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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4qhm | ||||||
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タイトル | I3.1 (unbound) from CH103 Lineage | ||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM / Fab fragment / HIV-1 / antibody | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / complement activation, classical pathway / antigen binding / antibacterial humoral response / blood microparticle / extracellular exosome / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.23 Å | ||||||
データ登録者 | Fera, D. / Harrison, S.C. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014 タイトル: Affinity maturation in an HIV broadly neutralizing B-cell lineage through reorientation of variable domains. 著者: Fera, D. / Schmidt, A.G. / Haynes, B.F. / Gao, F. / Liao, H.X. / Kepler, T.B. / Harrison, S.C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4qhm.cif.gz | 638.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4qhm.ent.gz | 532.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4qhm.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4qhm_validation.pdf.gz | 493.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4qhm_full_validation.pdf.gz | 525.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4qhm_validation.xml.gz | 59.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4qhm_validation.cif.gz | 79.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qh/4qhm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qh/4qhm | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: 抗体 | 分子量: 24894.764 Da / 分子数: 4 / 断片: Fab / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK 293T / プラスミド: pVRC-8400 / 細胞株 (発現宿主): HEK 293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6GMX6*PLUS #2: 抗体 | 分子量: 22857.270 Da / 分子数: 4 / 断片: Fab / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK 293T / プラスミド: pVRC-8400 / 細胞株 (発現宿主): HEK 293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.93 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 100 mM sodium acetate, pH 5.0, 2 M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.99987 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年1月31日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.99987 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 3.23→50 Å / Num. all: 33948 / Num. obs: 33930 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 77.74 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.114 / Χ2: 0.873 / Net I/σ(I): 5.7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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Phasing dm | 手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 37606 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing dm shell |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 4JAN 解像度: 3.23→48.036 Å / FOM work R set: 0.8098 / SU ML: 0.36 / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 26.05 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 222.54 Å2 / Biso mean: 85.5 Å2 / Biso min: 20 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.23→48.036 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 12 / % reflection obs: 100 %
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 65.8985 Å / Origin y: -8.6675 Å / Origin z: -13.5854 Å
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精密化 TLSグループ |
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