+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4tyg | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structural analysis of the human Fibroblast Growth Factor Receptor 4 Kinase | ||||||
要素 | Fibroblast growth factor receptor 4 | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / Fibroblast growth factor receptor (線維芽細胞増殖因子受容体) / Kinase (キナーゼ) / Dovitinib (線維芽細胞増殖因子受容体1) / Ponatinb / Proteros Biostructures GmbH | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 FGFR4 mutant receptor activation / betaKlotho-mediated ligand binding / regulation of extracellular matrix disassembly / phosphate ion homeostasis / regulation of bile acid biosynthetic process / FGFR4 ligand binding and activation / fibroblast growth factor receptor activity / Phospholipase C-mediated cascade; FGFR4 / positive regulation of DNA biosynthetic process / positive regulation of catalytic activity ...FGFR4 mutant receptor activation / betaKlotho-mediated ligand binding / regulation of extracellular matrix disassembly / phosphate ion homeostasis / regulation of bile acid biosynthetic process / FGFR4 ligand binding and activation / fibroblast growth factor receptor activity / Phospholipase C-mediated cascade; FGFR4 / positive regulation of DNA biosynthetic process / positive regulation of catalytic activity / fibroblast growth factor binding / PI-3K cascade:FGFR4 / positive regulation of proteolysis / regulation of lipid metabolic process / PI3K Cascade / fibroblast growth factor receptor signaling pathway / SHC-mediated cascade:FGFR4 / Signaling by FGFR4 in disease / 小胞 / FRS-mediated FGFR4 signaling / cholesterol homeostasis / Negative regulation of FGFR4 signaling / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / 受容体型チロシンキナーゼ / peptidyl-tyrosine phosphorylation / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / 遊走 / PIP3 activates AKT signaling / glucose homeostasis / heparin binding / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / RAF/MAP kinase cascade / protein autophosphorylation / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / receptor complex / エンドソーム / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / ゴルジ体 / 小胞体 / extracellular region / ATP binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å | ||||||
データ登録者 | Lesca, E. / Lammens, A. / Huber, R. / Augustin, M. | ||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2014 タイトル: Structural analysis of the human fibroblast growth factor receptor 4 kinase. 著者: Lesca, E. / Lammens, A. / Huber, R. / Augustin, M. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4tyg.cif.gz | 132.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb4tyg.ent.gz | 103.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4tyg.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ty/4tyg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ty/4tyg | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34689.059 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 447-753 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FGFR4, JTK2, TKF / プラスミド: pFastBac HTB / Cell (発現宿主): Sf9 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P22455, 受容体型チロシンキナーゼ | ||
---|---|---|---|
#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.22 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 2.5 M Sodium acetate 0.1 M MES pH 6.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年12月4日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→79.7 Å / Num. obs: 17454 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 0.121 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.56 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.738 / % possible all: 99.6 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→79.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 16.305 / SU ML: 0.181 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.293 / ESU R Free: 0.224 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 60.884 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.4→79.7 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|