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- PDB-4ow4: Beta-trefoil designed by folding nucleus symmetric expansion ("Ph... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ow4
タイトルBeta-trefoil designed by folding nucleus symmetric expansion ("Phifoil")
要素Beta-terfoil designed by folding nucleus symmetric expansion ("Phifoil")
キーワードDE NOVO PROTEIN (De novo) / Beta-trefoil / folding nucleus symmetric expansion / protein design (タンパク質設計) / de novo (De novo) / top-down symmetric deconstruction
機能・相同性Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.148 Å
データ登録者Blaber, M. / Longo, L.M.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2014
タイトル: Evolution and design of protein structure by folding nucleus symmetric expansion.
著者: Longo, L.M. / Kumru, O.S. / Middaugh, C.R. / Blaber, M.
履歴
登録2014年1月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年12月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / refine_hist / struct_keywords / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein / _struct_keywords.text / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-terfoil designed by folding nucleus symmetric expansion ("Phifoil")
B: Beta-terfoil designed by folding nucleus symmetric expansion ("Phifoil")
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,6483
ポリマ－27,5522
非ポリマー961
水2,378132
1
A: Beta-terfoil designed by folding nucleus symmetric expansion ("Phifoil")


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,7761
ポリマ－13,7761
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Beta-terfoil designed by folding nucleus symmetric expansion ("Phifoil")
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,8722
ポリマ－13,7761
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Beta-terfoil designed by folding nucleus symmetric expansion ("Phifoil")

B: Beta-terfoil designed by folding nucleus symmetric expansion ("Phifoil")
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,6483
ポリマ－27,5522
非ポリマー961
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_845-x+3,y-1/2,-z+1/21
Buried area1740 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area10490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.861, 68.634, 76.044
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: HIS / Beg label comp-ID: HIS / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Auth seq-ID: 10 - 136 / Label seq-ID: 1 - 123

Dom-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-ID
1chain AAA
2chain BBB

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質 Beta-terfoil designed by folding nucleus symmetric expansion ("Phifoil")


分子量: 13776.041 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / プラスミド: BL21(DE3) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 132 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.87 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4 / 詳細: 800 mM Ammonium Sulfate, 100 mM Citric Acid, pH 4.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.541 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年8月27日
放射モノクロメーター: Multi-layer mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.541 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→40 Å / Num. obs: 12829 / % possible obs: 81.7 % / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Χ2: 3.995 / Net I/av σ(I): 18.816 / Net I/σ(I): 12.6 / Num. measured all: 27752
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.15-2.2120.19611190.96286.9
2.21-2.282.10.16210711.14784.3
2.28-2.3720.14710951.2685.3
2.37-2.462.10.1510991.42785.4
2.46-2.572.20.14311011.68786.1
2.57-2.712.10.11810831.78484
2.71-2.882.10.110782.3483
2.88-3.12.20.08710863.8983
3.1-3.412.20.07210434.74980.2
3.41-3.912.10.06410215.52777.8
3.91-4.922.30.06710129.66975.1
4.92-402.40.064102111.67371.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
PHENIX(phenix.refine: dev_1606)精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.148→28.151 Å / FOM work R set: 0.7708 / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.06 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2675 640 5 %
Rwork0.2293 12169 -
obs0.2312 12809 81.84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 74.52 Å2 / Biso mean: 27.76 Å2 / Biso min: 10.92 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.148→28.151 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1936 0 5 132 2073
Biso mean--49.29 33.71 -
残基数----246
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0051968
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9372667
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.045307
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004353
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.056745
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1116X-RAY DIFFRACTION3.957TORSIONAL
12B1116X-RAY DIFFRACTION3.957TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 5

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.1475-2.31330.28441310.23532496262785
2.3133-2.54590.31831310.24742492262385
2.5459-2.9140.30391300.26242476260684
2.914-3.67010.27321260.23352394252080
3.6701-28.15320.22481220.20152311243374

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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