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万見
- PDB-4qrd: Structure of Methionyl-tRNA Synthetase in complex with N-(1H-benz... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4qrd
タイトルStructure of Methionyl-tRNA Synthetase in complex with N-(1H-benzimidazol-2-ylmethyl)-N'-(2,4-dichlorophenyl)-6-(morpholin-4-yl)-1,3,5-triazine-2,4-diamine
要素Methionyl-tRNA synthetaseメチオニンtRNAリガーゼ
キーワードLIGASE/LIGASE INHIBITOR / protein synthesis (タンパク質生合成) / aminoacyl-tRNA synthetase (アミノアシルtRNA合成酵素) / aminoacylation / cytosol (細胞質基質) / LIGASE-LIGASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Methionyl-trna Synthetase; domain 2 / Methionyl-trna Synthetase; domain 2 - #10 / Isoleucyl-tRNA Synthetase; Domain 1 / Isoleucyl-tRNA Synthetase; Domain 1 / HUPs / Beta Complex / ロスマンフォールド / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta ...Methionyl-trna Synthetase; domain 2 / Methionyl-trna Synthetase; domain 2 - #10 / Isoleucyl-tRNA Synthetase; Domain 1 / Isoleucyl-tRNA Synthetase; Domain 1 / HUPs / Beta Complex / ロスマンフォールド / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.97 Å
データ登録者Li, X. / Hilgers, M.T. / Stidham, M. / Brown-Driver, V. / Shaw, K.J. / Finn, J.
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Discovery and SAR of a Novel Series of Pyrimidine Antibacterials Targeting Methionyl-tRNA Synthetase
著者: Li, X. / Hilgers, M.T. / Stidham, M. / Brown-Driver, V. / Shaw, K.J. / Finn, J.
履歴
登録2014年6月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年7月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Methionyl-tRNA synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,6133
ポリマ－63,1171
非ポリマー4962
水4,738263
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.438, 76.726, 118.222
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Methionyl-tRNA synthetase / メチオニンtRNAリガーゼ


分子量: 63117.238 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: metG, CH52_03385 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: W8U1H8, メチオニンtRNAリガーゼ
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-3BJ / N-(1H-benzimidazol-2-ylmethyl)-N'-(2,4-dichlorophenyl)-6-(morpholin-4-yl)-1,3,5-triazine-2,4-diamine


分子量: 471.343 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H20Cl2N8O
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 263 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.17 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.9
詳細: PEG 3350, Tris pH 7.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年7月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.97→21.25 Å / Num. all: 28282 / % possible obs: 69.04 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル
解像度 (Å)Diffraction-ID% possible all
1.97-2.06169.8
2.07-2.18171.3
2.19-2.33171.8
2.34-2.52172.6
2.53-2.76173
2.77-3.1172.3

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 0.356 / Cor.coef. Fo:Fc: 0.666
最高解像度最低解像度
Rotation3 Å21.46 Å
Translation3 Å21.46 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP5位相決定
REFMAC5.2.0005精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
MAR345dtbデータ収集
MOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.97→21.25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.889 / WRfactor Rfree: 0.2596 / WRfactor Rwork: 0.1911 / FOM work R set: 0.7849 / SU B: 11.127 / SU ML: 0.161 / SU R Cruickshank DPI: 0.3337 / SU Rfree: 0.2612 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 2 / ESU R: 0.326 / ESU R Free: 0.263 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2829 1426 5 %RANDOM
Rwork0.2007 ---
all0.205 28282 --
obs0.205 28282 69.04 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 54.89 Å2 / Biso mean: 25.556 Å2 / Biso min: 7.74 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.13 Å20 Å20 Å2
2---0.21 Å20 Å2
3---0.09 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.97→21.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4220 0 33 263 4516
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0224373
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8811.9655939
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8745520
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.36124.67212
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.40415744
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.4931518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1280.2633
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.023357
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2260.22152
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3120.22912
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2140.2243
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0230.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3180.263
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.6880.222
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7731.52697
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.22424214
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.82232005
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.3814.51724
LS精密化 シェル解像度: 1.97→2.019 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.397 94 -
Rwork0.282 1758 -
all-1852 -
obs--62.21 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.33340.6339-0.25480.5241-0.0720.2662-0.01070.0771-0.1053-0.0811-0.00620.0275-0.051-0.02480.01690.02980.0218-0.0165-0.2072-0.0120.047511.197-12.395-26.486
21.1133-1.0034-1.07372.38892.56194.203-0.0438-0.2508-0.25850.1324-0.06090.06720.3101-0.11220.1047-0.0006-0.017-0.0191-0.12020.04350.01094.613-13.212-5.346
31.6083-0.31620.77091.2922-1.69292.3009-0.10580.01190.04070.0306-0.04480.0505-0.16540.14770.15060.01940.0384-0.005-0.2140.00880.0311-9.7371.461-14.746
42.1321-4.084-0.809311.38262.10690.92830.3194-0.0271-0.0294-0.2391-0.39470.0537-0.0035-0.09460.07530.00370.0151-0.0257-0.1199-0.002-0.0411-14.51512.122-22.834
58.57071.3863-4.40842.0576-1.986.01630.3274-0.18450.280.2313-0.1246-0.1141-0.53450.2331-0.20280.1092-0.0753-0.0162-0.2539-0.0189-0.035815.3637.295-6.504
61.0151-0.2365-0.67860.11010.39361.4620.0777-0.15030.0665-0.0530.00890.0509-0.2573-0.1575-0.08670.05750.01-0.0093-0.22690.0068-0.0011.1960.026-12.051
71.00810.1766-0.12370.38030.14161.45120.0983-0.1499-0.05490.0131-0.01190.0172-0.1710.0879-0.08640.00660.0131-0.0126-0.180.01380.013113.223-5.281-13.989
858.3033-9.135419.41934.9497-5.6678.42540.1218-0.4314-0.5411-0.59860.00290.28450.5744-0.5348-0.12460.0155-0.0135-0.09220.0146-0.00250.01362.5422.549-40.018
90.80670.0879-0.43880.1661-0.31090.7985-0.01220.086-0.01190.01090.0188-0.00010.03410.0232-0.00660.05620.0053-0.0226-0.1878-0.0246-0.000935.16-0.891-44.574
103.31630.38250.74581.0898-1.49443.35460.00460.0105-0.3349-0.1234-0.0602-0.13860.3354-0.03760.05550.0550.06670.0266-0.2668-0.0445-0.001839.455-12.134-41.875
112.3736-1.00182.51361.2676-2.27294.4007-0.04990.0307-0.1212-0.14440.04260.0883-0.03320.06760.00720.03380.00830.0249-0.1423-0.0048-0.0365-9.6010.076-9.075
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 97
2X-RAY DIFFRACTION2A98 - 117
3X-RAY DIFFRACTION3A118 - 136
4X-RAY DIFFRACTION4A137 - 161
5X-RAY DIFFRACTION5A174 - 192
6X-RAY DIFFRACTION6A193 - 234
7X-RAY DIFFRACTION7A235 - 302
8X-RAY DIFFRACTION8A303 - 317
9X-RAY DIFFRACTION9A318 - 475
10X-RAY DIFFRACTION10A476 - 520
11X-RAY DIFFRACTION11A162 - 173

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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