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- PDB-4qur: Crystal Structure of stachydrine demethylase in complex with cyan... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4qur
タイトルCrystal Structure of stachydrine demethylase in complex with cyanide, oxygen, and N-methyl proline in a new orientation
要素monoxygenase; demethylase酸素添加酵素
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / composite datasets / photoelectron (光電効果) / enzyme-catalyzed reactions / cyanide (シアン化物) / synchrotron (シンクロトロン) / Rieske type monoxygenase
機能・相同性
機能・相同性情報


dioxygenase activity / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / iron ion binding
類似検索 - 分子機能
Aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase, alpha subunit / Aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase, alpha subunit, C-terminal domain / Ring hydroxylating alpha subunit (catalytic domain) / Aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase, 2Fe-2S-binding site / Bacterial ring hydroxylating dioxygenases alpha-subunit signature. / Naphthalene 1,2-dioxygenase Alpha Subunit; Chain A, domain 1 / Naphthalene 1,2-dioxygenase Alpha Subunit; Chain A, domain 1 / Rieske Iron-sulfur Protein / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / 3-layer Sandwich ...Aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase, alpha subunit / Aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase, alpha subunit, C-terminal domain / Ring hydroxylating alpha subunit (catalytic domain) / Aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase, 2Fe-2S-binding site / Bacterial ring hydroxylating dioxygenases alpha-subunit signature. / Naphthalene 1,2-dioxygenase Alpha Subunit; Chain A, domain 1 / Naphthalene 1,2-dioxygenase Alpha Subunit; Chain A, domain 1 / Rieske Iron-sulfur Protein / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / 3-layer Sandwich / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Rieske [2Fe-2S] domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulfur domain profile. / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1-methyl-L-proline / シアン化物 / : / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / COBALT HEXAMMINE(III) / OXYGEN MOLECULE / Ring-hydroxylating dioxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Sinorhizobium meliloti 1021 (根粒菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.759 Å
データ登録者Agarwal, R. / Andi, B. / Gizzi, A. / Bonanno, J.B. / Almo, S.C. / Orville, A.M.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Tracking photoelectron induced in-crystallo enzyme catalysis
著者: Agarwal, R. / Andi, B. / Gizzi, A. / Bonanno, J.B. / Almo, S.C. / Orville, A.M.
履歴
登録2014年7月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年10月14日Group: Non-polymer description
改定 1.22016年3月9日Group: Structure summary
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: monoxygenase; demethylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,8178
ポリマ－49,1151
非ポリマー7027
水4,594255
1
A: monoxygenase; demethylase
ヘテロ分子

A: monoxygenase; demethylase
ヘテロ分子

A: monoxygenase; demethylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)149,45224
ポリマ－147,3463
非ポリマー2,10621
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_785-y+2,x-y+3,z1
crystal symmetry operation3_475-x+y-1,-x+2,z1
Buried area12770 Å2
ΔGint-131 kcal/mol
Surface area43230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.065, 98.065, 178.654
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Space group name H-MP6322
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-504-

NCO

21A-504-

NCO

31A-504-

NCO

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 monoxygenase; demethylase / 酸素添加酵素 / Stachydrine demethylase


分子量: 49115.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sinorhizobium meliloti 1021 (根粒菌)
遺伝子: SMa0751 / プラスミド: pSGC / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q92ZP9, 酸化還元酵素

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非ポリマー , 8種, 262分子

#2: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター


分子量: 175.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#3: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION / 鉄


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#4: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム / トリスヒドロキシメチルアミノメタン


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-NCO / COBALT HEXAMMINE(III)


分子量: 161.116 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CoH18N6
#6: 化合物 ChemComp-3BY / 1-methyl-L-proline / N-メチル-L-プロリン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 129.157 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H11NO2
#7: 化合物 ChemComp-OXY / OXYGEN MOLECULE / ペルオキシド / 酸素


分子量: 31.999 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: O2
#8: 化合物 ChemComp-CYN / CYANIDE ION / シアニド / シアン化物


分子量: 26.017 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CN
#9: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 255 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.28 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 5% PEG3350, 10% glycerol, 100 mM HEPES, 25 mM hexamminecobalt chloride, 100 mM stachydrine, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X26C / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年8月8日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.759→50 Å / Num. all: 51099 / Num. obs: 51099 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 42.1 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 8.4
反射 シェル解像度: 1.759→1.83 Å / 冗長度: 36.7 % / Rmerge(I) obs: 0.67 / Mean I/σ(I) obs: 5 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine: dev_1423)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3VCA

3vca


解像度: 1.759→34.574 Å / SU ML: 0.19 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.58 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2279 2580 5.07 %
Rwork0.2033 --
obs0.2046 50842 99.57 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.759→34.574 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3273 0 33 255 3561
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0123394
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3414628
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.9781224
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.083497
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007598
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.759-1.79330.23811440.23162613X-RAY DIFFRACTION100
1.7933-1.82990.2891250.22882657X-RAY DIFFRACTION100
1.8299-1.86970.23891220.23252672X-RAY DIFFRACTION100
1.8697-1.91320.30361450.25262594X-RAY DIFFRACTION99
1.9132-1.9610.29491300.24232653X-RAY DIFFRACTION99
1.961-2.0140.20971640.21632607X-RAY DIFFRACTION100
2.014-2.07330.27241580.21542654X-RAY DIFFRACTION100
2.0733-2.14020.26691560.22172634X-RAY DIFFRACTION100
2.1402-2.21670.29251310.22042660X-RAY DIFFRACTION100
2.2167-2.30540.26751290.23832560X-RAY DIFFRACTION96
2.3054-2.41030.27611300.21662676X-RAY DIFFRACTION100
2.4103-2.53740.23031430.21742696X-RAY DIFFRACTION100
2.5374-2.69630.26421690.2152659X-RAY DIFFRACTION100
2.6963-2.90440.23891270.21152724X-RAY DIFFRACTION100
2.9044-3.19640.23291490.21262717X-RAY DIFFRACTION100
3.1964-3.65850.22431420.1912735X-RAY DIFFRACTION100
3.6585-4.60760.16721630.16832768X-RAY DIFFRACTION100
4.6076-34.58070.2011530.1862983X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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