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- PDB-4pg8: Crystal structure of S. aureus Homoserine Dehydrogenase at pH8.5 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4pg8
タイトルCrystal structure of S. aureus Homoserine Dehydrogenase at pH8.5
要素Homoserine dehydrogenaseホモセリンデヒドロゲナーゼ
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / Aspartic acid pathway / pH sensitivity / hydride transfer / ACT domain
機能・相同性
機能・相同性情報


ホモセリンデヒドロゲナーゼ / homoserine dehydrogenase activity / threonine biosynthetic process / methionine biosynthetic process / isoleucine biosynthetic process / NADP binding
類似検索 - 分子機能
Alpha-Beta Plaits - #3100 / ホモセリンデヒドロゲナーゼ / Homoserine dehydrogenase, conserved site / Homoserine dehydrogenase signature. / Homoserine dehydrogenase, catalytic / ホモセリンデヒドロゲナーゼ / Aspartate/homoserine dehydrogenase, NAD-binding / Homoserine dehydrogenase, NAD binding domain / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 ...Alpha-Beta Plaits - #3100 / ホモセリンデヒドロゲナーゼ / Homoserine dehydrogenase, conserved site / Homoserine dehydrogenase signature. / Homoserine dehydrogenase, catalytic / ホモセリンデヒドロゲナーゼ / Aspartate/homoserine dehydrogenase, NAD-binding / Homoserine dehydrogenase, NAD binding domain / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / Alpha-Beta Plaits / NAD(P)-binding domain superfamily / ロスマンフォールド / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
酢酸塩 / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ホモセリンデヒドロゲナーゼ / :
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus M1064 (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
Model detailsStructure solved using the data obtained from the crystals grown at pH6.0 crystallization condition
データ登録者Navratna, V. / Gopal, B.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2015
タイトル: Structural basis for the catalytic mechanism of homoserine dehydrogenase.
著者: Navratna, V. / Reddy, G. / Gopal, B.
履歴
登録2014年5月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年5月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年5月13日Group: Database references
改定 1.22015年7月1日Group: Database references
改定 1.32017年9月27日Group: Author supporting evidence / Derived calculations ...Author supporting evidence / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_audit_support ...entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible ..._entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / refine_hist / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Homoserine dehydrogenase
B: Homoserine dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,20223
ポリマ－102,7682
非ポリマー1,43321
水5,441302
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5770 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area36120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.870, 117.510, 119.530
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 0 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: VAL / End label comp-ID: VAL / Refine code: 0 / Auth seq-ID: 1 - 426 / Label seq-ID: 21 - 446

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
詳細biological unit is the same as asym.

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Homoserine dehydrogenase / ホモセリンデヒドロゲナーゼ / HDH


分子量: 51384.184 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus M1064 (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: U5K_01898 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta (DE3) pLysS
参照: UniProt: N6FDB4, UniProt: A0A0M3KKV6*PLUS, ホモセリンデヒドロゲナーゼ

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非ポリマー , 5種, 323分子

#2: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩


分子量: 59.044 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール


分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド / ジメチルスルホキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 302 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.6 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2M Magnesium acetate, 14% PEG8000, 0.2M Bicine, pH8.5, 5% Glycerol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.95372 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95372 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 5.6 % / 数: 294025 / Rsym value: 0.075 / D res high: 2.2 Å / D res low: 119.53 Å / Num. obs: 52569 / % possible obs: 99.6
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)IDRmerge(I) obsRsym valueRedundancy
6.9639.1710.0170.0175.2
4.926.9610.0460.0465.5
4.024.9210.0590.0595.6
3.484.0210.0570.0575.6
3.113.4810.0570.0575.6
2.843.1110.0850.0855.6
2.632.8410.1380.1385.6
2.462.6310.2240.2245.6
2.322.4610.3320.3325.6
2.22.3210.4860.4865.6
反射解像度: 2.2→119.53 Å / Num. all: 52569 / Num. obs: 52569 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 3 / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 44.2 Å2 / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.082 / Rsym value: 0.075 / Net I/av σ(I): 6.805 / Net I/σ(I): 15.2 / Num. measured all: 294025
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
2.2-2.325.60.4861.64251975910.2210.4863.7100
2.32-2.465.60.3322.34046472130.1510.3325.2100
2.46-2.635.60.2243.43807867820.1010.2247.599.9
2.63-2.845.60.1385.53562563400.0620.13811.399.9
2.84-3.115.60.0858.83278458340.0380.08515.899.8
3.11-3.485.60.05712.42963252770.0250.05720.799.5
3.48-4.025.60.05710.52628846860.0250.05725.799.5
4.02-4.925.60.0599.72226539770.0250.05930.498.9
4.92-6.965.50.04611.81713930960.020.04633.498.6
6.96-39.175.20.01713.8923117730.0090.0173797

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.2 Å37.73 Å
Translation2.2 Å37.73 Å

-
解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-3000データ収集
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
REFMAC精密化
PDB_EXTRACTデータ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→39.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / WRfactor Rfree: 0.2411 / WRfactor Rwork: 0.2032 / FOM work R set: 0.8496 / SU B: 9.81 / SU ML: 0.13 / SU R Cruickshank DPI: 0.2255 / SU Rfree: 0.188 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.225 / ESU R Free: 0.188 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2373 2689 5.1 %RANDOM
Rwork0.2011 50125 --
obs0.203 50125 99.97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 94.8 Å2 / Biso mean: 30.9 Å2 / Biso min: 13.75 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.53 Å20 Å2-0 Å2
2--1.32 Å20 Å2
3----0.79 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→39.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5864 0 95 302 6261
Biso mean--56.77 41.12 -
残基数----787
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0196023
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.025835
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3061.9738130
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.928313359
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1835781
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.01225.984244
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.822151016
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.0161518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0720.2980
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.026836
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.021240
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.9843.0933155
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.9453.0813138
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.1714.5913904
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 21614 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.11 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.265 201 -
Rwork0.22 3660 -
all-3861 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.66610.4575-0.44751.0394-0.60530.5694-0.10230.03420.0985-0.15510.0550.0470.0549-0.03880.04720.0732-0.0323-0.03840.0228-0.00570.09128.1416-28.3658-22.9557
20.52370.0770.71020.28170.2541.6386-0.06740.0401-0.0401-0.06050.00870.0821-0.05840.04690.05870.0519-0.0360.01780.0348-0.02730.057128.3666-50.8731-30.576
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A0 - 426
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 427

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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