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- PDB-4rbo: Crystal structure of a Nanog homeobox (NANOG) from Homo sapiens a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4rbo
タイトルCrystal structure of a Nanog homeobox (NANOG) from Homo sapiens at 3.30 A resolution
要素
  • 5'-D(*CP*TP*TP*GP*AP*AP*TP*GP*GP*GP*CP*C)-3'
  • 5'-D(*GP*GP*CP*CP*CP*AP*TP*TP*CP*AP*AP*G)-3'
  • Putative homeobox protein NANOGP8ホメオボックス
キーワードDNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / TRANSCRIPTION/DNA / Homeobox (ホメオボックス) / PF00046 family / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Partnership for Stem Cell Biology / STEMCELL (幹細胞) / Protein Structure Initiative / PSI-BIOLOGY / TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / TRANSCRIPTION-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


POU5F1 (OCT4), SOX2, NANOG repress genes related to differentiation / Formation of the anterior neural plate / endodermal cell fate specification / Specification of primordial germ cells / POU5F1 (OCT4), SOX2, NANOG activate genes related to proliferation / Transcriptional regulation of pluripotent stem cells / positive regulation of cell cycle G1/S phase transition / Germ layer formation at gastrulation / stem cell population maintenance / positive regulation of stem cell proliferation ...POU5F1 (OCT4), SOX2, NANOG repress genes related to differentiation / Formation of the anterior neural plate / endodermal cell fate specification / Specification of primordial germ cells / POU5F1 (OCT4), SOX2, NANOG activate genes related to proliferation / Transcriptional regulation of pluripotent stem cells / positive regulation of cell cycle G1/S phase transition / Germ layer formation at gastrulation / stem cell population maintenance / positive regulation of stem cell proliferation / regulation of cell differentiation / somatic stem cell population maintenance / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / sequence-specific double-stranded DNA binding / 遺伝子発現の調節 / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / 細胞分化 / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / intracellular membrane-bounded organelle / クロマチン / positive regulation of cell population proliferation / regulation of DNA-templated transcription / 核小体 / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / 核質 / 細胞核
類似検索 - 分子機能
Homeobox, conserved site / 'Homeobox' domain signature. / ホメオボックス / 'Homeobox' domain profile. / ホメオボックス / Homeobox domain / Homeodomain-like / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / Homeobox protein NANOGP8 / Homeobox protein NANOG
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG) / Partnership for Stem Cell Biology (STEMCELL)
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2015
タイトル: Structure-based discovery of NANOG variant with enhanced properties to promote self-renewal and reprogramming of pluripotent stem cells.
著者: Hayashi, Y. / Caboni, L. / Das, D. / Yumoto, F. / Clayton, T. / Deller, M.C. / Nguyen, P. / Farr, C.L. / Chiu, H.J. / Miller, M.D. / Elsliger, M.A. / Deacon, A.M. / Godzik, A. / Lesley, S.A. ...著者: Hayashi, Y. / Caboni, L. / Das, D. / Yumoto, F. / Clayton, T. / Deller, M.C. / Nguyen, P. / Farr, C.L. / Chiu, H.J. / Miller, M.D. / Elsliger, M.A. / Deacon, A.M. / Godzik, A. / Lesley, S.A. / Tomoda, K. / Conklin, B.R. / Wilson, I.A. / Yamanaka, S. / Fletterick, R.J.
履歴
登録2014年9月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年10月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年4月8日Group: Database references
改定 1.22015年4月29日Group: Database references
改定 1.32017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42023年2月1日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative homeobox protein NANOGP8
B: 5'-D(*GP*GP*CP*CP*CP*AP*TP*TP*CP*AP*AP*G)-3'
C: 5'-D(*CP*TP*TP*GP*AP*AP*TP*GP*GP*GP*CP*C)-3'
D: Putative homeobox protein NANOGP8
E: 5'-D(*GP*GP*CP*CP*CP*AP*TP*TP*CP*AP*AP*G)-3'
F: 5'-D(*CP*TP*TP*GP*AP*AP*TP*GP*GP*GP*CP*C)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,8736
ポリマ－31,8736
非ポリマー00
水0
1
A: Putative homeobox protein NANOGP8
B: 5'-D(*GP*GP*CP*CP*CP*AP*TP*TP*CP*AP*AP*G)-3'
C: 5'-D(*CP*TP*TP*GP*AP*AP*TP*GP*GP*GP*CP*C)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,9373
ポリマ－15,9373
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2370 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area7730 Å2
手法PISA
2
D: Putative homeobox protein NANOGP8
E: 5'-D(*GP*GP*CP*CP*CP*AP*TP*TP*CP*AP*AP*G)-3'
F: 5'-D(*CP*TP*TP*GP*AP*AP*TP*GP*GP*GP*CP*C)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,9373
ポリマ－15,9373
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2290 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area7560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)215.603, 215.603, 42.269
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: タンパク質 Putative homeobox protein NANOGP8 / ホメオボックス


分子量: 8610.933 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 94-162 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NANOGP8, NM_024865 / プラスミド: 46EkTevLIC / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)Star / 参照: UniProt: Q6NSW7, UniProt: Q9H9S0*PLUS
#2: DNA鎖 5'-D(*GP*GP*CP*CP*CP*AP*TP*TP*CP*AP*AP*G)-3'


分子量: 3647.393 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#3: DNA鎖 5'-D(*CP*TP*TP*GP*AP*AP*TP*GP*GP*GP*CP*C)-3'


分子量: 3678.403 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
配列の詳細THIS CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH AN N-TERMINAL PURIFICATION TAG MAHHHHHHVDDDDKMSENLYFQ. THE TAG ...THIS CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH AN N-TERMINAL PURIFICATION TAG MAHHHHHHVDDDDKMSENLYFQ. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY RESIDUES 94-162 OF THE TARGET SEQUENCE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.35 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.66
詳細: 0.200M calcium acetate, 12.00% 2-propanol, 0.1M sodium cacodylate pH 5.66, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 1
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年2月22日
詳細: Flat mirror (vertical focusing); single crystal Si(111) bent monochromator (horizontal focusing)
放射モノクロメーター: single crystal Si(111) bent / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→29.899 Å / Num. all: 8834 / Num. obs: 8834 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 3.4 % / Rsym value: 0.083 / Net I/σ(I): 9.4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
3.3-3.393.20.55219396020.55294.3
3.39-3.483.60.42622756390.42697.2
3.48-3.583.60.48921966130.48998.6
3.58-3.693.70.35321615820.35399.1
3.69-3.813.80.26821195650.26896
3.81-3.943.60.27519075370.27596.1
3.94-4.093.30.22216564960.22293.2
4.09-4.263.20.13717615420.13798.7
4.26-4.453.60.14218365040.142100
4.45-4.673.50.11217715050.11299.6
4.67-4.923.30.10815404670.10899.7
4.92-5.223.50.07715654440.07797
5.22-5.583.30.06312063710.06391.5
5.58-6.033.50.06914164090.06999.3
6.03-6.63.60.07212883610.07299.4
6.6-7.383.50.05511773350.05597.5
7.38-8.522.90.0418192830.04191.1
8.52-10.443.10.048202620.0499.1
10.44-14.763.10.0376492100.03798.7
14.76-29.8992.80.023011070.0282.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MolProbity3beta29モデル構築
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
PHASER2.3.0位相決定
SCALA3.3.20データスケーリング
PHENIX(phenix.refine:精密化
MOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.3→29.899 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.48 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.15 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS 2. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2682 417 4.73 %
Rwork0.2349 --
obs0.2365 8823 96.07 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 325.04 Å2 / Biso mean: 188.3153 Å2 / Biso min: 76.41 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→29.899 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数932 972 0 0 1904
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0032036
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7782938
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.036325
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002207
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d23.088830
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 3 / % reflection obs: 96 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
3.3003-3.77710.31111530.280427032856
3.7771-4.75560.29351370.267627632900
4.7556-29.90.23931270.207929403067
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.39140.7958-1.60960.6299-1.3963.4839-0.32750.36940.4547-0.62810.22150.11441.5177-0.5774-0.00820.94850.1095-0.22821.27230.01351.042121.2803110.51446.7518
21.46470.9129-2.45380.2148-1.56563.4663-0.55460.61710.5751-0.11870.37360.4921-1.07880.2675-0.00050.7894-0.1378-0.21920.97740.10461.1227124.8855123.225840.6024
31.91681.1172-2.96010.0404-1.84934.03480.0137-1.51230.5008-0.81170.57760.4078-1.40290.29910.25631.4261-0.1448-0.41130.72210.03851.4195124.6114123.196839.023
42.55780.6461.473.07811.61770.5826-1.51640.19080.2798-0.75821.054-0.49851.4063-0.3094-0.00112.0677-0.11770.03191.61450.06030.979122.044499.800725.7571
51.2662-1.4691.21161.332-0.88240.3969-1.2382-0.3223-1.61230.55530.46350.97731.69060.80960.00011.64530.28920.09751.3955-0.04751.7822123.000585.802931.0926
60.3115-0.52270.29610.0014-0.1807-0.0503-0.4334-1.0354-1.85120.1070.5401-0.84080.96980.8207-0.00122.7525-0.12150.48761.90180.24742.0894123.215986.031132.8668
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 100 through 154)A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 1 through 12)B0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'C' and (resid 1 through 12)C0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'D' and (resid 100 through 153)D0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'E' and (resid 1 through 12)E0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'F' and (resid 1 through 12)F0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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