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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4q3o | ||||||
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タイトル | Crystal structure of MGS-MT1, an alpha/beta hydrolase enzyme from a Lake Matapan deep-sea metagenome library | ||||||
![]() | MGS-MT1 | ||||||
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機能・相同性 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
生物種 | unidentified (未定義) | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Stogios, P.J. / Xu, X. / Cui, H. / Alcaide, M. / Ferrer, M. / Savchenko, A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Pressure adaptation is linked to thermal adaptation in salt-saturated marine habitats. 著者: Alcaide, M. / Stogios, P.J. / Lafraya, A. / Tchigvintsev, A. / Flick, R. / Bargiela, R. / Chernikova, T.N. / Reva, O.N. / Hai, T. / Leggewie, C.C. / Katzke, N. / La Cono, V. / Matesanz, R. / ...著者: Alcaide, M. / Stogios, P.J. / Lafraya, A. / Tchigvintsev, A. / Flick, R. / Bargiela, R. / Chernikova, T.N. / Reva, O.N. / Hai, T. / Leggewie, C.C. / Katzke, N. / La Cono, V. / Matesanz, R. / Jebbar, M. / Jaeger, K.E. / Yakimov, M.M. / Yakunin, A.F. / Golyshin, P.N. / Golyshina, O.V. / Savchenko, A. / Ferrer, M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 1 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 868 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 38439.945 Da / 分子数: 8 / 断片: MGS-MT1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) unidentified (未定義) / 遺伝子: MGS-MT1 / プラスミド: p15Tv-LIC / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-CL / ![]() #3: 化合物 | ChemComp-MES / ![]() #4: 化合物 | ChemComp-GOL / ![]() #5: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() 由来についての詳細 | The sample has been obtained from Lake Matapan deep-sea and identified using the technique metagenome library | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.4 % |
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結晶化![]() | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 0.1M MES, 20% PEG10K. Cryroprotectant: 12% Glycerol then paraton-N oil, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年6月10日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 1.74→19.72 Å / Num. obs: 272067 / Observed criterion σ(F): -2 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 21.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.74→1.83 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.392 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: PDB entry 3FAK 解像度: 1.74→19.72 Å / SU ML: 0.16 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.2 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.74→19.72 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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