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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4s0s | ||||||
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タイトル | STRUCTURE OF HUMAN PREGNANE X RECEPTOR LIGAND BINDING DOMAIN with ADNECTIN-1 | ||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM (免疫系) / pregnane X receptor (プレグナンX受容体) / PXR / ligand binding domain (リガンド) / steroid receptor coactivator-1 (核内受容体コアクチベーター1) / CCR1 / Chemokine Receptor-1 / NR / nuclear receptor (核内受容体) / AF / activation function (活性化関数) / CYP / cytochrome P450 (シトクロムP450) / MDR1 (P糖タンパク質) / multi-drug resistance gene-1 | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 xenobiotic transport / intermediate filament cytoskeleton / steroid metabolic process / xenobiotic catabolic process / xenobiotic metabolic process / nuclear receptor binding / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / SUMOylation of intracellular receptors / Nuclear Receptor transcription pathway / nuclear receptor activity ...xenobiotic transport / intermediate filament cytoskeleton / steroid metabolic process / xenobiotic catabolic process / xenobiotic metabolic process / nuclear receptor binding / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / SUMOylation of intracellular receptors / Nuclear Receptor transcription pathway / nuclear receptor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / transcription regulator complex / 細胞分化 / nuclear body / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of DNA-templated transcription / クロマチン / positive regulation of gene expression / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / シグナル伝達 / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / 核質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å | ||||||
データ登録者 | Khan, J.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2015 タイトル: Developing Adnectins That Target SRC Co-Activator Binding to PXR: A Structural Approach toward Understanding Promiscuity of PXR. 著者: Khan, J.A. / Camac, D.M. / Low, S. / Tebben, A.J. / Wensel, D.L. / Wright, M.C. / Su, J. / Jenny, V. / Gupta, R.D. / Ruzanov, M. / Russo, K.A. / Bell, A. / An, Y. / Bryson, J.W. / Gao, M. / ...著者: Khan, J.A. / Camac, D.M. / Low, S. / Tebben, A.J. / Wensel, D.L. / Wright, M.C. / Su, J. / Jenny, V. / Gupta, R.D. / Ruzanov, M. / Russo, K.A. / Bell, A. / An, Y. / Bryson, J.W. / Gao, M. / Gambhire, P. / Baldwin, E.T. / Gardner, D. / Cavallaro, C.L. / Duncia, J.V. / Hynes, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4s0s.cif.gz | 154.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4s0s.ent.gz | 121 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4s0s.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s0/4s0s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s0/4s0s | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36223.816 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NR1I2, PXR / プラスミド: pCO7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O75469 #2: タンパク質 | 分子量: 13232.593 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET9D / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.11 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.1M HEPES pH 7.0, 18%(V/V)1,6 hexanediol, and 3% (V/V) MPD. Crystals harvested next day using mother liquor supplemented with 21%(V/V) 1,6 hexanediol and 3%(V/V) MPD as cryoprotectant, vapor ...詳細: 0.1M HEPES pH 7.0, 18%(V/V)1,6 hexanediol, and 3% (V/V) MPD. Crystals harvested next day using mother liquor supplemented with 21%(V/V) 1,6 hexanediol and 3%(V/V) MPD as cryoprotectant, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K PH範囲: 7.8? |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年2月23日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→48.56 Å / Num. obs: 29146 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 103.74 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.038 / Net I/σ(I): 26 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.95 Å / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.566 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.8→34.91 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9327 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9371 / SU R Cruickshank DPI: 0.557 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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原子変位パラメータ | Biso max: 195.05 Å2 / Biso mean: 92.93 Å2 / Biso min: 0 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.444 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→34.91 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.8→2.9 Å / Total num. of bins used: 15
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