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万見
- PDB-4r7z: PfMCM-AAA double-octamer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4r7z
タイトルPfMCM-AAA double-octamer
要素Cell division control protein 21
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / AAA+ / MCM / helicase (ヘリカーゼ) / ATPase (ATPアーゼ) / DNA replication (DNA複製)
機能・相同性
機能・相同性情報


single-stranded 3'-5' DNA helicase activity / MCM complex / intein-mediated protein splicing / double-strand break repair via break-induced replication / DNA unwinding involved in DNA replication / single-stranded DNA binding / endonuclease activity / ヘリカーゼ / 細胞分裂 / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Intein splicing domain / Intein / Intein DOD homing endonuclease / Intein DOD-type homing endonuclease domain profile. / Intein C-terminal splicing region / Intein C-terminal splicing motif profile. / Hint domain C-terminal / Hint (Hedgehog/Intein) domain C-terminal region / MCM N-terminal domain / MCM N-terminal domain ...Intein splicing domain / Intein / Intein DOD homing endonuclease / Intein DOD-type homing endonuclease domain profile. / Intein C-terminal splicing region / Intein C-terminal splicing motif profile. / Hint domain C-terminal / Hint (Hedgehog/Intein) domain C-terminal region / MCM N-terminal domain / MCM N-terminal domain / Intein N-terminal splicing region / Intein N-terminal splicing motif profile. / MCM OB domain / MCM OB domain / Mini-chromosome maintenance protein / MCM, AAA-lid domain / MCM P-loop domain / MCM AAA-lid domain / MCM family domain profile. / minichromosome maintenance proteins / MCM domain / Hint domain N-terminal / Hint (Hedgehog/Intein) domain N-terminal region / Hint domain superfamily / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Nucleic acid-binding, OB-fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ヘリカーゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus furiosus (ピュロコックス・フリオスス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Miller, J.M. / Arachea, B.T. / Epling, L.B. / Enemark, E.J.
引用ジャーナル: Elife / 年: 2014
タイトル: Analysis of the crystal structure of an active MCM hexamer.
著者: Miller, J.M. / Arachea, B.T. / Epling, L.B. / Enemark, E.J.
履歴
登録2014年8月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年10月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年10月15日Group: Database references
改定 1.22014年11月12日Group: Database references
改定 1.32014年11月19日Group: Database references
改定 1.42017年8月2日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.52023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cell division control protein 21
B: Cell division control protein 21
C: Cell division control protein 21
D: Cell division control protein 21
E: Cell division control protein 21
F: Cell division control protein 21
G: Cell division control protein 21
H: Cell division control protein 21
I: Cell division control protein 21
J: Cell division control protein 21
K: Cell division control protein 21
L: Cell division control protein 21
M: Cell division control protein 21
N: Cell division control protein 21
O: Cell division control protein 21
P: Cell division control protein 21
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)602,19048
ポリマ－594,96616
非ポリマー7,22432
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)124.956, 127.082, 128.025
Angle α, β, γ (deg.)71.85, 72.82, 80.39
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(0.8904, -0.1012, 0.4438), (0.3355, 0.8047, -0.4897), (-0.3076, 0.5849, 0.7505)-2.6787, -1.4274, -0.3107
3given(0.5642, 0.0966, 0.82), (0.7617, 0.3223, -0.5621), (-0.3185, 0.9417, 0.1082)-1.2184, -2.6937, -1.4272
4given(0.1983, 0.5139, 0.8347), (0.9801, -0.1112, -0.1643), (0.0084, 0.8506, -0.5257)-0.6017, -1.175, -3.0426
5given(0.0594, 0.8491, 0.5249), (0.8646, -0.3066, 0.398), (0.4988, 0.4302, -0.7524)0.036, -2.105, -0.3409
6given(0.172, 0.985, -0.0125), (0.5203, -0.0801, 0.8502), (0.8365, -0.1527, -0.5263)-1.9193, -1.6436, -1.6245
7given(0.4854, 0.7946, -0.3648), (0.0643, 0.3837, 0.9212), (0.872, -0.4706, 0.1352)-1.1845, -0.2126, 1.3924
8given(0.8474, 0.3571, -0.3929), (-0.085, 0.8217, 0.5635), (0.5241, -0.4441, 0.7267)-2.6752, -0.164, -1.075
9given(-0.3154, -0.3482, -0.8828), (-0.2879, -0.8513, 0.4386), (-0.9042, 0.3925, 0.1683)-0.1324, 3.9814, -0.6047
10given(-0.0949, -0.7072, -0.7006), (-0.6785, -0.4691, 0.5654), (-0.7285, 0.529, -0.4353)-0.2673, 1.9515, 3.7513
11given(-0.0732, -0.9779, -0.196), (-0.9527, 0.0105, 0.3036), (-0.2948, 0.2089, -0.9324)1.2934, 3.0541, 1.1895
12given(-0.3599, -0.9038, 0.2315), (-0.9095, 0.2846, -0.3031), (0.2081, -0.3197, -0.9244)0.1219, 0.0744, 0.7814
13given(-0.7202, -0.5498, 0.4232), (-0.577, 0.1359, -0.8053), (0.3852, -0.8242, -0.4151)1.9536, -0.4716, 0.9467
14given(-0.9738, -0.1136, 0.1971), (-0.1569, -0.2916, -0.9436), (0.1646, -0.9498, 0.2662)2.1176, -0.4055, 2.3189
15given(-0.9708, 0.1186, -0.2086), (0.0442, -0.7661, -0.6412), (-0.2359, -0.6317, 0.7384)5.1907, 1.5451, 2.5933
16given(-0.7066, 0.0207, -0.7073), (0.0483, -0.9958, -0.0774), (-0.7059, -0.0888, 0.7027)1.3612, 2.0459, 1.1107

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要素

#1: タンパク質
Cell division control protein 21


分子量: 37185.352 Da / 分子数: 16 / 断片: AAA+ domain of PfMCM (UNP 263-361/729-966) / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Constructed as Sumo fusion (Mossessova and Lima, 2000)
由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (ピュロコックス・フリオスス)
株: ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1 / 遺伝子: MCM, PF0482 / プラスミド: pRSF-duet / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-RIPL / 参照: UniProt: Q8U3I4
#2: 化合物
ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / アデノシン二リン酸


分子量: 427.201 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
配列の詳細The UNK region in the sequence is due to unknown registration. The missing sequence is ...The UNK region in the sequence is due to unknown registration. The missing sequence is GKSSSAAGLTAAAVRDEFTGGWVLEAGALVLAD

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.21 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 6 mg/mL PfMCM-AAA; 5 mM ADP; 50 mM MgCl2; 18 mM Hepes, pH 7.6; 180 mM NaCl; 4.5 mM 2-mercaptoethanol mixed 1:1 with 50 mM sodium cacodylate, pH 6.0; 50 mM magnesium acetate; 30% MPD; 5% ...詳細: 6 mg/mL PfMCM-AAA; 5 mM ADP; 50 mM MgCl2; 18 mM Hepes, pH 7.6; 180 mM NaCl; 4.5 mM 2-mercaptoethanol mixed 1:1 with 50 mM sodium cacodylate, pH 6.0; 50 mM magnesium acetate; 30% MPD; 5% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月8日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.8→50 Å / Num. all: 70730 / Num. obs: 69970 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.3 % / Rsym value: 0.169 / Net I/σ(I): 8.3
反射 シェル解像度: 3.8→3.94 Å / 冗長度: 2.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.41 / Num. unique all: 7090 / Rsym value: 0.429 / % possible all: 97

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
CNS1.3精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: placement of 16 copies of the ATPase domain of 4FDG (Slaymaker et al., 2013)

4fdg


解像度: 3.8→48.37 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 4895965.68 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: BULK SOLVENT MODEL USED. Strict NCS was used using the matrices provided and only chain A coordinates
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.314 3486 5 %RANDOM
Rwork0.301 ---
obs0.301 69126 98.4 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 50.0837 Å2 / ksol: 0.3 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 91.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.03 Å2-1.51 Å21.66 Å2
2--0.42 Å24.45 Å2
3----5.45 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.66 Å0.62 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.69 Å0.78 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.8→48.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数38848 0 448 0 39296
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.07
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it15.811.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it24.542
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it24.762
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it32.82.5
Refine LS restraints NCSNCS model details: CONSTR
LS精密化 シェル解像度: 3.8→3.94 Å / Rfactor Rfree error: 0.019 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.368 357 5.4 %
Rwork0.367 6206 -
obs-6206 93.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.paramdna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION5carbohydrate.paramcarbohydrate.top
X-RAY DIFFRACTION6adp.paramadp.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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