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- PDB-4u3f: Cytochrome bc1 complex from chicken with designed inhibitor bound -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4u3f
タイトルCytochrome bc1 complex from chicken with designed inhibitor bound
要素
  • (Cytochrome b-c1 complex subunit ...) x 4
  • (Mitochondrial ubiquinol-cytochrome c reductase ...) x 2
  • (Mitochondrial ubiquinol-cytochrome-c reductase complex core protein ...) x 2
  • Cytochrome bシトクロムb
  • Mitochondrial cytochrome c1, heme protein
キーワードOXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / CYTOCHROME BC1 (ユビキノール-シトクロムcレダクターゼ) / MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / HEME PROTEIN / RIESKE IRON SULFUR PROTEIN / CYTOCHROME B (シトクロムb) / CYTOCHROME C1 / UBIQUINONE (ユビキノン) / COMPLEX III (ユビキノール-シトクロムcレダクターゼ) / STROBILURINS / AZOXYSTROBIN (アゾキシストロビン) / STIGMATELLIN / OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / REDOX ENZYME RESPIRATORY CHAIN / ELECTRON TRANSPORT (電子伝達系) / HEME (ヘム) / INNER MEMBRANE / MEMBRANE BINDING / MITOCHONDRION (ミトコンドリア) / TRANSMEMBRANE (膜貫通型タンパク質) / IRON (鉄) / MITOCHONDRIAL INNER MEMBRANE (ミトコンドリア内膜) / RESPIRATORY CHAIN (電子伝達系) / 2FE-2S / IRON-SULFUR (鉄硫黄タンパク質) / METAL-BINDING / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Respiratory electron transport / quinol-cytochrome-c reductase / mitochondrial processing peptidase complex / protein processing involved in protein targeting to mitochondrion / mitochondrial respiratory chain complex III assembly / mitochondrial respiratory chain complex IV / mitochondrial respiratory chain complex III / quinol-cytochrome-c reductase / ubiquinol-cytochrome-c reductase activity / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c ...Respiratory electron transport / quinol-cytochrome-c reductase / mitochondrial processing peptidase complex / protein processing involved in protein targeting to mitochondrion / mitochondrial respiratory chain complex III assembly / mitochondrial respiratory chain complex IV / mitochondrial respiratory chain complex III / quinol-cytochrome-c reductase / ubiquinol-cytochrome-c reductase activity / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / catalytic activity / 細胞呼吸 / respiratory electron transport chain / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / response to oxidative stress / ミトコンドリア内膜 / membrane => GO:0016020 / electron transfer activity / oxidoreductase activity / ubiquitin protein ligase binding / heme binding / ミトコンドリア / 核質 / metal ion binding / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Cytochrome Bc1 Complex; Chain I / Cytochrome Bc1 Complex; Chain I / Ubiquinol cytochrome reductase, transmembrane domain / Cytochrome Bc1 Complex; Chain F / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Cytochrome Bc1 Complex; Chain C / Cytochrome Bc1 Complex; Chain C ...Cytochrome Bc1 Complex; Chain I / Cytochrome Bc1 Complex; Chain I / Ubiquinol cytochrome reductase, transmembrane domain / Cytochrome Bc1 Complex; Chain F / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Cytochrome Bc1 Complex; Chain C / Cytochrome Bc1 Complex; Chain C / Cytochrome c1, transmembrane anchor, C-terminal / Ubiquinol-cytochrome c reductase 8kDa, N-terminal / Ubiquinol-cytochrome c reductase 8 kDa, N-terminal / Cytochrome Bc1 Complex; Chain A, domain 1 / Metalloenzyme, LuxS/M16 peptidase-like / Globular protein, non-globular alpha/beta subunit / Cytochrome b-c1 complex, subunit 6 / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / UcrQ family / Cytochrome bc1 complex subunit Rieske, transmembrane domain superfamily / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 14kD subunit / Rieske Iron-sulfur Protein / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 superfamily / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase, UQCRX/QCR9 like / Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, transmembrane domain / Ubiquinol cytochrome reductase transmembrane region / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge protein / Cytochrome c1, transmembrane anchor, C-terminal / 3-layer Sandwich / シトクロムb / : / : / Ubiquinol-cytochrome c reductase, iron-sulphur subunit / Cytochrome c1 / Cytochrome C1 family / Cytochrome b/b6, C-terminal / Cytochrome b(C-terminal)/b6/petD / Cytochrome b/b6 C-terminal region profile. / Cytochrome b/b6, C-terminal domain superfamily / Cytochrome b/b6/petB / Rieske iron-sulphur protein, C-terminal / Cytochrome b/b6, N-terminal / Cytochrome b/b6-like domain superfamily / Cytochrome b/b6 N-terminal region profile. / Di-haem cytochrome, transmembrane / Rieske iron-sulphur protein / Peptidase M16, C-terminal / Peptidase M16 inactive domain / Peptidase M16, N-terminal / Insulinase (Peptidase family M16) / Metalloenzyme, LuxS/M16 peptidase-like / Cytochrome c-like domain / Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2 / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Rieske [2Fe-2S] domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulfur domain profile. / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain superfamily / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / リボン / Helix Hairpins / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CARDIOLIPIN / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / HEME C / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine / UBIQUINONE-10 / Chem-Y52 / Mitochondrial cytochrome c1, heme protein / Complex III subunit 9 / Cytochrome b-c1 complex subunit 6 ...CARDIOLIPIN / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / HEME C / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine / UBIQUINONE-10 / Chem-Y52 / Mitochondrial cytochrome c1, heme protein / Complex III subunit 9 / Cytochrome b-c1 complex subunit 6 / Mitochondrial ubiquinol-cytochrome-c reductase complex core protein 2 / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Mitochondrial ubiquinol-cytochrome-c reductase complex core protein i / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / シトクロムb / Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2312 Å
データ登録者Huang, L.-S. / Zhu, X.-L. / Yang, G.F. / Berry, E.A.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2015
タイトル: Rational Design of Highly Potent and Slow-Binding Cytochrome bc1 Inhibitor as Fungicide by Computational Substitution Optimization
著者: Hao, G.-F. / Yang, S.-G. / Huang, W. / Wang, L. / Shen, Y.-Q. / Tu, W.-L. / Li, H. / Huang, L.-S. / Wu, J.-W. / Berry, E.A. / Yang, G.-F.
履歴
登録2014年7月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年7月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年10月26日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Derived calculations / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_oper_list / software
Item: _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.name
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.02023年9月27日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Polymer sequence / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / entity_poly / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_atom_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_atom_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitochondrial ubiquinol-cytochrome-c reductase complex core protein i
B: Mitochondrial ubiquinol-cytochrome-c reductase complex core protein 2
C: Cytochrome b
D: Mitochondrial cytochrome c1, heme protein
E: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial
F: Cytochrome b-c1 complex subunit 7
G: Mitochondrial ubiquinol-cytochrome c reductase ubiquinone-binding protein qp-c
H: Cytochrome b-c1 complex subunit 6
I: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial
J: Mitochondrial ubiquinol-cytochrome c reductase 7.2 kda protein
N: Mitochondrial ubiquinol-cytochrome-c reductase complex core protein i
O: Mitochondrial ubiquinol-cytochrome-c reductase complex core protein 2
P: Cytochrome b
Q: Mitochondrial cytochrome c1, heme protein
R: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial
S: Cytochrome b-c1 complex subunit 7
T: Mitochondrial ubiquinol-cytochrome c reductase ubiquinone-binding protein qp-c
U: Cytochrome b-c1 complex subunit 6
V: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial
W: Mitochondrial ubiquinol-cytochrome c reductase 7.2 kda protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)492,10556
ポリマ－467,99220
非ポリマー24,11336
水19811
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area108430 Å2
ΔGint-753 kcal/mol
Surface area153400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)167.251, 181.483, 239.631
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
12
22
13
23
14
24
15
25
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26
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28
19
29
110
210
111
211
112
212
113
213
114
214
115
215
116
216
117
217

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111chain A and (RESID 11:215 and not (resid 17:22 or...
211chain N and (RESID 11:215 and not (resid 17:22 or...
112chain A and (RESID 220:225)
212chain N and (RESID 220:225)
113chain A and (RESID 227:443 and not (resid 344 ))
213chain N and (RESID 227:443 and not (resid 344 ))
114chain B and (RESID 24:211 and not (resid 28:31 or resid 189))
214chain O and (RESID 24:211 and not (resid 28:31 or resid 189))
115chain B and (RESID 212:220)
215chain O and (RESID 212:220)
116chain B and (RESID 228:230)
216chain O and (RESID 228:230)
117chain B and (RESID 231:259) and not (resid 236)
217chain O and (RESID 231:259) and not (resid 236)
118chain B and (RESID 271:439) and not resid 392
218chain O and (RESID 271:439) and not resid 392
119chain C and (RESID 3:23 ) and not resid 13
219chain P and (RESID 3:23 ) and not resid 13
1110chain C and (RESID 24:502 and not (resid 240 or resid 270 or resid 154:160))
2110chain P and (RESID 24:502 and not (resid 240 or resid 270 or resid 154:160))
1111chain D and not (resid 1:2 or resid 240:241 or resid 76 or resid 170)
2111chain Q and not (resid 1:2 or resid 240:241 or resid 76 or resid 170)
1112chain E and (RESID 1:65 )
2112chain R and (RESID 1:65 )
1113chain E and (RESID 66:69 )
2113chain R and (RESID 66:69 )
1114chain E and (RESID 153:168 or resid 501 ) and not resid 157
2114chain R and (RESID 153:168 or resid 501 ) and not resid 157
1115(chain F and (RESID 16:108) and not (resid 17 or resid 87 or resid 95 or resid 99))
2115(chain S and (RESID 16:108) and not (resid 17 or resid 87 or resid 95 or resid 99))
1116(chain g and (RESID 3:76) and not (resid 24))
2116(chain t and (RESID 3:76) and not (resid 24))
1117(chain I and (RESID 70:73))
2117(chain V and (RESID 70:73))

NCSアンサンブル:
ID
1
2
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要素

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Mitochondrial ubiquinol-cytochrome-c reductase complex core protein ... , 2種, 4分子 ANBO

#1: タンパク質 Mitochondrial ubiquinol-cytochrome-c reductase complex core protein i


分子量: 49503.840 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 組織: heart心臓
参照: UniProt: D0VX31, UniProt: F1NAC6*PLUS, quinol-cytochrome-c reductase
#2: タンパク質 Mitochondrial ubiquinol-cytochrome-c reductase complex core protein 2


分子量: 46683.809 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ)
参照: UniProt: D0VX29, UniProt: F1P582*PLUS, quinol-cytochrome-c reductase

-
タンパク質 , 2種, 4分子 CPDQ

#3: タンパク質 Cytochrome b / シトクロムb / Complex III subunit 3 / Complex III subunit III / Cytochrome b-c1 complex subunit 3 / Ubiquinol- ...Complex III subunit 3 / Complex III subunit III / Cytochrome b-c1 complex subunit 3 / Ubiquinol-cytochrome-c reductase complex cytochrome b subunit


分子量: 42650.984 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P18946
#4: タンパク質 Mitochondrial cytochrome c1, heme protein


分子量: 26973.744 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: D0VX26, quinol-cytochrome-c reductase

-
Cytochrome b-c1 complex subunit ... , 4種, 8分子 ERFSHUIV

#5: タンパク質 Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial / Complex III subunit 5 / Rieske iron-sulfur protein / RISP / Ubiquinol-cytochrome c reductase iron- ...Complex III subunit 5 / Rieske iron-sulfur protein / RISP / Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit


分子量: 21506.188 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP RESIDUES 77-272 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: Q5ZLR5, quinol-cytochrome-c reductase
#6: タンパク質 Cytochrome b-c1 complex subunit 7


分子量: 13394.397 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: D0VX30
#8: タンパク質 Cytochrome b-c1 complex subunit 6 / Complex III subunit 6 / Mitochondrial hinge protein


分子量: 9057.119 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: D0VX28
#9: タンパク質 Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial / Complex III subunit 5 / Rieske iron-sulfur protein / RISP / Ubiquinol-cytochrome c reductase iron- ...Complex III subunit 5 / Rieske iron-sulfur protein / RISP / Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit


分子量: 7721.136 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP RESIDUES 45-76 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: Q5ZLR5, quinol-cytochrome-c reductase

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Mitochondrial ubiquinol-cytochrome c reductase ... , 2種, 4分子 GTJW

#7: タンパク質 Mitochondrial ubiquinol-cytochrome c reductase ubiquinone-binding protein qp-c


分子量: 9498.735 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: D0VX32, quinol-cytochrome-c reductase
#10: タンパク質 Mitochondrial ubiquinol-cytochrome c reductase 7.2 kda protein


分子量: 7005.963 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ)
参照: UniProt: D0VX27, UniProt: F1NC51*PLUS, quinol-cytochrome-c reductase

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糖 , 1種, 3分子

#19: 糖 ChemComp-BOG / octyl beta-D-glucopyranoside / Beta-Octylglucoside / octyl beta-D-glucoside / octyl D-glucoside / octyl glucoside / オクチルβ-D-グルコピラノシド / Octyl glucoside


タイプ: D-saccharide / 分子量: 292.369 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H28O6 / コメント: 可溶化剤*YM
識別子タイププログラム
b-octylglucosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

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非ポリマー , 10種, 44分子

#11: 化合物
ChemComp-PEE / 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine / DOPE / Discrete optimized protein energy


分子量: 744.034 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H78NO8P / コメント: DOPE, リン脂質*YM
#12: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME / Heme B


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#13: 化合物 ChemComp-Y52 / methyl (2E)-3-methoxy-2-(2-{[(5-methoxy-1,3-benzothiazol-2-yl)sulfanyl]methyl}phenyl)prop-2-enoate


分子量: 401.499 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H19NO4S2
#14: 化合物 ChemComp-U10 / UBIQUINONE-10 / Coenzyme Q10 / 2-(3,7,11,15,19,23,27,31,35,39-デカメチルテトラコンタ-2,6,10,14,18,22,(以下略) / ユビキノン


分子量: 863.343 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C59H90O4
#15: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸 / MES (緩衝剤)


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#16: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#17: 化合物 ChemComp-HEC / HEME C / Heme C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#18: 化合物
ChemComp-CDL / CARDIOLIPIN / DIPHOSPHATIDYL GLYCEROL / BIS-(1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHO)-1',3'-SN-GLYCEROL / Cardiolipin


分子量: 1464.043 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C81H156O17P2 / コメント: リン脂質*YM
#20: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター


分子量: 175.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#21: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細The authors do not know the registration of a region of the sequence in chains I and V and are ...The authors do not know the registration of a region of the sequence in chains I and V and are represented by UNK residues

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.35 %
結晶化温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.77
詳細: CRYSTALLIZATION CONDITIONS: 50 MM CACODYLATE, 9.4 MM TRISHCL, 30 MM K-MES, 1.8 MM K-MOPS, 30 MM NACL, 31 MM KCL, 10 MM MGCL2, 91 G/L GLYCEROL, 30 G/L PEG 4KDA, 0.9 MM NAN3, 0.05 MM EDTA, 0. ...詳細: CRYSTALLIZATION CONDITIONS: 50 MM CACODYLATE, 9.4 MM TRISHCL, 30 MM K-MES, 1.8 MM K-MOPS, 30 MM NACL, 31 MM KCL, 10 MM MGCL2, 91 G/L GLYCEROL, 30 G/L PEG 4KDA, 0.9 MM NAN3, 0.05 MM EDTA, 0.47G/L UNDECYL MALTOSIDE, 31 MM OCTYL GLUCOSIDE, PH 6.77, TEMPERATURE 278K
PH範囲: 6.77

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.9181 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月19日 / 詳細: capillary microfocus
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9181 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.23→15 Å / Num. obs: 115416 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6 % / Rsym value: 0.301 / Net I/σ(I): 6.49
反射 シェル解像度: 3.23→3.29 Å / 冗長度: 5.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.14 / % possible all: 99.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: dev_1745)精密化
O12モデル構築
PHENIXモデル構築
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3TGU

3tgu


解像度: 3.2312→14.996 Å / SU ML: 0.46 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 29.36 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2836 2260 1.98 %random
Rwork0.2364 ---
obs0.2374 113869 98.32 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2312→14.996 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数31753 0 1016 11 32780
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00333593
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.68245537
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.47412326
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0264946
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0045770
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A1482X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12N1482X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.004
21A54X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
22N54X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.014
31A1680X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
32N1680X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.005
41B1405X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
42O1405X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.005
51B71X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
52O71X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.008
61B15X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
62O15X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.007
71B204X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
72O204X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.005
81B1218X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
82O1218X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.003
91C159X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
92P159X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.007
101C2839X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
102P2839X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.004
111D1893X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
112Q1893X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.005
121E488X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
122R488X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.004
131E28X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
132R28X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.005
141E115X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
142R115X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.008
151F782X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
152S782X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.005
161G606X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
162T606X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.007
171I28X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
172V28X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.007
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.2312-3.30070.3691260.33075412X-RAY DIFFRACTION77
3.3007-3.37660.36221660.3116975X-RAY DIFFRACTION99
3.3766-3.46010.31461480.30286984X-RAY DIFFRACTION100
3.4601-3.55240.34531380.27617019X-RAY DIFFRACTION100
3.5524-3.65550.32041340.26797052X-RAY DIFFRACTION100
3.6555-3.77170.30371480.26527005X-RAY DIFFRACTION100
3.7717-3.90420.31931590.25697034X-RAY DIFFRACTION100
3.9042-4.05760.31191360.2587055X-RAY DIFFRACTION100
4.0576-4.23820.2961610.25827003X-RAY DIFFRACTION99
4.2382-4.45610.32151240.23697063X-RAY DIFFRACTION100
4.4561-4.72710.28531540.22937041X-RAY DIFFRACTION99
4.7271-5.07890.25811300.21347129X-RAY DIFFRACTION100
5.0789-5.56610.23551440.21697110X-RAY DIFFRACTION100
5.5661-6.31820.25971200.22527154X-RAY DIFFRACTION100
6.3182-7.77130.22331320.19887221X-RAY DIFFRACTION100
7.7713-14.99620.1971400.15557352X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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