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- PDB-4qqz: Crystal structure of T. fusca Cas3-AMPPNP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4qqz
タイトルCrystal structure of T. fusca Cas3-AMPPNP
要素
  • CRISPR-associated helicase, Cas3 family
  • DNA (5'-D(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
キーワードHydrolase/DNA / Hydrolase (加水分解酵素) / Helicase (ヘリカーゼ) / Hydrolase-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


helicase activity / defense response to virus / hydrolase activity / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Hypothetical protein af1432 - #30 / Cas3, C-terminal / Cas3 C-terminal domain / Helicase Cas3, CRISPR-associated, core / CRISPR-associated Cas3-type HD domain / CRISPR-associated Cas3-type HD domain superfamily / Cas3, HD domain / HD Cas3-type domain profile. / Hypothetical protein af1432 / Helicase conserved C-terminal domain ...Hypothetical protein af1432 - #30 / Cas3, C-terminal / Cas3 C-terminal domain / Helicase Cas3, CRISPR-associated, core / CRISPR-associated Cas3-type HD domain / CRISPR-associated Cas3-type HD domain superfamily / Cas3, HD domain / HD Cas3-type domain profile. / Hypothetical protein af1432 / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Helicase, C-terminal / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / : / デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / CRISPR-associated helicase, Cas3 family
類似検索 - 構成要素
生物種Thermobifida fusca (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.93 Å
データ登録者Ke, A. / Huo, Y. / Nam, K.H.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2014
タイトル: Structures of CRISPR Cas3 offer mechanistic insights into Cascade-activated DNA unwinding and degradation.
著者: Huo, Y. / Nam, K.H. / Ding, F. / Lee, H. / Wu, L. / Xiao, Y. / Farchione, M.D. / Zhou, S. / Rajashankar, K. / Kurinov, I. / Zhang, R. / Ke, A.
履歴
登録2014年6月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年8月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年9月24日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CRISPR-associated helicase, Cas3 family
B: DNA (5'-D(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
C: CRISPR-associated helicase, Cas3 family
D: DNA (5'-D(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
E: CRISPR-associated helicase, Cas3 family
F: DNA (5'-D(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
G: CRISPR-associated helicase, Cas3 family
H: DNA (5'-D(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)442,16820
ポリマ－439,6978
非ポリマー2,47212
水0
1
A: CRISPR-associated helicase, Cas3 family
B: DNA (5'-D(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,5425
ポリマ－109,9242
非ポリマー6183
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: CRISPR-associated helicase, Cas3 family
D: DNA (5'-D(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,5425
ポリマ－109,9242
非ポリマー6183
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: CRISPR-associated helicase, Cas3 family
F: DNA (5'-D(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,5425
ポリマ－109,9242
非ポリマー6183
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
G: CRISPR-associated helicase, Cas3 family
H: DNA (5'-D(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,5425
ポリマ－109,9242
非ポリマー6183
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
A: CRISPR-associated helicase, Cas3 family
B: DNA (5'-D(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
C: CRISPR-associated helicase, Cas3 family
D: DNA (5'-D(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)221,08410
ポリマ－219,8484
非ポリマー1,2366
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11450 Å2
ΔGint-98 kcal/mol
Surface area72160 Å2
手法PISA
6
E: CRISPR-associated helicase, Cas3 family
F: DNA (5'-D(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
G: CRISPR-associated helicase, Cas3 family
H: DNA (5'-D(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)221,08410
ポリマ－219,8484
非ポリマー1,2366
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11180 Å2
ΔGint-93 kcal/mol
Surface area71460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.917, 222.064, 124.898
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.29, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
CRISPR-associated helicase, Cas3 family


分子量: 106210.609 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermobifida fusca (バクテリア) / 株: YX / 遺伝子: Tfu_1593 / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)star / 参照: UniProt: Q47PJ0
#2: DNA鎖
DNA (5'-D(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')


分子量: 3713.524 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
#3: 化合物
ChemComp-FE / FE (III) ION / 鉄


分子量: 55.845 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#4: 化合物
ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.7 %
結晶化温度: 294 K / pH: 6.5
詳細: 100 mM MES, pH 6.5, and 5% 10% (w/v) PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294.0K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源
由来サイトビームラインID
シンクロトロンAPS 24-ID-C1
シンクロトロンCHESS A12
検出器
タイプID検出器
ADSC QUANTUM 3151CCD
ADSC QUANTUM 2102CCD
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SI 111 CHANNELSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2x-ray1
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.93→50 Å / Num. obs: 97476 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 9.4
反射 シェル解像度: 2.93→3.08 Å / Rmerge(I) obs: 0.39 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.8.2_1309精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化解像度: 2.93→50.11 Å / SU ML: 0.42 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.79 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.234 1435 1.47 %
Rwork0.182 --
obs0.183 97476 99.3 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 46.95 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.93→50.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数27931 788 132 0 28851
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01529681
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4140695
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.19110856
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0814562
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0065125

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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