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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4oi4 | ||||||
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タイトル | Protein complex of Clp1 bound to ATP and Mg2+ with Pcf11deltaN454deltaC563 of S. cerevisiae | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / polynucleotide kinase / Clp1 / Pcf11 / cleavage factor Ia / 3'-end mRNA processing | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 polynucleotide 5'-hydroxyl-kinase activity / termination of RNA polymerase II transcription, poly(A)-coupled / termination of RNA polymerase II transcription, exosome-dependent / mRNA cleavage factor complex / tRNA splicing, via endonucleolytic cleavage and ligation / mRNA 3'-end processing / termination of RNA polymerase II transcription / : / RNA polymerase II complex binding / mRNA binding ...polynucleotide 5'-hydroxyl-kinase activity / termination of RNA polymerase II transcription, poly(A)-coupled / termination of RNA polymerase II transcription, exosome-dependent / mRNA cleavage factor complex / tRNA splicing, via endonucleolytic cleavage and ligation / mRNA 3'-end processing / termination of RNA polymerase II transcription / : / RNA polymerase II complex binding / mRNA binding / ATP binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å | ||||||
データ登録者 | Dikfidan, A. / Loll, B. / Zeymer, C. / Clausen, T. / Meinhart, A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2014 タイトル: RNA specificity and regulation of catalysis in the eukaryotic polynucleotide kinase clp1. 著者: Dikfidan, A. / Loll, B. / Zeymer, C. / Magler, I. / Clausen, T. / Meinhart, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4oi4.cif.gz | 397.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4oi4.ent.gz | 325.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4oi4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oi/4oi4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oi/4oi4 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 2種, 5分子 ACBDU
#1: タンパク質 | 分子量: 51309.668 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: CLP1, YOR250C / プラスミド: pGEM / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-RIL / 参照: UniProt: Q08685, polynucleotide 5'-hydroxyl-kinase #2: タンパク質 | 分子量: 12825.654 Da / 分子数: 3 Fragment: Clp1 interaction domain (UNP residues 454-563, SEE REMARK 999) 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: PCF11, YDR228C, YD9934.13C / プラスミド: pGEX / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-RIL / 参照: UniProt: P39081 |
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-非ポリマー , 4種, 254分子
#3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
配列の詳細 | CHAIN U IS PART OF THE EXPRESSION |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.47 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 16% w/v PEG6000, 100 mM Tris-HCl, pH 8.5, 18% v/v glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9789 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年9月20日 |
放射 | モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9789 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→50 Å / Num. all: 61757 / Num. obs: 61162 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 57.2 Å2 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.5 Å / 冗長度: 5.8 % / % possible all: 97.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 2NPI 解像度: 2.4→19.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 11.477 / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.247 / ESU R Free: 0.199 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 48.35 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→19.99 Å
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拘束条件 |
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