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- PDB-4u0f: Hexameric HIV-1 CA in Complex with BI-2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4u0f
タイトルHexameric HIV-1 CA in Complex with BI-2
要素Capsid protein p24カプシド
キーワードVIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / Capsid (カプシド) / Inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding via host ESCRT complex / ISG15 antiviral mechanism / host multivesicular body / viral nucleocapsid / host cell nucleus / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / RNA binding / zinc ion binding / 生体膜
類似検索 - 分子機能
Retrovirus capsid C-terminal domain / Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein / Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein / Gag protein p6 / Gag protein p6 / Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A / gag protein p24 N-terminal domain / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain ...Retrovirus capsid C-terminal domain / Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein / Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein / Gag protein p6 / Gag protein p6 / Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A / gag protein p24 N-terminal domain / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Retrovirus capsid, C-terminal / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, N-terminal / ジンクフィンガー / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-3A8 / Gag polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.22 Å
データ登録者Price, A.J. / Jacques, D.A. / James, L.C.
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2014
タイトル: Host Cofactors and Pharmacologic Ligands Share an Essential Interface in HIV-1 Capsid That Is Lost upon Disassembly.
著者: Price, A.J. / Jacques, D.A. / McEwan, W.A. / Fletcher, A.J. / Essig, S. / Chin, J.W. / Halambage, U.D. / Aiken, C. / James, L.C.
履歴
登録2014年7月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年11月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月17日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Capsid protein p24
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,8153
ポリマ－25,4611
非ポリマー3532
水1,36976
1
A: Capsid protein p24
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)154,88818
ポリマ－152,7686
非ポリマー2,12012
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_675-y+1,x-y+2,z1
crystal symmetry operation3_465-x+y-1,-x+1,z1
crystal symmetry operation4_575-x,-y+2,z1
crystal symmetry operation5_455y-1,-x+y,z1
crystal symmetry operation6_665x-y+1,x+1,z1
Buried area14510 Å2
ΔGint-79 kcal/mol
Surface area58230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.880, 90.880, 56.580
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number168
Space group name H-MP6
詳細biological unit is the same as asym.

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要素

#1: タンパク質 Capsid protein p24 / カプシド / Pr55Gag


分子量: 25461.271 Da / 分子数: 1 / 変異: yes / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (ヒト免疫不全ウイルス)
株: isolate NY5 / 遺伝子: gag / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P12493
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-3A8 / (4S)-4-(4-hydroxyphenyl)-3-phenyl-4,5-dihydropyrrolo[3,4-c]pyrazol-6(1H)-one


分子量: 291.304 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H13N3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 76 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.57 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 12% w/v PEG 4K, 0.1 M TRIS pH 8.5, 3% v/v ethylene glycol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年11月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.21→14.87 Å / Num. obs: 12460 / % possible obs: 93.4 % / 冗長度: 3.9 % / CC1/2: 0.986 / Rmerge(I) obs: 0.177 / Rpim(I) all: 0.096 / Net I/σ(I): 7.2 / Num. measured all: 48198 / Scaling rejects: 9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) all% possible all
2.21-2.283.40.499330578970.4760.29472.5
8.84-14.8740.03624.76261570.9980.0271.9

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation5.59 Å14.87 Å
Translation5.59 Å14.87 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.2.7データスケーリング
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0049精密化
iMOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3H47

3h47


解像度: 2.22→14.87 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.898 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.863 / WRfactor Rfree: 0.2398 / WRfactor Rwork: 0.2149 / FOM work R set: 0.7597 / SU B: 8.468 / SU ML: 0.204 / SU R Cruickshank DPI: 0.316 / SU Rfree: 0.2336 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.316 / ESU R Free: 0.234 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2701 593 4.8 %RANDOM
Rwork0.2418 11864 --
obs0.2431 12457 93.76 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 79.71 Å2 / Biso mean: 36.167 Å2 / Biso min: 15.92 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.28 Å20.14 Å20 Å2
2--0.28 Å20 Å2
3----0.92 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.22→14.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1558 0 26 76 1660
Biso mean--42.48 33.48 -
残基数----201
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0191628
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021556
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9181.9842215
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.6973.0033581
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.5445201
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.74424.62767
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.81715274
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.441510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0470.2250
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0211814
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02351
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.4344.639804
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.4344.638803
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.7747.807999
LS精密化 シェル解像度: 2.222→2.28 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.481 40 -
Rwork0.4 817 -
all-857 -
obs--86.74 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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