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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4rc0 | ||||||||||||||||||||
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タイトル | X-ray structure of RNA containing guanosine phosphorodithioate | ||||||||||||||||||||
要素 | 5'-R(*キーワード | RNA (リボ核酸) / phosphorodithioate RNA / guanosine phosphorodithioate / phosphorothioate (チオリン酸) / guanosine analogue / hydrophobic (疎水性) / backbone | 機能・相同性 | リボ核酸 / RNA (> 10) | 機能・相同性情報 生物種 | synthetic construct (人工物) | 手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.13 Å | データ登録者 | Pallan, P.S. / Egli, M. | 引用 | ジャーナル: To be Published | タイトル: Crystal Structure, Stability and siRNA Activity of Phosphorodithioate-Modified RNAs 著者: Pallan, P.S. / Yang, X. / Sierant, M. / Abeydeera, N.D. / Hassell, T. / Martinez, C. / Janicka, M. / Nawrot, B. / Egli, M. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4rc0.cif.gz | 31.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4rc0.ent.gz | 21.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4rc0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rc/4rc0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rc/4rc0 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 3899.534 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Guanosine phosphorodithioate RNA / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.43 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 20 mM sodium cacodylate, 40 mM sodium chloride, 6 mM spermine tetrahydrochloride, 5% v/v MPD, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97857 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月3日 |
放射 | モノクロメーター: diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97857 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.13→50 Å / Num. all: 13579 / Num. obs: 12968 / % possible obs: 95.5 % / Observed criterion σ(I): 5 / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 49.21 |
反射 シェル | 解像度: 1.13→1.17 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.212 / Mean I/σ(I) obs: 4.83 / Num. unique all: 1234 / % possible all: 90.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 2Q1R 解像度: 1.13→50 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.13→50 Å
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拘束条件 |
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