IgG2a antibody M12B9
C: Heavy chain of murine anti-vaccinia L1 IgG2a antibody M12B9
D: Light chain of murine anti-vaccinia L1 IgG2a antibody M12B9
E: Protein L1
J: Protein L1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)134,7986
ポリマ－134,7986
非ポリマー00
水0
1
A: Heavy chain of murine anti-vaccinia L1 IgG2a antibody M12B9
B: Light chain of murine anti-vaccinia L1 IgG2a antibody M12B9
E: Protein L1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,3993
ポリマ－67,3993
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Heavy chain of murine anti-vaccinia L1 IgG2a antibody M12B9
D: Light chain of murine anti-vaccinia L1 IgG2a antibody M12B9
J: Protein L1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,3993
ポリマ－67,3993
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)102.829, 102.829, 238.355
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: 抗体 Heavy chain of murine anti-vaccinia L1 IgG2a antibody M12B9


分子量: 23757.602 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株: splenocyte / 器官: spleen / Plasmid details: fusion with mouse myeloma SP2/0 cells / 株: Balb/c
#2: 抗体 Light chain of murine anti-vaccinia L1 IgG2a antibody M12B9


分子量: 24105.637 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株: Splenocyte / 器官: Spleen
Plasmid details: splenocytes fused with the mouse myeloma SP2/0 cells
株: Balb/c
#3: タンパク質 Protein L1 / Virion membrane protein M25


分子量: 19535.943 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vaccinia virus (ワクチニアウイルス)
株: Western Reserve / 遺伝子: VACWR088, L1R / プラスミド: pML1 / 詳細 (発現宿主): same as for entry 1YPY / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P07612

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.69 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: Initial crystallization experiments were carried out by sitting-drop vapor diffusion in a 96-well format, using a Phoenix liquid-handling robot with a panel of commercial sparse-matrix ...詳細: Initial crystallization experiments were carried out by sitting-drop vapor diffusion in a 96-well format, using a Phoenix liquid-handling robot with a panel of commercial sparse-matrix screens (PEG/Ion 1 and 2 from Hampton Research, Wizard 2 from Emerald Biosciences, JCSG Plus Suite from Qiagen, and JBScreen 6 from Jena BioScience). Quality diffracting crystals of L1/M12B9-Fab complex were obtained at RT by mixing 0.5ul of protein solution at 9.5 mg/ml with 0.5ul of precipitant [100 mM Tris, pH 7.0, 20% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 3000, and 200 mM Ca(OAc)] and seeding with initial crystals obtained at 6.5 mg/ml. Crystal were flash-frozen at 100K in mother liquor containing 20 % glycerol.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.97945 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年5月29日
放射モノクロメーター: Side scattering bent cube-root I-beam single crystal; asymmetric cut 4.965 degs
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97945 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→47.67 Å / Num. obs: 27308 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 1.7 / 冗長度: 9.2 % / Rmerge(I) obs: 0.2 / Rsym value: 0.077 / Net I/σ(I): 9.7

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.7.0029 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1YPY,1SY6

1ypy

1sy6


解像度: 3.1→47.21 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.921 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.871 / SU B: 23.379 / SU ML: 0.395 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.498 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26491 1367 5 %RANDOM
Rwork0.20938 ---
obs0.21221 25898 99.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 64.52 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.1→47.21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9188 0 0 0 9188
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.029392
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.028659
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.8651.94512790
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.6443.00319984
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.96451195
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.01725.053380
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.955151537
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.5811532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0510.21475
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.02110693
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022095
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.1→3.18 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.362 100 -
Rwork0.313 1862 -
obs--99.9 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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