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- PDB-4rjy: Crystal structure of E. coli L-Threonine Aldolase in complex with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4rjy
タイトルCrystal structure of E. coli L-Threonine Aldolase in complex with a non-covalently uncleaved bound L-serine substrate
要素Low specificity L-threonine aldolase
キーワードLYASE (リアーゼ) / Pyridoxal-5-phosphate (ピリドキサールリン酸) / threonine aldolase (トレオニンアルドラーゼ) / aldimine (イミン) / catalytic mechanism (酵素反応) / retro-aldol cleavage / PLP-dependent enzymes
機能・相同性Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / セリン / :
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Safo, M.K. / Chowdhury, N. / Gandhi, A.K.
引用ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2015
タイトル: Molecular basis of E. colil-threonine aldolase catalytic inactivation at low pH.
著者: Remesh, S.G. / Ghatge, M.S. / Ahmed, M.H. / Musayev, F.N. / Gandhi, A. / Chowdhury, N. / di Salvo, M.L. / Kellogg, G.E. / Contestabile, R. / Schirch, V. / Safo, M.K.
履歴
登録2014年10月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年10月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年1月21日Group: Database references
改定 1.22015年2月4日Group: Database references

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Low specificity L-threonine aldolase
B: Low specificity L-threonine aldolase
C: Low specificity L-threonine aldolase
D: Low specificity L-threonine aldolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)147,58614
ポリマ－147,0284
非ポリマー55810
水15,331851
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15680 Å2
ΔGint-120 kcal/mol
Surface area43890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.160, 104.880, 84.910
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.49, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Low specificity L-threonine aldolase


分子量: 36756.883 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: KTE79 / 遺伝子: A1UU_02790 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: L4EJM2
#2: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物
ChemComp-SER / SERINE / セリン / セリン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 105.093 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7NO3
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 851 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.31 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: Freshly dialyzed eTA (22 mg/mL in 20 mM potassium phosphate, pH 7.0) was incubated with L-serine (6.25 mM), precipitant solution contains 0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate, pH 5.6, 20% ...詳細: Freshly dialyzed eTA (22 mg/mL in 20 mM potassium phosphate, pH 7.0) was incubated with L-serine (6.25 mM), precipitant solution contains 0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate, pH 5.6, 20% v/v 2-propoanol, 20% v/v PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5417 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年11月22日
放射モノクロメーター: Ni Filter / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5417 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→32.8 Å / Num. obs: 77165 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.91 % / Rmerge(I) obs: 0.093 / Χ2: 0.87 / Net I/σ(I): 8.4 / Scaling rejects: 24943
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allΧ2% possible all
2.1-2.182.770.2683.82293874580.995.4
2.18-2.262.860.2544.12441276910.998.1
2.26-2.372.90.2464.22460477020.9198.2
2.37-2.492.870.2284.52482077740.998.5
2.49-2.652.90.1975.12486877210.8998.6
2.65-2.852.90.1695.72519677260.998.4
2.85-3.142.920.136.92547277870.8898.8
3.14-3.592.930.08410.22547577290.8698.3
3.59-4.522.980.05116.42558877440.8197.5
4.52-32.83.040.03921.12605178330.7597.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
d*TREK9.2SSIデータ削減
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
CrystalClearデータ収集
d*TREKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→30 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2787 3871 4.9 %random
Rwork0.2125 ---
obs0.2787 76865 97.6 %-
all-77165 --
溶媒の処理Bsol: 78.7595 Å2
原子変位パラメータBiso max: 113.59 Å2 / Biso mean: 27.2876 Å2 / Biso min: 1.07 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.873 Å20 Å20.122 Å2
2---3.987 Å20 Å2
3---1.114 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10252 0 34 851 11137
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.507
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3llp.par
X-RAY DIFFRACTION4llp-patch.par
X-RAY DIFFRACTION5sen.par

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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