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- PDB-5h5x: Crystal structure of NADH bound carbonyl reductase from Streptomy... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5h5x
タイトルCrystal structure of NADH bound carbonyl reductase from Streptomyces coelicolor
要素Putative oxidoreductase酸化還元酵素
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / Carbonyl reductase / SDR family / COBE reductase
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-プロパノール / 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / Putative oxidoreductase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces coelicolor (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Kong, X.-D. / Xu, J.-H. / Zhou, J.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of NADH bound carbonyl reductase from Streptomyces coelicolor
著者: Li, M. / Kong, X.-D. / Zhou, J. / Yu, H.-L. / Zhang, Z.-J. / Xu, J.-H.
履歴
登録2016年11月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年5月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月8日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Putative oxidoreductase
B: Putative oxidoreductase
C: Putative oxidoreductase
D: Putative oxidoreductase
E: Putative oxidoreductase
F: Putative oxidoreductase
G: Putative oxidoreductase
H: Putative oxidoreductase
I: Putative oxidoreductase
J: Putative oxidoreductase
K: Putative oxidoreductase
L: Putative oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)326,50252
ポリマ－317,04812
非ポリマー9,45340
水17,493971
1
A: Putative oxidoreductase
B: Putative oxidoreductase
C: Putative oxidoreductase
D: Putative oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,81417
ポリマ－105,6834
非ポリマー3,13113
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19640 Å2
ΔGint-92 kcal/mol
Surface area30550 Å2
手法PISA
2
E: Putative oxidoreductase
F: Putative oxidoreductase
G: Putative oxidoreductase
H: Putative oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,87418
ポリマ－105,6834
非ポリマー3,19114
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19880 Å2
ΔGint-87 kcal/mol
Surface area30410 Å2
手法PISA
3
I: Putative oxidoreductase
J: Putative oxidoreductase
K: Putative oxidoreductase
L: Putative oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,81417
ポリマ－105,6834
非ポリマー3,13113
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19440 Å2
ΔGint-91 kcal/mol
Surface area30090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)187.787, 187.787, 80.858
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number144
Space group name H-MP31

-
要素

#1: タンパク質
Putative oxidoreductase / 酸化還元酵素


分子量: 26420.691 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces coelicolor (strain ATCC BAA-471 / A3(2) / M145) (バクテリア)
遺伝子: SCO7363 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9KYM4
#2: 化合物
ChemComp-NAI / 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / NADH / NADH / ニコチンアミドアデニンジヌクレオチド


分子量: 665.441 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H29N7O14P2
#3: 化合物...
ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル / 2-プロパノール


分子量: 60.095 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 971 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.64 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 20% PEG 8000, 0.1 M cacodylate sodium pH 6.5, 0.2 M Mg(OAc)2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年1月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 118981 / % possible obs: 84 % / 冗長度: 2.1 % / Biso Wilson estimate: 41.94 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.141 / Net I/av σ(I): 4.008 / Net I/σ(I): 11.1
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.3-2.382.20.632183.7
2.38-2.482.20.504183.9
2.48-2.592.10.421184.3
2.59-2.732.10.343183.6
2.73-2.920.272183.8
2.9-3.1220.217183.6
3.12-3.441.80.181182.8
3.44-3.931.80.151180.3
3.93-4.9520.117182.3
4.95-502.90.07191.3

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
HKLデータ削減
HKLデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→32.496 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 26.42
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2426 5977 5.03 %
Rwork0.1792 --
obs0.1825 118935 83.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 104.52 Å2 / Biso mean: 35.5 Å2 / Biso min: 15.77 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→32.496 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数21403 0 622 971 22996
Biso mean--38.64 35.39 -
残基数----3017
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00822406
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.23430531
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0723524
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0053994
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.2477739
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.2999-2.3260.33521920.25713738393083
2.326-2.35340.32871860.24763784397084
2.3534-2.38210.31691940.24593804399884
2.3821-2.41220.33932290.23233690391984
2.4122-2.4440.29131870.22493809399684
2.444-2.47740.31521950.22153736393184
2.4774-2.51280.2991790.21823771395084
2.5128-2.55030.29141890.21063835402484
2.5503-2.59010.2952060.21033731393784
2.5901-2.63260.30672060.2153763396984
2.6326-2.67790.32122130.21873726393984
2.6779-2.72660.28951940.2153775396984
2.7266-2.7790.28611500.21423824397484
2.779-2.83570.29042170.20683683390083
2.8357-2.89740.28152080.20693761396984
2.8974-2.96470.25821900.20423737392783
2.9647-3.03880.30711910.21533739393084
3.0388-3.12090.27081930.21953799399284
3.1209-3.21260.30141950.20513730392584
3.2126-3.31620.23551950.19843709390483
3.3162-3.43460.26752130.19743659387282
3.4346-3.5720.24161840.18533656384081
3.572-3.73430.23331940.17293587378180
3.7343-3.93090.23792050.17743594379980
3.9309-4.17670.24461960.16183612380881
4.1767-4.49850.16962030.14123579378280
4.4985-4.94970.1912150.13163815403086
4.9497-5.66270.19932270.13574306453396
5.6627-7.1220.18862300.144392462298
7.122-32.49950.1922010.14853614381581

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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