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- PDB-4s28: Crystal structure of Arabidopsis thaliana ThiC with bound aminoim... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4s28
タイトルCrystal structure of Arabidopsis thaliana ThiC with bound aminoimidazole ribonucleotide, S-adenosylhomocysteine, Fe4S4 cluster and Fe
要素Phosphomethylpyrimidine synthase, chloroplastic
キーワードLYASE (リアーゼ) / Alpha-Beta Barrel / Radical SAM superfamily / Iron-sulfur cluster (鉄・硫黄クラスター) / Thiamin (チアミン) / Vitamin B1 (チアミン) / Vitamin B12 (コバラミン) / Domain swapping / AdoMet and Glutamate mutase
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphomethylpyrimidine synthase / response to vitamin B1 / carbon-carbon lyase activity / thiamine diphosphate biosynthetic process / thiamine biosynthetic process / 色素体 / 葉緑体 / iron-sulfur cluster binding / 葉緑体 / 4 iron, 4 sulfur cluster binding ...phosphomethylpyrimidine synthase / response to vitamin B1 / carbon-carbon lyase activity / thiamine diphosphate biosynthetic process / thiamine biosynthetic process / 色素体 / 葉緑体 / iron-sulfur cluster binding / 葉緑体 / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / protein domain specific binding / metal ion binding / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Radical SAM ThiC family, central domain / Phosphomethylpyrimidine synthase ThiC/5-hydroxybenzimidazole synthase BzaA/B / Phosphomethylpyrimidine synthase / ThiC/Bza, core domain / Radical SAM ThiC family / TIMバレル / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
5-AMINOIMIDAZOLE RIBONUCLEOTIDE / 1,4-ブタンジオール / : / S-アデノシル-L-ホモシステイン / 鉄・硫黄クラスター / Phosphomethylpyrimidine synthase, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.25 Å
データ登録者Fenwick, M.K. / Mehta, A.P. / Zhang, Y. / Abdelwahed, S. / Begley, T.P. / Ealick, S.E.
引用ジャーナル: Nat Commun
タイトル: Non-canonical active site architecture of the radical SAM thiamin pyrimidine synthase.
著者: Fenwick, M.K. / Mehta, A.P. / Zhang, Y. / Abdelwahed, S.H. / Begley, T.P. / Ealick, S.E.
履歴
登録2015年1月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年4月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphomethylpyrimidine synthase, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,9738
ポリマ－64,6701
非ポリマー1,3037
水9,890549
1
A: Phosphomethylpyrimidine synthase, chloroplastic
ヘテロ分子

A: Phosphomethylpyrimidine synthase, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)131,94616
ポリマ－129,3402
非ポリマー2,60614
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_556y,x,-z+11
Buried area12770 Å2
ΔGint-169 kcal/mol
Surface area31730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)107.071, 107.071, 87.677
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1223-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Phosphomethylpyrimidine synthase, chloroplastic / / Hydroxymethylpyrimidine phosphate synthase / HMP-P synthase / HMP-phosphate synthase / HMPP ...Hydroxymethylpyrimidine phosphate synthase / HMP-P synthase / HMP-phosphate synthase / HMPP synthase / Protein PYRIMIDINE REQUIRING / Thiamine biosynthesis protein ThiC / Protein THIAMINE C


分子量: 64670.090 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 72-644 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: THIC, PY / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O82392, phosphomethylpyrimidine synthase

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非ポリマー , 7種, 556分子

#2: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター


分子量: 351.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#3: 化合物 ChemComp-AIR / 5-AMINOIMIDAZOLE RIBONUCLEOTIDE / 1-(5-アミノ-1H-イミダゾ-ル-1-イル)-1-デオキシ-β-D-リボフラノ-ス5-りん酸 / 5-Aminoimidazole ribotide


分子量: 295.186 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H14N3O7P
#4: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン / S-アデノシル-L-ホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S
#5: 化合物 ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 化合物 ChemComp-BU1 / 1,4-BUTANEDIOL / 1,4-ブタンジオ-ル / 1,4-ブタンジオール


分子量: 90.121 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2
#8: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 549 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.06 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 100 mM Na acetate, pH5.3-5.6, 1-9%(v/v) 1,4 butanediol, pH 5.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年4月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.25→50 Å / Num. all: 158608 / Num. obs: 158556 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 9.91 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 7.1
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.25-1.294.50.333196.5
1.29-1.355.40.299198.6
1.35-1.415.30.227199
1.41-1.485.20.167199.1
1.48-1.575.50.125199.3
1.57-1.75.10.092199.3
1.7-1.875.60.072199.6
1.87-2.145.30.051199.7
2.14-2.695.70.042199.9
2.69-505.40.03199.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIXdev_1839精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB entry 4N7Q

4n7q


解像度: 1.25→40.986 Å / SU ML: 0.07 / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 10.89 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1367 7765 4.9 %
Rwork0.1157 --
obs0.1168 158556 99.04 %
all-158608 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 15.9927 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.25→40.986 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4104 0 67 549 4720
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0074593
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2266271
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.4991704
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.079666
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006820
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.25-1.26310.18472360.15584656X-RAY DIFFRACTION92
1.2631-1.27790.1542720.14014928X-RAY DIFFRACTION98
1.2779-1.29350.15262060.12945028X-RAY DIFFRACTION98
1.2935-1.30990.15783000.12564894X-RAY DIFFRACTION98
1.3099-1.32710.16052490.12184964X-RAY DIFFRACTION99
1.3271-1.34530.15642360.11775039X-RAY DIFFRACTION99
1.3453-1.36450.14092540.10814957X-RAY DIFFRACTION99
1.3645-1.38490.12472580.10595005X-RAY DIFFRACTION99
1.3849-1.40650.13772540.10474979X-RAY DIFFRACTION99
1.4065-1.42960.14382450.10615002X-RAY DIFFRACTION99
1.4296-1.45430.12742420.09995020X-RAY DIFFRACTION99
1.4543-1.48070.12262760.10084977X-RAY DIFFRACTION99
1.4807-1.50920.1262670.08925026X-RAY DIFFRACTION99
1.5092-1.540.12562610.08655001X-RAY DIFFRACTION99
1.54-1.57350.11172510.08585047X-RAY DIFFRACTION100
1.5735-1.61010.11512000.08755067X-RAY DIFFRACTION100
1.6101-1.65040.10932650.08975049X-RAY DIFFRACTION99
1.6504-1.6950.12322330.09345026X-RAY DIFFRACTION99
1.695-1.74490.11692880.09264979X-RAY DIFFRACTION99
1.7449-1.80120.12872470.09655080X-RAY DIFFRACTION100
1.8012-1.86550.13032590.1035070X-RAY DIFFRACTION100
1.8655-1.94020.11832960.10455029X-RAY DIFFRACTION100
1.9402-2.02850.1322600.1065080X-RAY DIFFRACTION100
2.0285-2.13550.11832670.10795053X-RAY DIFFRACTION99
2.1355-2.26930.12832300.1155117X-RAY DIFFRACTION100
2.2693-2.44450.1362520.12045127X-RAY DIFFRACTION100
2.4445-2.69040.133050.12555058X-RAY DIFFRACTION100
2.6904-3.07960.15113060.13165078X-RAY DIFFRACTION99
3.0796-3.87950.15582720.12945168X-RAY DIFFRACTION100
3.8795-41.00770.152780.13855287X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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