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- PDB-4rr1: re-refinement of entry 1sot, Crystal Structure of the DegS stress... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4rr1
タイトルre-refinement of entry 1sot, Crystal Structure of the DegS stress sensor
要素Protease degS
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / STRESS RESPONSE (闘争・逃走反応) / PROTEIN QUALITY CONTROL / PDZ / UPR / HTRA
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidase Do / cellular response to misfolded protein / serine-type peptidase activity / outer membrane-bounded periplasmic space / peptidase activity / serine-type endopeptidase activity / タンパク質分解 / identical protein binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Peptidase S1C, DegS / PDZドメイン / Peptidase S1C / Trypsin-like peptidase domain / PDZドメイン / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZドメイン / PDZ superfamily / トリプシン ...Peptidase S1C, DegS / PDZドメイン / Peptidase S1C / Trypsin-like peptidase domain / PDZドメイン / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZドメイン / PDZ superfamily / トリプシン / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Βバレル / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICKEL (II) ION / リン酸塩 / : / Serine endoprotease DegS
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Sauer, R.T. / Grant, R.A.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2004
タイトル: Crystal structure of the DegS stress sensor: How a PDZ domain recognizes misfolded protein and activates a protease.
著者: Wilken, C. / Kitzing, K. / Kurzbauer, R. / Ehrmann, M. / Clausen, T.
履歴
登録2014年11月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年3月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年3月18日Group: Database references
Remark 0THIS ENTRY 4RR1 REFLECTS AN ALTERNATIVE MODELING OF THE STRUCTURAL DATA IN R1SOTSF ORIGINAL DATA ...THIS ENTRY 4RR1 REFLECTS AN ALTERNATIVE MODELING OF THE STRUCTURAL DATA IN R1SOTSF ORIGINAL DATA DETERMINED BY AUTHOR: C.WILKEN,K.KITZING,R.KURZBAUER,M.EHRMANN,T.CLAUSEN

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protease degS
B: Protease degS
C: Protease degS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,2155
ポリマ－103,0623
非ポリマー1542
水8,053447
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5040 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area35610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)207.680, 143.060, 41.530
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.070, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Protease degS


分子量: 34353.898 Da / 分子数: 3 / 断片: protease and pdz domains / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: degS, P12B_c3347 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: H9UXC8, UniProt: P0AEE3*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION / ニッケル


分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 447 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.9 % / 解説: AUTHOR USED THE SF DATA FROM ENTRY 1SOT.

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化解像度: 2.3→14.996 Å / SU ML: 0.23 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.25 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2172 2616 5.07 %random
Rwork0.1839 ---
obs0.1856 51616 96.44 %-
all-53521 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 282.75 Å2 / Biso mean: 66.6488 Å2 / Biso min: 16.08 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→14.996 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6039 0 6 447 6492
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0056138
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9358355
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0361041
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051088
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.4582229
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 19

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.3-2.34170.26711360.23662620275699
2.3417-2.38650.24731460.212626202766100
2.3865-2.43510.28111430.209927282871100
2.4351-2.48780.23271290.212326082737100
2.4878-2.54540.24521490.206426362785100
2.5454-2.60870.25191530.213527242877100
2.6087-2.67890.24251330.212556268998
2.6789-2.75720.24611380.20722676281498
2.7572-2.84560.25191570.205426142771100
2.8456-2.94660.23431330.18832677281099
2.9466-3.06360.22451490.19242625277499
3.0636-3.20180.22031470.18442671281899
3.2018-3.36880.23291260.18672631275799
3.3688-3.57710.21131420.18182528267095
3.5771-3.8490.2361250.18052285241085
3.849-4.22850.18211020.16282557265994
4.2285-4.82240.14791370.14162496263394
4.8224-6.010.22171310.18172504263592
6.01-14.99620.21161400.18952244238483
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.9754-0.3685-0.14711.10690.08360.47690.0284-0.1298-0.10540.0383-0.0114-0.2428-0.01120.0491-0.01620.25280.0108-0.03580.26350.02930.172935.633819.64492.8204
21.45710.0363-0.02151.9694-0.28681.5356-0.0045-0.1852-1.45370.21760.1112-0.03791.44210.2935-0.09431.22330.0698-0.03790.5960.08681.674311.7357-15.14385.9712
31.77330.0323-0.3231.39420.83970.79270.2239-0.36980.20231.0177-0.33231.59430.2536-1.03960.11640.7547-0.14670.35650.9068-0.14591.232124.275857.739316.1569
42.18350.27840.56312.28330.27710.8046-0.2911-0.40550.46230.1051-0.1317-1.5782-0.50050.72530.42180.825-0.1447-0.03651.0523-0.11721.968477.512912.3108-1.7327
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A or chain B or chain C) and resseq 42:256A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain A and resseq 257:361A257 - 361
3X-RAY DIFFRACTION3chain B and resseq 257:361B257 - 361
4X-RAY DIFFRACTION4chain C and resseq 257:361C257 - 361

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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