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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4ocy | ||||||
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タイトル | Fab for methotrexate (unbound apo) | ||||||
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機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Longenecker, K.L. / Judge, R.A. / Gayda, S. / Manoj, S. / Saldana, S. / Ruan, Q. / Swift, K. / Tetin, S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Water channel in the binding site of a high affinity anti-methotrexate antibody. 著者: Gayda, S. / Longenecker, K.L. / Manoj, S. / Judge, R.A. / Saldana, S.C. / Ruan, Q. / Swift, K.M. / Tetin, S.Y. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 95.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 76.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: 抗体 | 分子量: 23238.930 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: 抗体 | 分子量: 23780.420 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() |
#3: 水 | ChemComp-HOH / ![]() |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 5.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 76.94 % |
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結晶化![]() | 手法: 蒸気拡散法 / pH: 3.5 / 詳細: Ammonium sulphate, citrate pH 3.5, VAPOR DIFFUSION |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 200 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.786→83.351 Å / Num. all: 25192 / Num. obs: 25192 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 62.78 Å2 / Rsym value: 0.138 / Net I/σ(I): 10.4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定![]() | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]()
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原子変位パラメータ | Biso max: 118.1 Å2 / Biso mean: 41.7703 Å2 / Biso min: 3 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.279 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.79→25.47 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.79→2.9 Å / Total num. of bins used: 13
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