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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4olp | ||||||
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タイトル | Ligand-free structure of the GrpU microcompartment shell protein from Pectobacterium wasabiae | ||||||
要素 | GrpU microcompartment shell protein | ||||||
キーワード | ELECTRON TRANSPORT (電子伝達系) / bacterial microcompartment / glycyl-radical propanediol / BMC shell protein / iron-sulfur cluster (鉄・硫黄クラスター) | ||||||
機能・相同性 | BMC (bacterial microcompartment) domain / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / : 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Pectobacterium wasabiae (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.79 Å | ||||||
データ登録者 | Wheatley, N.M. / Thompson, M.C. / Gidaniyan, S.D. / Sawaya, M.R. / Jorda, J. / Yeates, T.O. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2014 タイトル: Identification of a unique fe-s cluster binding site in a glycyl-radical type microcompartment shell protein. 著者: Thompson, M.C. / Wheatley, N.M. / Jorda, J. / Sawaya, M.R. / Gidaniyan, S.D. / Ahmed, H. / Yang, Z. / McCarty, K.N. / Whitelegge, J.P. / Yeates, T.O. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4olp.cif.gz | 143.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4olp.ent.gz | 116.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4olp.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ol/4olp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ol/4olp | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 0 / Beg auth comp-ID: LYS / Beg label comp-ID: LYS / End auth comp-ID: ASP / End label comp-ID: ASP / Refine code: 0 / Auth seq-ID: 2 - 94 / Label seq-ID: 2 - 94
NCSアンサンブル:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12122.048 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Pectobacterium wasabiae (バクテリア) 株: WPP163 / 遺伝子: Pecwa_4094 / プラスミド: pET22b+ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(DE3) / 参照: UniProt: D0KBF1 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.29 % |
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結晶化 | 温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 0.1M sodium/potassium phosphate, 30% 2-methyl-2,4-pentanediol, pH 6.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 296K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年3月23日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.79→100 Å / Num. obs: 9715 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 12.9 % / Rmerge(I) obs: 0.087 / Χ2: 2.005 / Net I/σ(I): 10.2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.79→60.97 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / WRfactor Rfree: 0.2933 / WRfactor Rwork: 0.2392 / FOM work R set: 0.7014 / SU B: 49.587 / SU ML: 0.422 / SU R Cruickshank DPI: 0.3454 / SU Rfree: 0.406 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.406 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 161.72 Å2 / Biso mean: 99.336 Å2 / Biso min: 41.3 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.79→60.97 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: INTERATOMIC DISTANCE / Weight position: 0.05
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.79→2.863 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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