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万見
- PDB-4rbt: PduA K26A S40L mutant, from Salmonella enterica serovar Typhimuri... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4rbt
タイトルPduA K26A S40L mutant, from Salmonella enterica serovar Typhimurium LT2
要素Propanediol utilization protein PduA
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) / Bacterial Microcompartment shell protein
機能・相同性
機能・相同性情報


propanediol degradation polyhedral organelle / propanediol catabolic process
類似検索 - 分子機能
BMC (bacterial microcompartment) domain / CcmK/CsoS1, bacterial microcompartment domain / Bacterial microcompartments protein, conserved site / Bacterial microcompartment (BMC) domain signature. / Bacterial microcompartment (BMC) domain profile. / BMC domain / Bacterial microcompartment domain / CcmK-like superfamily / BMC / Alpha-Beta Plaits ...BMC (bacterial microcompartment) domain / CcmK/CsoS1, bacterial microcompartment domain / Bacterial microcompartments protein, conserved site / Bacterial microcompartment (BMC) domain signature. / Bacterial microcompartment (BMC) domain profile. / BMC domain / Bacterial microcompartment domain / CcmK-like superfamily / BMC / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Bacterial microcompartment shell protein PduA
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Chun, S. / Sawaya, M.R. / Yeates, T.O.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2015
タイトル: Selective molecular transport through the protein shell of a bacterial microcompartment organelle.
著者: Chowdhury, C. / Chun, S. / Pang, A. / Sawaya, M.R. / Sinha, S. / Yeates, T.O. / Bobik, T.A.
履歴
登録2014年9月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年2月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年3月11日Group: Database references
改定 1.22015年3月25日Group: Database references
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Propanediol utilization protein PduA
B: Propanediol utilization protein PduA
C: Propanediol utilization protein PduA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,2994
ポリマ－31,2033
非ポリマー961
水724
1
A: Propanediol utilization protein PduA
B: Propanediol utilization protein PduA
ヘテロ分子

A: Propanediol utilization protein PduA
B: Propanediol utilization protein PduA
ヘテロ分子

A: Propanediol utilization protein PduA
B: Propanediol utilization protein PduA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,6949
ポリマ－62,4066
非ポリマー2883
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
Buried area9250 Å2
ΔGint-112 kcal/mol
Surface area19500 Å2
手法PISA
2
C: Propanediol utilization protein PduA
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,4066
ポリマ－62,4066
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
crystal symmetry operation4_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation5_555y,-x+y,z1
crystal symmetry operation6_555x-y,x,z1
Buried area8980 Å2
ΔGint-79 kcal/mol
Surface area18800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)116.820, 116.820, 64.080
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number177
Space group name H-MP622

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要素

#1: タンパク質 Propanediol utilization protein PduA


分子量: 10401.016 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 2-94 / 変異: K26A, S40L / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
株: LT2 / 遺伝子: PduA, STM2038 / プラスミド: pET22b+ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 CodonPlus(DE3)-RIL / 参照: UniProt: P0A1C7
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.19 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M MES sodium salt pH 6.5, 2.0M Ammonium sulfate, 5% w/v PEG 400, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年4月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→54.134 Å / Num. all: 11772 / Num. obs: 11772 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 50.92 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.102 / Χ2: 0.983 / Net I/σ(I): 15.56
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obsDiffraction-ID% possible all
2.3-2.360.0141.084542801194.2
2.36-2.420.0141.545977831198.7
2.42-2.50.0142.327033814199.6
2.5-2.570.0143.058310789199.7
2.57-2.660.0143.9510601775199.9
2.66-2.750.0145.712065736199.5
2.75-2.850.0147.0511934723199.4
2.85-2.970.0148.0411145690199.3
2.97-3.10.01410.610055666199.1
3.1-3.250.01413.3810594640199.4
3.25-3.430.01417.8110008611199.3
3.43-3.640.01422.999140571199
3.64-3.890.01426.688240552199.1
3.89-4.20.01432.218504512199
4.2-4.60.01439.727676475197.5
4.6-5.140.01442.546503430198.9
5.14-5.940.01439.826317389197.7
5.94-7.270.01440.664962332197.4
7.27-10.290.01452.213989269197.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
BUSTER-TNT精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
BUSTER2.10.0精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3NGK

3ngk


解像度: 2.3→54.134 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9444 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9288 / SU R Cruickshank DPI: 0.319 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2679 1178 10.01 %RANDOM
Rwork0.2289 ---
all0.2328 11771 --
obs0.2328 11771 98.58 %-
原子変位パラメータBiso max: 164.73 Å2 / Biso mean: 80.26 Å2 / Biso min: 39.42 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.2816 Å20 Å20 Å2
2--6.2816 Å20 Å2
3----12.5631 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.624 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→54.134 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1738 0 5 4 1747
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d608SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes31HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes263HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1751HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion254SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact1945SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d1751HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2380HARMONIC21.28
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.74
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.48
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.52 Å / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3006 270 10.02 %
Rwork0.2356 2425 -
all0.242 2695 -
obs--98.58 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.3289-1.56981.05155.864-1.39520.92910.00340.0225-0.92870.04880.18380.29530.093-0.0032-0.1873-0.56430.01850.0262-0.5702-0.00430.607947.293714.641817.0829
26.9110.75590.03947.9966-1.12760.12940.09680.0898-0.03720.17340.040.4591-0.01660.0144-0.1367-0.5310.00580.0726-0.56890.00280.607936.904432.855917.223
36.17210.9497-0.06976.11830.39200.07390.18620.28930.128-0.0854-0.33950.0813-0.06280.0116-0.37340.03780.041-0.38090.02020.582219.15589.62315.1227
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A2 - 90
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B4 - 89
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }C4 - 89

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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