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- PDB-4q93: Crystal structure of resveratrol bound human tyrosyl tRNA synthetase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4q93
タイトルCrystal structure of resveratrol bound human tyrosyl tRNA synthetase
要素Tyrosine--tRNA ligase, cytoplasmic
キーワードLIGASE (リガーゼ) / Resveratrol (レスベラトロール) / Aminoacyl tRNA synthetases / Amino acid activation / active site (活性部位)
機能・相同性
機能・相同性情報


interleukin-8 receptor binding / tyrosyl-tRNA aminoacylation / チロシンtRNAリガーゼ / tyrosine-tRNA ligase activity / Cytosolic tRNA aminoacylation / response to starvation / small molecule binding / tRNA binding / nuclear body / apoptotic process ...interleukin-8 receptor binding / tyrosyl-tRNA aminoacylation / チロシンtRNAリガーゼ / tyrosine-tRNA ligase activity / Cytosolic tRNA aminoacylation / response to starvation / small molecule binding / tRNA binding / nuclear body / apoptotic process / extracellular space / RNA binding / ATP binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
チロシンtRNAリガーゼ / tRNA-binding domain / Putative tRNA binding domain / tRNA-binding domain profile. / Tyrosyl-Transfer RNA Synthetase / Tyrosyl-Transfer RNA Synthetase / Aminoacyl-tRNA synthetase, class Ic / tRNA synthetases class I (W and Y) / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold ...チロシンtRNAリガーゼ / tRNA-binding domain / Putative tRNA binding domain / tRNA-binding domain profile. / Tyrosyl-Transfer RNA Synthetase / Tyrosyl-Transfer RNA Synthetase / Aminoacyl-tRNA synthetase, class Ic / tRNA synthetases class I (W and Y) / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Nucleic acid-binding, OB-fold / ロスマンフォールド / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
リン酸塩 / レスベラトロール / Tyrosine--tRNA ligase, cytoplasmic
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Mathew, S. / Schimmel, P.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2014
タイトル: A human tRNA synthetase is a potent PARP1-activating effector target for resveratrol.
著者: Sajish, M. / Schimmel, P.
履歴
登録2014年4月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年12月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年12月24日Group: Structure summary
改定 1.22015年1月14日Group: Database references
改定 1.32015年3月25日Group: Database references
改定 1.42019年7月17日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.52023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tyrosine--tRNA ligase, cytoplasmic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,34813
ポリマ－42,1341
非ポリマー1,21412
水4,125229
1
A: Tyrosine--tRNA ligase, cytoplasmic
ヘテロ分子

A: Tyrosine--tRNA ligase, cytoplasmic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,69626
ポリマ－84,2672
非ポリマー2,42824
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area7360 Å2
ΔGint-174 kcal/mol
Surface area30330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.966, 162.550, 35.014
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-540-

HOH

21A-568-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Tyrosine--tRNA ligase, cytoplasmic / Tyrosyl-tRNA synthetase / TyrRS


分子量: 42133.559 Da / 分子数: 1 / 断片: mini TyrRS (UNP residues 1-364) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: YARS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P54577, チロシンtRNAリガーゼ

-
非ポリマー , 6種, 241分子

#2: 化合物 ChemComp-STL / RESVERATROL / レスベラト-ル / レスベラトロール


分子量: 228.243 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H12O3
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 229 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.76 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 2.1 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium phosphate monobasic / potassium phosphate dibasic, pH 6-8, 2% acetone, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年6月1日
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→40 Å / Num. all: 25654 / Num. obs: 25438 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 37.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Rsym value: 0.055 / Net I/σ(I): 28.5
反射 シェル解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.271 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / Num. unique all: 1161 / Rsym value: 0.271 / % possible all: 93.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0029精密化
CNS精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1N3L

1n3l


解像度: 2.1→37.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 3.867 / SU ML: 0.105 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / ESU R: 0.184 / ESU R Free: 0.174 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23071 1286 5.1 %RANDOM
Rwork0.17442 ---
obs0.17723 23994 98.63 %-
all-25438 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 37.664 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1 Å20 Å20 Å2
2---0.51 Å20 Å2
3----0.49 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→37.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2636 0 70 229 2935
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0192773
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022727
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0712.0163750
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.02836317
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7625333
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.61324.956113
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.44215515
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.6159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1230.2421
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0212985
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0110.02572
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.153 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.263 105 -
Rwork0.194 1629 -
obs-1161 93.68 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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