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- PDB-4rzl: DNA recognition domain of the cytosine modification-dependent res... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4rzl
タイトルDNA recognition domain of the cytosine modification-dependent restriction endonuclease LpnPI
要素Restriction endonuclease LpnPI
キーワードDNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / cytosine modification / SRA domain / LpnPI / restriction endonuclease (制限酵素) / DNA binding (デオキシリボ核酸)
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA restriction-modification system / endonuclease activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能
PUA domain-like - #20 / Restriction endonuclease AspBHI, N-terminal / Restriction endonuclease AspBHI N-terminal / Restriction endonuclease type IV, Mrr / 制限酵素 / PUA domain-like / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Legionella pneumophila subsp. pneumophila str. Philadelphia 1 (レジオネラ・ニューモフィラ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Sasnauskas, G. / Tamulaitiene, G. / Siksnys, V.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2015
タイトル: Structure-guided sequence specificity engineering of the modification-dependent restriction endonuclease LpnPI.
著者: Sasnauskas, G. / Zagorskaite, E. / Kauneckaite, K. / Tamulaitiene, G. / Siksnys, V.
履歴
登録2014年12月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年6月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年8月26日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: diffrn_source / software / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Restriction endonuclease LpnPI
B: Restriction endonuclease LpnPI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,8543
ポリマ－51,6162
非ポリマー2381
水7,602422
1
A: Restriction endonuclease LpnPI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,0462
ポリマ－25,8081
非ポリマー2381
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Restriction endonuclease LpnPI


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,8081
ポリマ－25,8081
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.037, 82.037, 152.829
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number169
Space group name H-MP61
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: HIS / Beg label comp-ID: HIS / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Auth seq-ID: -2 - 224 / Label seq-ID: 6 - 232

Dom-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-ID
1chain AAA
2chain BBB

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要素

#1: タンパク質 Restriction endonuclease LpnPI


分子量: 25808.082 Da / 分子数: 2 / 断片: N-terminal domain (UNP residues 2-224) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Legionella pneumophila subsp. pneumophila str. Philadelphia 1 (レジオネラ・ニューモフィラ)
株: Philadelphia 1 / 遺伝子: AAU27318, lpg1234 / プラスミド: pLATE11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ER2566 / 参照: UniProt: Q5ZW53
#2: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 422 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.23 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.16 M (NH4)2SO4, 0.08 M Na-HEPES, 20% w/v PEG 3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-3 / 波長: 1.0012 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月12日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si (111) double crystal monochromator, first crystal indirectly water-cooled
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0012 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→41.4 Å / Num. all: 33984 / Num. obs: 33984 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 12.9 % / Biso Wilson estimate: 22.34 Å2 / Rsym value: 0.101 / Net I/σ(I): 21.5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
2.1-2.2112.80.5241.46364649590.524100
2.21-2.3512.80.3662.16016546840.366100
2.35-2.5112.90.2712.95650043890.271100
2.51-2.7112.90.2063.85314741120.206100
2.71-2.9712.90.1345.84861437550.134100
2.97-3.32130.08494437034240.084100
3.32-3.83130.05712.93899030020.057100
3.83-4.7130.04117.43321125610.041100
4.7-6.6412.90.03917.92568219850.039100
6.64-41.412.50.03217.21386111130.03299.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRR rigid body: 0.547
最高解像度最低解像度
Rotation19.81 Å4 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.20データスケーリング
MOLREP11.2.05位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
MxCuBEデータ収集
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4OC8, chain A, residues 6-22, 31-85, 97-208

4oc8


解像度: 2.1→41.019 Å / SU ML: 0.2 / Isotropic thermal model: Isotropic / σ(F): 1.24 / 位相誤差: 19.8 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1986 6585 9.81 %RANDOM
Rwork0.1658 ---
obs0.1691 33923 99.99 %-
all-33984 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 83.09 Å2 / Biso mean: 26.6084 Å2 / Biso min: 8.59 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→41.019 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3490 0 16 422 3928
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.013600
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0924891
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.061523
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006640
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.3771282
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1994X-RAY DIFFRACTION4.108TORSIONAL
12B1994X-RAY DIFFRACTION4.108TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.1-2.12390.25992360.224320282264
2.1239-2.14890.27342050.22220692274
2.1489-2.17510.25822040.202719882192
2.1751-2.20260.30432320.20320022234
2.2026-2.23160.27822080.205320312239
2.2316-2.26220.2362240.203820362260
2.2622-2.29450.2521820.202420322214
2.2945-2.32870.22362400.182620402280
2.3287-2.36510.21372200.170219702190
2.3651-2.40390.21142210.182620362257
2.4039-2.44530.24492360.171920132249
2.4453-2.48980.24182200.186820152235
2.4898-2.53770.2021950.178920042199
2.5377-2.58950.21262160.178120652281
2.5895-2.64580.21362080.171320492257
2.6458-2.70730.21562430.181819892232
2.7073-2.7750.26232000.188219822182
2.775-2.850.23772160.181920532269
2.85-2.93380.20632240.173920292253
2.9338-3.02850.21132310.182820062237
3.0285-3.13670.2262290.174619802209
3.1367-3.26230.20492460.165820242270
3.2623-3.41070.22431790.165320702249
3.4107-3.59040.17892330.151319752208
3.5904-3.81520.15162360.143619842220
3.8152-4.10950.16192130.136220452258
4.1095-4.52260.14352120.119420322244
4.5226-5.17590.13522240.122920122236
5.1759-6.51690.17332250.160419972222
6.5169-41.02630.16232270.164920102237

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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