PDB-4qiv: Crystal structure of hexameric microcomparment shell protein from...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4qiv

タイトル

Crystal structure of hexameric microcomparment shell protein from Aeromonas hydrophila

要素

Bacterial microcompartments family protein

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) /

BMC domain

機能・相同性

機能・相同性情報

BMC (bacterial microcompartment) domain /

Bacterial microcompartments protein, conserved site / Bacterial microcompartment (BMC) domain signature. /

BMC domain /

Bacterial microcompartment domain / CcmK-like superfamily / BMC / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Aeromonas hydrophila subsp. hydrophila (エロモナス・ハイドロフィラ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Pang, A.H. / Sawaya, M.R. / Yeates, T.O.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of a hexameric microcomparment protein from Aeromonas hydrophila
著者: Pang, A.H. / Sawaya, M.R. / Yeates, T.O.

履歴

登録	2014年6月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年8月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4qiv.cif.gz	58.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4qiv.ent.gz	42.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4qiv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qi/4qiv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qi/4qiv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4ox8-d 4qig-3 4p7t-d 4p2s-2 4rbt-1 4qig-2 4qie-2 3ngk-1 4rbu-1 4rbv-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#114 - 2009年6月ヴォールト (Vaults) 類似性 (6) #165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Bacterial microcompartments family protein

B: Bacterial microcompartments family protein

C: Bacterial microcompartments family protein

35.3 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Bacterial microcompartments family protein

B: Bacterial microcompartments family protein

C: Bacterial microcompartments family protein

A: Bacterial microcompartments family protein

B: Bacterial microcompartments family protein

C: Bacterial microcompartments family protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
70.7 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	66.460, 115.210, 122.350
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	22
Space group name H-M	F222

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	C-111- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	B
2	3	C

NCSドメイン領域:

Component-ID: 0 / Beg auth comp-ID: ASP / Beg label comp-ID: ASP / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Refine code: 0 / Auth seq-ID: 3 - 88 / Label seq-ID: 23 - 108

Dom-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	A	A
2	1	B	B
1	2	A	A
2	2	C	C
1	3	B	B
2	3	C	C

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

#1: タンパク質	Bacterial microcompartments family protein 分子量: 11776.442 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Aeromonas hydrophila subsp. hydrophila (エロモナス・ハイドロフィラ) 株: ATCC 7966 / NCIB 9240 / 遺伝子: AHA_1335 / プラスミド: pET14b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: A0KHX4
#2: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 46 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Bacterial microcompartments family protein

分子量: 11776.442 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Aeromonas hydrophila subsp. hydrophila (エロモナス・ハイドロフィラ)
株: ATCC 7966 / NCIB 9240 / 遺伝子: AHA_1335 / プラスミド: pET14b / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: A0KHX4

#2: 水

ChemComp-HOH / water /

水

分子量: 18.015 Da / 分子数: 46 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.66 Å³/Da / 溶媒含有率: 25.78 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.1M HEPES, 1.5M Ammonium sulfate, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年12月8日
放射	モノクロメーター: Cryo-Cooled double crystal Si(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.298→61.2 Å / Num. all: 6835 / Num. obs: 6835 / % possible obs: 64 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.5 % / R_merge(I) obs: 0.134 / Net I/σ(I): 8.96
反射シェル	解像度: 2.298→2.36 Å / 冗長度: 5.7 % / R_merge(I) obs: 0.199 / Mean I/σ(I) obs: 7.85 / % possible all: 14.8

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

R rigid body: 0.603

	最高解像度	最低解像度
Rotation	61.18 Å	2.54 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.8.0073	精密化
PDB_EXTRACT	3.14	データ抽出
ADSC	Quantum	データ収集

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.3→61.17 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.893 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.838 / SU B: 8.513 / SU ML: 0.216 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.399 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27541	327	4.8 %	RANDOM
R_work	0.22131	-	-	-
obs	0.22381	6508	63.97 %	-
all	-	6835	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.238 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.08 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.01 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.07 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→61.17 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1801	0	0	46	1847

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.019	1819
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	1864
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.421	1.978	2465
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.988	3	4276
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.642	5	257
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	42.862	26.429	56
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.005	15	314
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	32.091	15	7
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.073	0.2	319
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	2076
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	329
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.079	1.804	1034
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.057	1.796	1033
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.848	2.675	1289
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.178	2.543	785
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	4847	0.09
1	2	B	4847	0.09
2	1	A	4947	0.08
2	2	C	4947	0.08
3	1	B	4802	0.1
3	2	C	4802	0.1

LS精密化シェル

解像度: 2.298→2.357 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_work	0.136	115	-
R_free	-	0	-
obs	-	-	14.78 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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