[English] 日本語
![](img/lk-miru.gif)
- PDB-4pct: Crystal structure of a bacterial fucosidase with iminocyclitol (2... -
+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4pct | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structure of a bacterial fucosidase with iminocyclitol (2S,3S,4R,5S)-3,4-dihydroxy-2-ethynyl-5-methylpyrrolidine | ||||||
![]() | Alpha-L-fucosidase![]() | ||||||
![]() | ![]() ![]() | ||||||
Function / homology | ![]() ![]() ![]() Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Wright, D.W. / Davies, G.J. | ||||||
![]() | ![]() Title: Exploiting the Hydrophobic Terrain in Fucosidases with Aryl-Substituted Pyrrolidine Iminosugars. Authors: Hottin, A. / Wright, D.W. / Davies, G.J. / Behr, J.B. | ||||||
History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 365.8 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | 295.3 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-Related structure data
Related structure data | ![]() 4pcsC ![]() 4peeC ![]() 2wvvS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
---|---|
Similar structure data |
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
2 | ![]()
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3 | ![]()
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
4 | ![]()
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Unit cell |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 0 / Beg auth comp-ID: GLU / Beg label comp-ID: GLU / Refine code: 0
NCS ensembles :
|
-
Components
#1: Protein | ![]() Mass: 50872.570 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Strain: ATCC 29148 / DSM 2079 / NCTC 10582 / E50 / VPI-5482 / Gene: BT_2970 / Plasmid: YSBLIC3C / Production host: ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-SO4 / ![]() #3: Chemical | ChemComp-IMD / ![]() #4: Chemical | ChemComp-H76 / ( #5: Water | ChemComp-HOH / | ![]() |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.56 Å3/Da / Density % sol: 51.94 % |
---|---|
Crystal grow![]() | Temperature: 291.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 0.16 M ammonium sulfate, 16% PEG 6000, 0.1 M imidazole |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M / Detector: PIXEL / Date: Dec 16, 2012 | ||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength![]() | ||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.1→38.53 Å / Num. obs: 110866 / % possible obs: 93.5 % / Redundancy: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.119 / Rpim(I) all: 0.068 / Net I/σ(I): 7.2 / Num. measured all: 400515 / Scaling rejects: 219 | ||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0
|
-
Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Starting model: 2wvv Resolution: 2.1→38.53 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / WRfactor Rfree: 0.2311 / WRfactor Rwork: 0.1912 / FOM work R set: 0.7628 / SU B: 7.218 / SU ML: 0.175 / SU R Cruickshank DPI: 0.2565 / SU Rfree: 0.2012 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.256 / ESU R Free: 0.201 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 137.94 Å2 / Biso mean: 32.203 Å2 / Biso min: 4.72 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.1→38.53 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Type: interatomic distance / Weight position: 0.05
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Resolution: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
|