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万見
- PDB-4o5o: X-ray Crystal Structure of a 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase from... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4o5o
タイトルX-ray Crystal Structure of a 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase from Brucella suis
要素3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase3-ヒドロキシアシルCoAデヒドロゲナーゼ
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases (アメリカ国立アレルギー・感染症研究所) / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity
類似検索 - 分子機能
short chain dehydrogenase / Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, putative / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, putative
類似検索 - 構成要素
生物種Brucella suis (ブタ流産菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: X-ray Crystal Structure of a 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase from Brucella suis
著者: Fairman, J.W. / Abendroth, J. / Edwards, T.E. / Lorimer, D.
履歴
登録2013年12月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年1月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase
B: 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,8586
ポリマ－54,5472
非ポリマー3124
水10,827601
1
A: 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase
B: 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase
ヘテロ分子

A: 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase
B: 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,71712
ポリマ－109,0944
非ポリマー6238
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
Buried area16350 Å2
ΔGint-183 kcal/mol
Surface area33720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.470, 92.240, 135.490
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-601-

HOH

21B-544-

HOH

31B-668-

HOH

詳細AS PER THE AUTHORS THE BIOLOGICAL ASSEMBLY IS UNKNOWN

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要素

#1: タンパク質 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase / 3-ヒドロキシアシルCoAデヒドロゲナーゼ


分子量: 27273.404 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Brucella suis (ブタ流産菌) / 株: 1330 / 遺伝子: BRA0449, BS1330_II0446 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8FWK3, UniProt: A0A0H3G6B0*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム / トリスヒドロキシメチルアミノメタン


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 601 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.84 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.4 uL protein at 19.86 mg/mL + 0.4 uL JCSG+ D5 - 0.1 M HEPES pH 7.50, 70% MPD, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2013年9月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→50 Å / Num. all: 94147 / Num. obs: 92937 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 16.899 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Net I/σ(I): 47.68
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
1.4-1.440.4615.3170148643393.4
1.44-1.480.318.175047634394.6
1.48-1.520.3028.983501632396.5
1.52-1.570.22912.64101969634999.7
1.57-1.620.18616.851260966173100
1.62-1.670.15719.791287505989100
1.67-1.740.12924.241291805748100
1.74-1.810.10929.081310985574100
1.81-1.890.10932.13130247529999.6
1.89-1.980.12441.62115038500198.3
1.98-2.090.0655.341302494869100
2.09-2.210.05665.64127515462099.8
2.21-2.370.06374.85102524430099.4
2.37-2.560.03885.251165784058100
2.56-2.80.03494.671096683716100
2.8-3.130.03108.051036503400100
3.13-3.610.028128.78990393007100
3.61-4.430.027149.2789681255199.9
4.43-6.260.022176.51987152019100
6.260.023191.0161424116599.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0049精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.4→38.235 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 1.543 / SU ML: 0.031 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.056 / ESU R Free: 0.053 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1687 4661 5 %RANDOM
Rwork0.1356 ---
obs0.1373 92937 98.71 %-
all-94147 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 69.15 Å2 / Biso mean: 13.6246 Å2 / Biso min: 4.02 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.06 Å20 Å2-0 Å2
2--0.23 Å20 Å2
3----0.29 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→38.235 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3677 0 17 601 4295
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0193788
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023751
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4431.9625139
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.79938559
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8725529
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.14323.406138
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.53715584
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.9421527
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.2606
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0214416
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02833
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.571.0432085
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.5721.5762082
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.9141.5692602
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.26733760
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded10.62853700
LS精密化 シェル解像度: 1.4→1.436 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.212 334 -
Rwork0.162 6091 -
all-6425 -
obs--93.39 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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