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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4s0u | ||||||
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タイトル | Crystal structure of NKG2D in complex with ULBP6 | ||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM (免疫系) / Leukaemia (白血病) / Graft versus Leukaemia / c-type lectin domain / NKG2D / NKG2DL / affinity and autoimmunity | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of natural killer cell chemotaxis / MHC class Ib receptor activity / : / Post-translational modification: synthesis of GPI-anchored proteins / positive regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / natural killer cell mediated cytotoxicity / natural killer cell activation / negative regulation of GTPase activity / immune system process / MHC class I protein binding ...negative regulation of natural killer cell chemotaxis / MHC class Ib receptor activity / : / Post-translational modification: synthesis of GPI-anchored proteins / positive regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / natural killer cell mediated cytotoxicity / natural killer cell activation / negative regulation of GTPase activity / immune system process / MHC class I protein binding / stimulatory C-type lectin receptor signaling pathway / T cell costimulation / nitric oxide biosynthetic process / viral process / DAP12 interactions / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / positive regulation of type II interferon production / DAP12 signaling / signaling receptor activity / carbohydrate binding / 獲得免疫系 / cellular response to lipopolysaccharide / 細胞分化 / defense response to Gram-positive bacterium / external side of plasma membrane / 細胞膜 / 小胞体 / シグナル伝達 / extracellular space / extracellular region / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å | ||||||
データ登録者 | Mohammed, F. / Willcox, B.E. | ||||||
引用 | ジャーナル: Sci Signal / 年: 2017 タイトル: A disease-linked ULBP6 polymorphism inhibits NKG2D-mediated target cell killing by enhancing the stability of NKG2D ligand binding. 著者: Zuo, J. / Willcox, C.R. / Mohammed, F. / Davey, M. / Hunter, S. / Khan, K. / Antoun, A. / Katakia, P. / Croudace, J. / Inman, C. / Parry, H. / Briggs, D. / Malladi, R. / Willcox, B.E. / Moss, P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4s0u.cif.gz | 95.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4s0u.ent.gz | 76.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4s0u.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s0/4s0u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s0/4s0u | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14577.496 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 90-215 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: D12S2489E, KLRK1, NKG2D / プラスミド: pET23a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: P26718 #2: タンパク質 | | 分子量: 20066.877 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 29-203 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAET1L, ULBP6 / プラスミド: pET23a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: Q5VY80 #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.59 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 25% PEG 1500, 0.1M PCB, VAPOR DIFFUSION, hanging drop, temperature 298K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5417 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RIGAKU SATURN / 検出器: CCD / 日付: 2012年9月15日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.5417 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.4→18.7 Å / Num. obs: 18069 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.5 % / Biso Wilson estimate: 43.641 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.097 / Χ2: 0.932 / Net I/σ(I): 18.17 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.35→18.73 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.913 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.857 / WRfactor Rfree: 0.253 / WRfactor Rwork: 0.2133 / FOM work R set: 0.7675 / SU B: 9.436 / SU ML: 0.23 / SU R Cruickshank DPI: 0.594 / SU Rfree: 0.3129 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.594 / ESU R Free: 0.313 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 89.72 Å2 / Biso mean: 39.706 Å2 / Biso min: 17.81 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.35→18.73 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.349→2.409 Å / Total num. of bins used: 20
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