PDB-4rjt: Crystal Structure of Unliganded, Full Length hUGDH at pH 7.0

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4rjt

タイトル

Crystal Structure of Unliganded, Full Length hUGDH at pH 7.0

要素

UDP-glucose 6-dehydrogenase

UDP-グルコース-6-デヒドロゲナーゼ

キーワード

OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / Rossman Fold / Nucleotide sugar dehydrogenase / NAD binding /

UDP-glucose binding (ウリジン二リン酸グルコース) /

Oxidation (酸化還元反応) /

Cytosol (細胞質基質)

機能・相同性

機能・相同性情報

Formation of the active cofactor, UDP-glucuronate / chondroitin sulfate biosynthetic process /

UDP-グルコース-6-デヒドロゲナーゼ /

UDP-glucose 6-dehydrogenase activity / UDP-glucuronate biosynthetic process / heparan sulfate proteoglycan biosynthetic process / glycosaminoglycan biosynthetic process / gastrulation with mouth forming second / protein hexamerization / neuron development ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Sidlo, A.M. / Wood, Z.A.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2014
タイトル: Hysteresis in Human UDP-Glucose Dehydrogenase Is Due to a Restrained Hexameric Structure That Favors Feedback Inhibition.
著者: Kadirvelraj, R. / Custer, G.S. / Keul, N.D. / Sennett, N.C. / Sidlo, A.M. / Walsh Jr., R.M. / Wood, Z.A.

履歴

登録	2014年10月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年12月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年1月21日	Group: Database references
改定 1.2	2018年4月25日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.3	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4rjt.cif.gz	551.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4rjt.ent.gz	461.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4rjt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rj/4rjt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rj/4rjt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4qej PDB 未公開エントリS 2q3e 2qg4 3prj 3ptz 3tf5 5w4x S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5w4x-1 2qg4-6 3tf5-1 6c4j-2 5tjh-d 3itk-d 2qg4-4 2qg4-5 3khu-d 6c5a-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (1) #228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1) #127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: UDP-glucose 6-dehydrogenase

B: UDP-glucose 6-dehydrogenase

C: UDP-glucose 6-dehydrogenase

ヘテロ分子

165 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: UDP-glucose 6-dehydrogenase

B: UDP-glucose 6-dehydrogenase

C: UDP-glucose 6-dehydrogenase

ヘテロ分子

A: UDP-glucose 6-dehydrogenase

B: UDP-glucose 6-dehydrogenase

C: UDP-glucose 6-dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
331 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	176.980, 113.960, 97.120
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 116.91, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	UDP-glucose 6-dehydrogenase / UDP-グルコース-6-デヒドロゲナーゼ / UDP-Glc dehydrogenase / UDP-GlcDH / UDPGDH 分子量: 55093.938 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UGDH / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-T1R 参照: UniProt: O60701, UDP-グルコース-6-デヒドロゲナーゼ
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.64 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.44 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.05 M Sodium Formate, 15% PEG 3350, 0.1 M HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 77 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年3月14日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→48.4 Å / Num. all: 47576 / Num. obs: 47231 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 7.4 % / B_iso Wilson estimate: 74.6 Å² / R_merge(I) obs: 0.118 / Net I/σ(I): 19.6
反射シェル	解像度: 2.7→2.86 Å / 冗長度: 7.2 % / R_merge(I) obs: 1.7 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique all: 4648 / % possible all: 97.4

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
XDS	データスケーリング
PHENIX	モデル構築
PHENIX	精密化
XDS	データ削減
XSCALE	データスケーリング
PHENIX	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4QEJ

4qej
PDB 未公開エントリ

解像度: 2.7→48.4 Å / SU ML: 0.41 / Isotropic thermal model: Isotropic with TLS / 交差検証法: R-free / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.89 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: TLS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2305	1999	4.23 %	RANDOM
R_work	0.183	-	-	-
obs	0.185	47231	99.9 %	-
all	-	47576	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 70.14 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.443 Å / Luzzati d res low obs: 48.43 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→48.4 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10818	0	4	8	10830

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	11013
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.636	14899
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.793	4103
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.025	1698
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	1921

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.7-2.7676	0.3822	142	0.327	3211	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7676-2.8424	0.3321	142	0.2881	3220	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8424-2.926	0.3248	142	0.272	3213	X-RAY DIFFRACTION	100
2.926-3.0204	0.3072	142	0.2587	3198	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0204-3.1284	0.3232	142	0.2311	3227	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1284-3.2536	0.2937	143	0.2154	3229	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2536-3.4016	0.2716	142	0.1984	3221	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4016-3.5809	0.2757	143	0.199	3217	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5809-3.8052	0.2384	142	0.1803	3221	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8052-4.0989	0.227	143	0.1691	3231	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0989-4.5111	0.2109	143	0.1501	3244	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5111-5.1632	0.1873	144	0.1452	3257	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1632-6.5026	0.2271	143	0.1763	3256	X-RAY DIFFRACTION	100
6.5026-48.4364	0.1669	146	0.1632	3287	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4981	-0.1898	0.5275	1.621	-0.1822	2.2445	0.0576	-0.4671	-0.2072	0.7303	0.0526	0.2093	-0.0185	-0.5387	-0.139	1.4362	0.0347	0.0061	1.0951	0.009	0.5962	2.0017	-1.0435	48.0423
2	2.5743	1.2256	0.58	2.0563	0.1965	1.9207	0.0988	-0.4569	-0.2902	0.4989	0.0077	0.2191	0.5793	-0.5839	-0.0969	0.7716	-0.0648	0.0769	0.6722	0.1183	0.4208	-6.0773	-23.1929	22.2768
3	5.1032	2.4489	-1.5027	6.0322	1.2084	5.1265	-0.0059	-0.3371	1.6329	0.0568	-0.016	0.726	-0.6826	-0.8339	0.0242	0.7515	0.2808	-0.2957	0.7185	-0.1798	1.3036	-31.3984	44.1664	-6.0292
4	5.397	1.9108	-0.3591	6.2121	0.6768	4.3072	0.3054	-1.0254	1.8135	0.7498	-0.4351	1.5748	-0.4446	-0.9374	0.1505	0.7818	0.2026	-0.0095	1.0763	-0.2208	1.4051	-35.4885	42.6282	1.0458
5	3.1028	-2.5243	3.6165	5.313	-5.5557	7.6265	-0.4552	-0.1262	0.7831	-0.4319	-0.0765	-0.1488	-0.0799	-0.6488	0.4913	0.5324	0.1126	-0.1682	0.6854	0.0269	0.8612	-28.2694	25.8841	-8.6614
6	5.5642	2.4806	1.7896	5.6999	2.6298	5.2274	-0.2996	0.2629	0.8416	-0.4699	-0.014	-0.0261	-0.7161	-0.2288	0.2704	0.6034	0.1115	-0.2151	0.4956	0.1241	0.7968	-22.0819	39.5127	-13.4699
7	1.847	-0.2887	0.1073	2.5838	-0.3129	4.4807	-0.2891	-0.5278	0.2985	0.8737	0.2195	0.4306	-0.3719	-0.501	0.0821	0.6271	0.17	0.089	0.5624	-0.0664	0.6337	-8.5782	26.0956	17.8159
8	5.5329	-1.5653	0.2935	4.3981	-0.9372	7.6437	0.1493	0.1414	-0.6831	0.3006	0.0555	0.681	0.7416	-1.675	-0.2591	0.8794	-0.3872	-0.0197	0.8748	0.032	0.8219	-39.1182	-37.2685	-11.2223
9	1.8114	1.3916	0.7439	7.6346	2.1927	3.1851	0.055	-0.2804	-0.5604	0.2019	0.0944	0.0303	0.6293	-0.535	-0.1368	0.8851	-0.2411	0.0393	0.6182	0.029	0.8066	-24.0976	-31.4426	-0.3044
10	3.2985	-0.6377	1.0772	3.4231	-2.6007	6.6943	0.1813	0.2459	-0.8286	-0.2392	-0.0619	0.1063	1.1421	-0.2242	-0.1066	1.0496	-0.2421	-0.0452	0.513	-0.0763	0.7182	-22.5341	-39.1559	-13.9615
11	2.2268	-0.8809	-0.0599	3.4358	0.1546	1.2297	0.0327	0.1066	-0.0113	-0.5388	-0.0607	0.9966	0.2541	-0.5115	0.0326	0.5118	-0.1403	-0.1362	0.5971	-0.0427	0.6453	-27.5235	-2.9006	-16.9847

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 212 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 213 through 466 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 1 through 38 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 39 through 87 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 88 through 135 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 136 through 212 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 213 through 466 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 1 through 87 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 88 through 135 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 136 through 212 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 213 through 466 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)