PDB-4qpm: Structure of Bub1 kinase domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4qpm

タイトル

Structure of Bub1 kinase domain

要素

Mitotic checkpoint serine/threonine-protein kinase BUB1

キーワード

TRANSFERASE (転移酵素)

機能・相同性

機能・相同性情報

histone H2A kinase activity / positive regulation of maintenance of mitotic sister chromatid cohesion, centromeric / regulation of sister chromatid cohesion /

regulation of chromosome segregation / meiotic sister chromatid cohesion, centromeric / outer kinetochore / mitotic spindle assembly checkpoint signaling / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.202 Å

データ登録者

Lin, Z.H. / Jia, L.Y. / Tomchick, D.R. / Luo, X.L. / Yu, H.T.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2014
タイトル: Substrate-Specific Activation of the Mitotic Kinase Bub1 through Intramolecular Autophosphorylation and Kinetochore Targeting.
著者: Lin, Z. / Jia, L. / Tomchick, D.R. / Luo, X. / Yu, H.

履歴

登録	2014年6月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年10月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年12月24日	Group: Database references

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4qpm.cif.gz	398.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4qpm.ent.gz	345.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4qpm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qp/4qpm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qp/4qpm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4r8q-d 3lee-1 5dmz-1 5dmz-2 5d7a-1 6f7b-d 3ht5-d 6jkm-d 5wno-d 6dts-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#205 - 2017年1月核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex) 類似性 (5) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1) #43 - 2003年7月 Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Mitotic checkpoint serine/threonine-protein kinase BUB1

B: Mitotic checkpoint serine/threonine-protein kinase BUB1

ヘテロ分子

83.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Mitotic checkpoint serine/threonine-protein kinase BUB1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
41.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Mitotic checkpoint serine/threonine-protein kinase BUB1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
41.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	90.013, 47.180, 93.146
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 107.40, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Mitotic checkpoint serine/threonine-protein kinase BUB1 / hBUB1 / BUB1A 分子量: 41127.668 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 749-1094 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BUB1, BUB1L 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: O43683, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / アデノシン二リン酸分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 228 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.39 %
結晶化	温度: 293 K / pH: 7 詳細: 20% PEG3350, 1% Tryptone, 10 mM DTT, 0.1 M HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 37658

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-3000		データ収集
PHASES		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.3_1479)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.202→36.882 Å / SU ML: 0.32 / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 29.25 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2685	1884	5.01 %
R_work	0.2293	-	-
obs	0.2313	37581	98.14 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.202→36.882 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5356	0	61	228	5645

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	5600
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.747	7542
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.333	2083
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.028	807
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	939

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2024-2.2619	0.3254	130	0.2641	2430	X-RAY DIFFRACTION	87
2.2619-2.3285	0.2941	134	0.2561	2567	X-RAY DIFFRACTION	93
2.3285-2.4036	0.3407	163	0.2469	2673	X-RAY DIFFRACTION	97
2.4036-2.4895	0.3326	131	0.2571	2777	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4895-2.5892	0.2972	137	0.2534	2782	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5892-2.707	0.3043	149	0.2508	2753	X-RAY DIFFRACTION	100
2.707-2.8496	0.2716	135	0.2546	2788	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8496-3.0281	0.274	151	0.2527	2786	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0281-3.2618	0.3057	151	0.24	2798	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2618-3.5898	0.2724	142	0.2277	2825	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5898-4.1086	0.2534	155	0.205	2783	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1086-5.1742	0.2233	169	0.1964	2820	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1742-36.8867	0.239	137	0.2266	2915	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7577	-0.3139	-0.8171	0.2767	0.5447	0.9722	-0.1477	-0.5478	0.0189	0.2417	0.0005	0.0204	-0.1562	-0.0115	-0.023	0.3702	-0.0265	-0.0658	0.2755	0.0261	0.3009	4.8218	5.5561	51.9812
2	0.041	0.122	0.0102	0.4024	0.1041	1.6455	-0.1843	0.1537	0.5218	-0.0494	-0.0162	-0.0879	-1.0512	0.1794	-0.3518	0.4734	-0.1583	-0.0693	0.2826	0.1311	0.4329	10.2319	17.6453	37.7528
3	0.6147	0.2111	0.2883	0.2462	0.3632	0.9205	-0.0843	0.0676	0.0178	-0.0716	-0.0635	-0.0451	0.0633	0.2182	0	0.2283	0.0306	-0.0101	0.2462	0.0425	0.2294	4.1397	1.4238	32.9826
4	0.389	0.0026	0.3377	0.1319	0.0096	0.2341	0.1515	0.0918	-0.032	0.0916	-0.0398	0.1217	-0.275	-0.1458	0	0.2728	0.0217	0.0383	0.2584	0.0506	0.2887	-3.7488	-4.9836	40.8907
5	0.4196	-0.1686	0.0649	0.0731	-0.0518	0.1294	0.0416	-0.0504	-0.2576	0.0229	-0.0787	-0.0212	-0.1098	-0.1293	0	0.2886	-0.0179	0.0253	0.3056	0.0502	0.3257	-11.0506	-7.9021	33.8999
6	0.1318	-0.1038	0.0679	0.2418	-0.263	0.2073	0.0838	0.0167	0.0073	0.165	0.0346	-0.1617	-0.0347	-0.3233	0.0001	0.3679	-0.0669	-0.0661	0.4596	-0.0233	0.3183	-18.0386	-7.4168	22.5911
7	0.9549	-0.0694	0.1944	0.7353	0.5378	1.8696	0.0418	0.1004	-0.3922	-0.0529	-0.0156	-0.204	0.5323	-0.1857	0.1738	0.3299	0.0252	0.017	0.2139	-0.0235	0.3449	-4.8118	-15.1966	22.328
8	0.8587	-0.4328	0.3635	0.7907	0.0614	0.295	0.1428	0.2781	-0.1191	-0.1788	-0.2953	-0.1454	-0.1268	0.1908	-0.0106	0.3837	-0.0981	0.0745	0.4064	0.0793	0.3002	4.9152	8.2572	14.2957
9	0.2259	-0.1658	0.1268	0.3354	-0.028	0.1088	0.0835	-0.0567	0.2008	0.1497	0.2228	-0.4599	-0.0773	-0.0387	0.017	0.2781	-0.0709	-0.0001	0.3367	-0.0353	0.3318	47.526	21.1727	19.8801
10	2.0099	-0.7158	0.1526	0.4068	-0.5904	2.1241	0.4247	0.2005	-0.9542	0.0233	0.005	-0.0795	1.3417	-0.5138	0.5921	0.6619	-0.1523	-0.1656	0.0592	0.0375	0.4613	34.8243	1.7829	19.9008
11	0.8101	-0.0563	0.5456	0.3704	-0.0441	1.0919	0.1416	-0.376	0.1192	0.2012	-0.091	0.0469	0.0699	-0.308	0.0003	0.2732	-0.0493	0.0023	0.2853	-0.0307	0.2137	28.0415	18.18	13.9953
12	0.2327	0.1226	0.1338	0.4549	-0.2774	0.3872	0.2251	-0.218	-0.1249	0.1594	-0.0988	-0.1233	-0.0077	-0.2199	0.0064	0.2288	-0.0907	-0.0196	0.2905	-0.034	0.2216	28.824	22.1872	11.8552
13	0.1577	0.2965	0.554	2.1806	1.7703	2.1259	-0.1552	0.2854	-0.462	-0.681	0.0386	0.5141	-0.5143	-0.2751	-0.0894	0.3115	-0.181	0.0482	0.6001	-0.0312	0.4882	42.8934	29.3576	0.3041
14	0.4565	0.2184	-0.1979	0.2736	-0.1449	0.5301	0.0674	0.2809	0.0347	0.0538	-0.0966	-0.0315	-0.076	0.2142	0	0.2416	-0.0087	-0.0041	0.3234	0.0285	0.2458	27.0211	27.2153	-6.6332
15	0.7234	0.1479	-0.3906	0.1834	-0.0056	0.5162	-0.2385	0.5586	0.6911	-0.139	0.0452	0.0566	-0.598	0.0455	-0.0174	0.3901	-0.0096	-0.0667	0.2869	0.0389	0.4326	27.7901	36.7507	-2.0262
16	0.8158	-0.0581	0.3731	0.326	-0.2161	1.7621	-0.2481	-0.4064	-0.047	0.0945	0.1384	-0.1313	-0.3494	-0.3763	-0.3237	0.2192	0.0068	0.116	0.3351	0.0307	0.3757	11.5035	24.756	5.3269

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 739:777 )	A	739 - 777
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 778:817 )	A	778 - 817
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 818:930 )	A	818 - 930
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN A AND RESID 931:971 )	A	931 - 971
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN A AND RESID 972:1000 )	A	972 - 1000
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN A AND RESID 1001:1024 )	A	1001 - 1024
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN A AND RESID 1025:1065 )	A	1025 - 1065
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN A AND RESID 1066:1083 )	A	1066 - 1083
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN B AND RESID 739:766 )	B	739 - 766
10	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN B AND RESID 767:804 )	B	767 - 804
11	X-RAY DIFFRACTION	11	( CHAIN B AND RESID 805:910 )	B	805 - 910
12	X-RAY DIFFRACTION	12	( CHAIN B AND RESID 911:955 )	B	911 - 955
13	X-RAY DIFFRACTION	13	( CHAIN B AND RESID 956:983 )	B	956 - 983
14	X-RAY DIFFRACTION	14	( CHAIN B AND RESID 984:1024 )	B	984 - 1024
15	X-RAY DIFFRACTION	15	( CHAIN B AND RESID 1025:1046 )	B	1025 - 1046
16	X-RAY DIFFRACTION	16	( CHAIN B AND RESID 1047:1081 )	B	1047 - 1081

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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